В актовых книгах городского магистрата 9 октября 1579 г. зарегистрирована жалоба плотника Степана Апанасовича на могилевского купца Антона Азаровича в связи с постройкой новой деревянной Николаевской церкви высотою в 40 локтей (20 метров) и плохим обеспечением мастеров необходимыми строительными материалами. Имеются записи об освящении храма 25 апреля 1580 г., а также о его ограблении в 1598 г. Известно, что в 1607 г. у священника Никольской церкви Федора Сасина учил детей Дмитрий Нагой, будущий Лжедмитрий второй, который проживал некоторое время при церкви и отсюда отправился в Москву. Хроника Могилева за 1626 г. сохранила свидетельство о большом пожаре, во время которого выгорела центральная часть города, в том числе сгорели церкви Св. Николая и Козмо-Дамиановская.
Учреждение Свято-Никольского монастыря в Могилеве связано с деятельностью исторических лиц, имевших непосредственное отношение к церковной жизни храма. В апреле 1636 г. Киевский митрополит Петр Могила получил согласие от польского короля Владислава IV на постройку в Могилеве в Гривлянской сотне Свято-Никольского храма с помещениями «для особ духовных, чернцрв, попов и дьяков». В 1637 г., когда Могилевской епархией управлял епископ Сильвестр Косов, гривлянские прихожане построили временную деревянную Никольскую церковь и кельи для устроения монастырской жизни при храме.
В 1646 г. православные жители Могилева получили привилей от Владислава IV «на збудование мурованной (каменной) Николаевской церкви на фунтах, купленных гривлянскими мещанами, не униатами». Королевская грамота обеспечивала православным относительно спокойное существование церкви и монастыря, охраняя от насилия униатов и замкового правительства. Мещанам дозволялось также иметь в году два канона (совершения памяти святителя Николая по чину престольного праздника) и две ярмарки при церкви «на зимнего и весеннего Николу», традиция совершать которые сохранялась в Могилеве вплоть до советского времени. Копия этой грамоты, заверенная войтом Могилевского магистрата Дегтяревичем и регентом Юрием Трубницким, скрепленная печатью города, еще в 1848 г. хранилась в Никольском храме.
Никольский летний (неотапливаемый) собор в кирпичном исполнении начал строиться в Гривлянской сотне Покровского посада (в те времена в восточной части города) только в 1669 г. Храм возвели на северном высоком конце гривы, и в 1672 г. он был торжественно освящен. В нем было устроено два придела: правый - во имя св. Иоанна Предтечи (усекновения его главы), левый - во имя св. великомученика Дмитрия Солунского.
В 1697 г. царский стольник П.А. Толстой, посетивший Могилев, в путевых заметках отмечал: «За городом монастырь Николаевский, в нем живут инокини благочестивой греческой веры. В том монастыре церковь каменная, изрядного строения иконостас великий, золоченый».
Никольский собор - выдающийся памятник белорусской архитектуры XVII в, внесенный ЮНЕСКО в реестр наиболее ценных сооружений Европы в стиле барокко. Расположенный в пойме Днепра, он вот уже более трех столетий выразительно воспринимается с высокой части города. В плановом решении и объемнопространственной композиции храма использованы формы и приемы Богоявленской церкви, которые нашли здесь большую композиционную завершенность. Никольский собор также представляет собой двухбашенную крестово-купольную базилику. Внутреннее пространство храма шестью столбами разделено на три нефа; композиция помещения достаточно компактна и логична благодаря небольшому количеству столбов; средний неф более высокий, чем боковые. Над серединой создаваемого куполами креста на низком массивном световом барабане располагается большой лукообразный купол, венчаемый главою без окон, который объединяет обе части храма (основную и алтарную) в единое целое.
Главный фасад, подобно фасаду Богоявленского храма, выполнен в виде плоской стены, которая прикрывает только центральный неф. В декоративном оформлении фасада использованы местные художественные приемы: отдельные части декорированы лепным растительным орнаментом, который прежде не встречался в храмовом зодчестве Беларуси. Профильными карнизными поясками плоскость фасада разделена на три яруса. Первый, самый массивный, не имеет никакого украшения, кроме трех плоских полуциркульных ниш на всю его высоту. Он является своеобразным пьедесталом для последующих. Второй, значительно меньший по высоте, декорирован глухой аркатурой, пилястры которой покрыты лепным орнаментом. Композицию второго яруса завершают соединенные ниши с гирьками. Третий ярус значительно уже предыдущих. В нем данный арочный мотив прорисован более детально, а вместо пилястров возведены полуколонки. С двух сторон этот ярус обрамлялся четвериками, которые выполняли роль оснований для башен. (В настоящее время главный фасад предстает в несколько измененном виде, поскольку две его башни были разрушены в советское время.) Такой же декоративный мотив повторяется на боковых фронтонах и фронтоне алтарной части. Каждый ярус со своеобразным оформлением является композиционно завершенным и самостоятельным. Мотив плоской арочной ниши (воплощающий идею «входа») в разных вариантах встречается в каждом ярусе. Соединение всех мотивов вызывает впечатление простоты, разнообразия и богатства оформления и придает храму необыкновенную красоту.
Принципы постройки и оформления фасада отражают структуру деревянного резного иконостаса храма. Монументальный трехъярусный золоченый иконостас с колоннами, выполненный в технике сквозной резьбы, является выдающимся творением могилевских мастеров, иконописцев и позолотчиков XVII в. По композиции и технике резьбы он напоминает иконостас Смоленского собора Новодевичьего монастыря в Москве, выполненный белорусскими мастерами-резчиками в 1683-1685 гг.
Свято-Никольский женский монастырь действовал с 1637 по 1719 г., т.е. 82 года. Затем он был преобразован в мужской монастырь, который в 1754 г. был закрыт. В общей сложности монастыри действовали 117 лет. По закрытии же мужского монастыря Никольский храм стал приходским, однако при нем сохранялись двухклассное церковно-приходское училище и богадельня.
В первой половине XIX в. настоятель Никольского собора протоиерей Евфимий Бекаревич произвел в нем капитальный ремонт, и по смерти был погребен в храме. Могила его, к сожалению, разграблена и разорена в скорбном XX веке. Однако труд его, исполненный с величайшей ответственностью, и поныне вызывает в душах могилевчан искреннюю благодарность, поскольку ремонт собора был произведен столь тщательно, что помог храму стойко перенести долгие годы лихолетий и выстоять, несмотря на разрушительное забвение властей. Имя Евфимия Бекаревича в Могилеве не забыто: сохранилась металлическая плита его надгробия, которая по благословению архиепископа Могилевского и Мстиславского Максима в 1995 г. установлена в соборе на месте захоронения священника.
На монастырской территории рядом с Никольским собором в 1793-1796 гг. был построен зимний (теплый) храм, освященный во имя прел. Онуфрия Великого. Небольшое уютное и светлое строение в плане представляет собой прямоугольник без сводов и столбов; церковь имеет одну алтарную апсиду и притвор. Законченность общей композиции сооружения придает большой полусферический купол с выраженными геометрическими ребрами. С1901 г. в Никольском соборе служил священник Михаил Тимофеевич Плещинский, после смерти которого в 1934 г. храм был закрыт. Упадок церковной жизни в Могилеве выражался не только в закрытии монастырей и храмов, но и самой Могилевской епархии в 1937 г.
С 1946 г. в Никольском соборе была расположена книжная база. В 1954-1955 гг. стены и своды храма, украшенные многочисленными высокохудожественными росписями, были варварски перетерты цементным раствором. В конце 70-х гг. реставраторами частично были вскрыты росписи XVII в. на своде купола и в алтарной части. Это были фрески, выполненные по сухой штукатурке в свете малиновых, золотистых и изумрудно-зеленых тонов. С 1956 по 1990 г. различными организациями «велись реставрационные работы», в результате которых здание Никольского храма пришло в еще больший упадок, и к началу 90-х гг. воистину бесценный памятник храмового зодчества Беларуси представлял собой плачевное зрелище разрушающегося строения.
Начало новейшей истории Могилевского Свято-Никольского женского монастыря было положено в 1989 г, когда по благословению блаженной памяти святейшего патриарха Пимена и постановлению Св. Синода Русской Православной Церкви 6 июля 1989 г. Могилевская епархия была восстановлена. Управляющим епархией был назначен Высокопреосвященный Максим, архиепископ Тульский и Бепевский (1928-2002).
5 ноября 1990 г. решением Могилевского горсовета религиозному обществу православной церкви был передан комплекс зданий бывшего Никольского женского монастыря. Для организации там церковной жизни 1 декабря 1990 г. настоятелем назначили протоиерея Бориса Пташинского. Его заботами и трудами верующих при помощи владыки архиепископа и приходского совета кафедрального Трехсвятительского собора за два месяца был восстановлен зимний храм и 28 марта 1991 г. освящен архиерейским чином во имя преп. Онуфрия Великого. С этого времени в храме начали совершаться богослужения 18 октября 1991 г. Св. Синод Белорусской Православной Церкви официально постановил благословить открытие Свято-Никольского женского монастыря в г. Могилеве и назначил настоятельницей его монахиню Евгению (Волощук) с возведением ее в сан игуменьи.
В 1992 г. владыка Максим принял решение укрепить фундамент Никольского собора с северной стороны, чтобы предотвратить возможную усадку стен. Во время рытья траншеи землекопами были обнаружены многочисленные останки убитых людей (большинство найденных черепов были пробиты либо пулей, либо острым трехгранным металлическим предметом). Официальные обращения в компетентные государственные органы не пролили света на принадлежность захоронения, а обещания местных властей оказать помощь в приличествующем погребении человеческих останков остались обещаниями. Тогда на скудные церковные средства на территории монастыря, с южной стороны, за алтарными апсидами Никольского собора, в земле был сооружен склеп, в котором прах неизвестных и похоронили по христианскому обряду, а позднее над склепом соорудили часовню с высокой шатровой крышей.