В 1988 году на территории области действовали 42 религиозных объединения, из них 15 православных.
21 марта 1988 года архиепископ Орловский и Брянский Варфоломей скончался.
В мае 1988 года в обкоме КПСС была организована встреча с православным духовенством. Временный управляющий епархией архиепископ Симон посетовал, что в области слишком мала численность православных религиозных объединений, а 15 районов не имеют православных церквей. Однако в этом же году инициативная группа верующих обратилась с ходатайством к властями города Орла о регистрации религиозного общества на базе собора Михаила Архангела. С аналогичными просьбами к местным властям обратились верующие в Должанском районе и некоторых других районах области.
В 1989 году было открыто 6 православных церквей, а через полтора года — ещё 11. Православной Церкви были переданы мощи святителя Тихона Задонского, хранившиеся в Орловском краеведческом музее.
В июне 1988 года правящим архереем становится Преосвященнейший епископ Паисий (Самчук).
Владыка Паисий (в миру — Павел Николаевич Самчук) родился 15 августа 1930 года в селе Богдановка Корецкого района Ровенской области, в глубоко верующей семье, и с самого детства воспитывался в православном духе. После успешного окончания средней школы им был сделан единственный и окончательный выбор — посвятить себя служению Господу Богу и Церкви Православной. Павел в 1947 году поступает послушником в Свято-Успенскую Почаевскую Лавру, где вскоре, благодаря своему трудолюбию и смирению, назначается келейником наместника Лавры — священноархимандрита Иосифа. После смерти своего духовного наставника молодой послушник в 1950 году поступает в Ленинградскую Духовную Семинарию, а после ее успешного окончания сразу переходит в Ленинградскую Духовную Академию, которую заканчивает в 1959 году со степенью кандидата богословия. В том же 1959 году учебным комитетом Академии Павел Николаевич направляется в центр Орловской и Брянской епархии — в город Орел, в распоряжение митрополита Орловского и Брянского Антония. Он назначает Павла Самчука старшим иподиаконом при Кафедральном соборе, казначеем и заведующим хозяйством всей епархии. За большой личный вклад в возрождение епархии Павел Николаевич был удостоен Патриаршей награды — ордена святого равноапостольного князя Владимира третьей степени.
Продолжая служить Господу, Павел Николаевич в Лазареву субботу 1978 года архиепископом Орловским и Брянским Глебом был рукоположен во диакона, я на следующий день, в Вербное воскресенье — во иерея, и назначен настоятелем храма Воскресения Христова в Брянска. Вскоре, за усердное служение, отец Павел был возведен в сан протоиерея, удостоен права ношения митры и назначен благочинным Брянского округа.
В год тысячелетия Крещения Руси и двухсотлетия Орловской кафедры, 19 июля 1988 года, в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре отец Павел принимает монашеский постриг с именем Паисий, в честь преподобного Паисия Величковского, на следующий день возводится в сан архимандрита, а 21 июля, в день чествования Казанского образа Матери Божией, в Богоявленском кафедральном соборе Москвы митрополит Ростовский и Новочеркасский Владимир (ныне митрополит Киевский и всея Украины) и сослужащие ему архипастыри совершили архиерейскую хиротонию архимандрита Паисия во епископа Орловского и Брянского. Напутствуя Владыку Паисия на архипастырское служение, митрополит Владимир вручил ему архиерейский жезл — символ духовной власти, с пожеланием ему помощи Божией в благоустройстве епархии и нелегком архиерейском служении.
Владыка Паисий стал сорок третьим правящим архиереем на древней Орловской кафедре.
В годы его архипастырского служения Церкви были возвращены многие храмы и церковные здания, построены новые. Умножилось и укрепилось окормляемое самим Владыкой духовенство, вырос его богословский уровень. Были организованы трехгодичные катехизаторские курсы, а при Орловском государственном университете созданы религиоведческое и теологическое отделения. Организованы воскресные школы для детей и взрослых. Началось возрождение православных монастырей, возобновило работу Орловское церковно-историко-археологическое общество, появились периодические православные издания.
Высоко отметил возрождение духовности в Орловской епархии Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, доверив Владыке Паисию проведение Кирилло-Мефодиевских торжеств 1997 года, а сам Владыка еще ранее, в канун Великого поста 1996 года, за заслуги перед Православием был возведен в сан архиепископа. Труды Высокопреосвященного Паисия были отмечены наградами Русской Православной Церкви — наряду с орденом святого Владимира, он был удостоен орденов Преподобного Сергия Радонежского и Святого Даниила Московского, наград братских Православных Церквей. 9 июня 2000 года архиепископ Паисий был награжден медалью «За укрепление боевого содружества», а Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II в честь юбилея, за усердное служение Церкви Христовой и вере Православной, наградил Высокопреосвященного Владыку Паисия орденом святого равноапостольного князя Владимира второй степени. В августе 2007 года архиепископ Паисий был удостоен звания Почетного гражданина Орловской области.
20 марта 2008 года Владыка Паисий скончался и 22 марта, после отпевания в Ахтырском кафедральном соборе, был похоронен на территории Успенского мужского монастыря города Орла.
Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 20 марта 2008 г. в связи с кончиной архиепископа Орловского и Ливенского Паисия архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн назначен исполняющим обязанности управляющего Орловской и Ливенской епархией с оставлением в должности управляющего Белгородской и Старооскольской епархией.
44-м епископом Орловским стал Преосвященнейший Иероним (Чернышов). На заседании Священного Синода 15 апреля 2008 года принято определение о хиротонии архимандрита Иеронима (Чернышова) во епископа Орловского и Ливенского (журнал № 7).
В воскресенье, 1 июня 2008 года, в крестовом храме Всех святых, в земле Российской просиявших, Патриаршей резиденции Свято-Данилова монастыря, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II с сонмом архипастырей совершил наречение архимандрита Иеронима во епископа Орловского и Ливенского.
2 июня 2008 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II и архиереи Русской Православной Церкви совершили в Богоявленском кафедральном соборе Москвы епископскую хиротонию епископа Иеронима. 7 июня епископ Орловский и Ливенский Иероним прибыл на кафедру.
На заседании Священного Синода РПЦ, прошедшего 27 мая 2009 г. в Санкт-Петербурге, удовлетворено прошение Преосвященного епископа Иеронима о почислении на покой по состоянию здоровья
На заседании Священного Синода РПЦ, прошедшем 27 мая 2009 г. в Санкт-Петербурге, Архиепископом Орловским и Ливенским определено быть Высокопреосвященнейшему Пантелеимону, архиепископу Майкопскому и Адыгейскому.
5 июня архиепископ Пантелеимон прибыл на Орловскую кафедру.
В соответствии с федеральным Законом «О свободе совести и религиозных объединениях», с 1 сентября 2001 года в школах Орловской области введен, как региональный компонент, спецкурс «Основы православной культуры», состоящий из трех восьмичасовых модулей в курсе Граждановедения (5-7 классы).
К чтению спецкурса привлекаются, кроме школьных педагогов, прошедших подготовку в Орловском институте усовершенствования учителей (ОИУУ), выпускники-религиоведы ОГУ и священнослужители. Число общеобразовательных школ города и области, где, в качестве регионального компонента учебного плана, читается факультатив ОПК, в 2008 году насчитывало 469. Специалисты ОИУУ и священнослужители епархии продолжают пользоваться авторскими программами по ОПК для 5-11 классов, четырьмя программами элективных курсов, программами для учреждений дополнительного образования с краеведческим уклоном, программами для патриотических клубов «Сыны Отечества» и школ орловского казачества.
В ряде школ практикуется интеграция духовно-просветительской работы в гуманитарные курсы учебных классов. В частности, в курс «Литература» (5 класс) включено изучение текстов Ветхого Завета, а в рамках курса «История России» идет знакомство с историей Русской Православной Церкви и православной культурой.
В январе-сентябре 2008 года протоиерей Георгий Леонтьев продолжил чтение факультатива ОПК с изучением Священной истории Ветхого и Нового Заветов в Некрасовской школе-интернате Орловского района Орловской области.
Иеромонах Алексий (Заночкин), настоятель Скита священномученика Кукши, исполнительный редактор газеты «Вера отцов», продолжает беседы по основам православной культуры с воспитанниками общеобразовательной школы в п. Тельчье Мценского района; протоиерей Александр Секретарев — посещения детского сада № 63, в котором он проводит вероучительные беседы с педагогами. В работе по окормлению дошкольных учреждений активную поддержку протоиерею Александру Секретареву оказывает заместитель директора Центра психолого-медико-социального сопровождения детей при детском саде № 24 Любовь Алексеевна Симонова.
Согласно Договору «О совместной культурно-просветительской и образовательной деятельности администрации Орловской области и Орловско-Ливенского епархиального управления Московского Патриархата» от 1998 года, Орловско-Ливенская епархия использует широкий спектр методов духовно-нравственного образования в ВУЗах, средних и средне-специальных учебных заведениях города и области.