Кн. Голицыну его бывшим протеже архим. Фотием были устроены провокационные и уродливые сцены, где архимандрит провозгласил князю не укладывавшуюся ни в какие нормы церковного права анафему. Как раз в это время "подоспел" и скандал с публикацией сомнительного сочинения пастора Госнера, которую, как крамольную, вменили в вину Голицыну… Встречи с Фотием, его послания, демарши митр. Серафима в конце концов убедили Александра в необходимости пресечения деятельности Голицына и возглавляемого им министерства, однозначно представляемой противниками Голицына как революционный заговор. Практическим результатом наветов на Голицына стала его отставка с постов министра Духовных дел и Народного просвещения и президента РБО. Министерство снова было разъединено. Отделение греко-православного исповедания было выделено из министерского подчинения и возвращено в ведение обер-прокурора Св. Синода. На место князя пришли другие люди, утверждавшие уже существенно иные настроения.
Если участие в этой интриге Аракчеева и Магницкого, как обусловленное сугубо личными, карьерными амбициями, малоинтересно, то вовлеченность в нее митр. Серафима и архим. Фотия должна производить впечатление ревнования об ущемленных правах Православной Церкви, о принижении ее места в институционном устройстве Российского государства. Тем не менее, представление митр. Серафима и архим. Фотия выразителями общецерковного протеста против политики правительства в религиозной сфере вряд ли будет правильным. Необходимо отметить, что единая церковная оппозиция государственной власти для церковной ситуации первой половины XIX в. трудно представима. Менее всего как общецерковную можно охарактеризовать позицию, направленную на прекращение деятельности Библейского общества и остановку работ по русскому переводу. Принципиальным противником закрытия Общества и прекращения русского перевода Священного Писания был свят. Филарет (Дроздов). С ним были солидарны многие церковные деятели. Для реализации планов по закрытию РБО митр. Серафиму с помощью Аракчеева и Шишкова пришлось добиваться изменения состава Синода, специально вызывать для поддержки из Киева своего сторонника митр. Евгения (Болховитинова). Все исследователи XIX столетия в оценке ситуации с закрытием РБО в той или иной степени были вынуждены обращаться к психологическим портретам участников этой истории, что должно свидетельствовать о решающей роли личностного фактора в стечении ее обстоятельств. Свят. Филарет (Дроздов) вспоминал: "думаю, известно, что в 1824 г. восстание против министра духовных дел и против Библейского общества и перевода священных книг образовали люди, водимые личными видами, которые, чтобы увлечь за собою других благонамеренных, употребляли не только изысканные и преувеличенные подозрения, но и выдумки и клеветы" . Согласно отмечается "слабохарактерность" ведущего тогда иерарха Церкви митр. Серафима, его зависимость от Аракчеева, несамостоятельность в данной интриге . Нет сколь либо веских оснований менять фактически устоявшийся облик архим. Фотия, как патологической особы с весьма извращенными представлениями о христианских ценностях, на образ идейного, бескомпромиссного борца с врагами Православной Церкви — слишком нарочито за его активностью проглядывают личностные амбиции и специфические интересы.
После снятия кн. А.Н. Голицына с поста президента РБО настал черед самого Библейского общества. Удаление Голицына от "механизмов", определявших и регулировавших религиозную политику государства, знаменовало серьезные изменения в ней. Государственную политику в религиозной сфере после 1824 г. стали определять совсем иные настроения, основным выразителем которых оказался "триумвират" лиц, вначале лишь исполнявших роли в "аппаратной" игре Аракчеева: митр. Серафим, наследовавший князю в его должности президента РБО; архим. Фотий, на короткое время приобретший духовное влияние на государя; позднее присоединившийся к ним, придерживавшийся крайне консервативных взглядов президент Императорской академии наук адмирал А. С. Шишков, ставший после Голицына главою министерства Народного просвещения. Сам факт избрания митр. Серафима новым президентом РБО может свидетельствовать о повороте Александра I в сторону традиционной церковной религиозности. (Необходимо отметить, что Александр І, не смотря на неоднократные представления, вплоть до своей кончины решительно противился закрытию РБО, которое считал своим детищем; Голицын продолжал оставаться его личным другом.) Не стоит говорить об утверждении какой-то новой идеологии, поскольку речь, прежде всего, шла о том, как общество не должно мыслить. Главным требованием было возвращение к прежним устоям и ценностям. Пыпин весьма нелестно охарактеризовал как приверженцев утверждавшейся идеологии мистицизма, так и тех, кто их победил: "И многие друзья, и эти противники Общества были одинаковые обскуранты".
Если инициатором действий по удалению Голицына с ведущих государственных постов нужно признать Аракчеева, то в последующей истории закрытия РБО и прекращения русского перевода ведущая роль, бесспорно, принадлежала адмиралу Шишкову. "Флотоводец" развернул против Библейского общества и русского перевода Библии настоящую военную кампанию. Лидерство Шишкова и марионеточную роль митр. Серафима в действиях против РБО убедительно демонстрируют воспоминания адмирала: "Того же числа [3 ноября 1824 г.], в 6 часов по полудни, отправились мы [Шишков с Аракчеевым] к митрополиту [Серафиму]. Я начал говорить, что хотя никаких гласных повелений о прекращении Библейских обществ не дано, однако ж с самой перемены министерства Просвещения намерение склонилось уже к тому, чтоб нигде о них не упоминать. Каким же образом здесь в Петербурге, под его [митр. Серафима] начальством, продолжают издавать об них известия и превозносить их похвалами, тогда как в цели и распространении оных открывается явный вред? Митрополит отвечал, что как за этот год собраны уже подписки на сей журнал, то он велел продолжить его до истечения года, а с будущего января оный прекратится. На сие возразил я: где идет дело о вреде, наносимом вере и нравственности, и который и так уже сильно распространился, можно ли там попускать еще более распространяться и утверждаться оному для сбора некоторого числа денег? Сверх того, с переменою министерства все благомыслящие люди ожидали и перемены направления умов от прежней худой в хорошую сторону. <...> После сего суждение обращено было на „Краткий катихизис", Архиереем Филаретом написанный и Синодом утвержденный . Митрополит защищал в нем перевод молитв, и вообще все переводы Священного Писания с Славенского (как все, незнающие языка своего, журналисты говорят) на Русский язык, утверждая, что многие Славенского языка не разумеют. Тут не мог я сохранить своего хладнокровия. <...> Напоследок, по долгом прении, общее заключение было такое, что Библейские общества должно прекратить, перевод Священных Писаний на простое наречие не выпускать и „Краткий катихизис" остановить". Это свидетельство наглядно показывает, как и кем решалась судьба Библейского общества. Похоже, что неожиданное для себя назначение на пост министра Шишков воспринял как призыв стать спасителем Отечества от заговора революционеров, неизменной частью которого для него была деятельность РБО, рассматриваемая им не иначе как подрывающая основы православной веры и, соответственно, устои государственного строя. Несгибаемое упорство старого воина (в 1824 г. адмиралу было 70 лет) оказалось решающим в этом деле. Шишков развернул столь бурную деятельность, что и гр. Аракчееву пришлось теперь действовать согласно с его воззрениями.