В конце ХIХ в. Александр III в связи с ростом антиправительственных выступлений ужесточил политику в отношении «сектантских» объединений. Государство вмешивалось во внутренние дела различных конфессий, строго регламентировало их структуру и деятельность. Все религии на территории страны делились на три группы: государственную (православное исповедание), терпимые (католическая, протестантская, армяно-григорианская церкви, ислам, буддизм, иудаизм, язычество) и нетерпимые («секты» — духоборы, иконоборцы, молокане, иудействующие, скопцы). Считалось особым видом преступления против веры — отвлечение и совращение из православия в другую веру, воспрепятствование воспитанию детей в православной или иной христианской вере, распространение ересей и расколов и др. Внеисповедное состояние государством не признавалось. В 1883 г. Закон о сектах возобновил запрет на переход в секты из православной веры, жесткое ограничение их деятельности. Деятельность по распространению материалистических, атеистических взглядов подвергалась уголовному преследованию.
Революционная ситуация в России в начале XX века вынудила правительство вносить коррективы в религиозную политику. Так, царский манифест от 26.02.1903 г. содержал обещание даровать свободу вероисповеданий, а Указ от 12.10.1904 г. «О предначертании и усовершенствовании государственного порядка» предписывал принять меры к устранению религиозных «стеснений». В царском манифесте «Об усовершенствовании государственного порядка» от 17.10.1905 г. также были обещаны гражданские свободы, в т.ч. свобода совести. Февральская революция 1917 г. упразднила самодержавие, лишив Православную церковь ее многовековой опоры, отменила «сословные, вероисповедные и национальные ограничения». В постановлении «О свободе совести» от 14.07.1917 г. под «свободой совести» понималась веротерпимость. При этом положение Православной церкви оставалось господствующим на том основании, что православие является религией значительного большинства населения страны.
Первые декреты советской власти коренным образом изменили положение Православной церкви и других религиозных организаций. Были национализированы все монастырские и церковные земли, отменены все национально-религиозные привилегии и ограничения, переведены все учебные заведения в ведение Комиссариата по народному просвещению, передана регистрация актов гражданского состояния государственным органам и церковный брак лишен юридической силы. Декрет СНК «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» (от 23.1.1918) каждому гражданину предоставлял право исповедовать любую религию или не исповедовать никакой. Запрещалось ущемлять свободу совести и устанавливать какие-либо привилегии на основании вероисповедного выбора граждан. Указание на религиозную принадлежность устранялось из официальных документов. Церковь отделялась от государства, упразднялись все прежние формы союза церкви и государства. Школа отделялась от церкви, вводилась государственная система светского образования. Эти положения нашли отражение в Конституции РСФСР, принятой 10.7.1918. В 1920-30-е гг. шел процесс ограничения сферы деятельности религиозных организаций, которая постановлением ВЦИК и СНК РСФСР «О религиозных объединениях» от 8 апреля 1929 г. сводилась к единственной функции -удовлетворению религиозных потребностей верующих в молитвенном здании. Конституция 1936 г. запретила религиозную пропаганду, оставив верующим лишь право на «свободу отправления религиозных культов». Но с 1943 г. в Православной церкви было восстановлено патриаршество. Через два года религиозные организации получили статус юридического лица, им было разрешено строительство, покупка собственности для церковных нужд.
Новый виток государственно-церковных отношений наблюдался в средине 1970-х гг. В РСФСР и других союзных республиках были приняты законодательные акты, расширявшие возможности религиозных организаций в удовлетворении религиозных потребностей верующих. Конституция СССР 1977 года подтверждала принцип отделения церкви от государства и школы — от церкви (статья 52). В середине 1980-х гг. начался процесс коренного изменения в государственно-церковных отношениях, снимались ограничения на деятельность религиозных организаций. В 1990 г. Верховный совет СССР принял закон «О свободе совести и религиозных организациях», а Верховный совет РСФСР утвердил закон «О свободе вероисповеданий». Эти законы расширяли права и свободы в области религиозных отношений.
Принципиально иной характер отношений государства и церкви декларирован Конституцией 1993 года. Российская Федерация является светским государством, ни одна из религий не является государственной или обязательной. Религиозные объединения отделены от государства и равны перед законом. Граждане равны в своих правах и свободах, независимо от отношения к религии. Каждому гражданину гарантируется свобода совести и свобода вероисповедания. Конституционные нормы получили дальнейшее развитие в федеральном законе «О свободе совести и религиозных объединениях», принятом Государственной думой 19.09.1997. Закон подтверждает право каждого на свободу совести и свободу вероисповедания, а также равенство перед законом, независимо от отношения к религии и убеждениям. Исходя из светского характера государства, одновременно провозглашается принцип уважения христианства ислама, буддизма, иудаизма и других религий, составляющих неотъемлемую часть исторического наследия народов России, но при этом подчеркивается особая роль православия в истории России, в становлении и развитии ее духовности и культуры.
Исторический путь российского общества к осознанию веротерпимости как условия цивилизованного сосуществования разных конфессий был долгим и сложным, отражая все противоречия процесса модернизации страны. В эволюции государственной религиозной политики периоды конфессиональной либерализации чередовались с эпохами репрессий не только против представителей религиозных меньшинств, но и против православного большинства. Подобные коллизии просматривались и в истории советской России. Эволюция государственно-церковных отношений в ходе минувшего столетия представляет собой сложный процесс перехода государства и религиозных организаций от конфронтации к нормализации и стабилизации отношений, к диалогу и сотрудничеству.
Современная Россия продолжает поиск новой модели церковной политики государства. Историк М.И. Одинцов подчеркивает, что процесс формирования данной модели до настоящего времени не завершен: «Эта модель может быть только синтезом исторического опыта разрешения »религиозного вопроса«. Не оправданы попытки тех или иных политических сил как бы »просто возвратить« в день сегодняшний ту или иную историческую модель государственной церковной политики. Причем неважно, под какими лозунгами: »восстановления советской власти« или »возрождения России«. Навязывание идеала из преодоленного прошлого есть проявление социального утопизма или авантюризма, что неизбежно приведет к разжиганию мировоззренческой нетерпимости, религиозных конфликтов, смыкающихся, в перспективе, с национализмом. Результатом может стать распад России как многонационального и многоконфессионального государства, который на долгие десятилетия лишит страну шансов на продвижение вперед».