В 1499году «молился Троице Живоначальные и Сергею Чудотворцу и приложила сию пелену», по свидетельству донаторской надписи, вторая жена великого князя Ивана III Софья Палеолог, племянница последнего византийского императора. Пелена была выполнена «замышлением и повелением царевны царь городской великой княгиней московской Софьей» после того, как ее сын Василий был провозглашен законным наследником на русский престол. Провозглашение на царский трон состоялось после долгой и драматической борьбы за престол с наследниками Ивана III от первого брака, а пелена являлась знаком торжества и победы великой княгини Софьи и одновременно данью благодарности Божественному Провидению. Целый комплекс прекрасных художественных памятников в разные годы был пожалован в Троицкую обитель Иваном Грозным . У царя были на то свои причины. Остаются лишь добавить, что все грозненские вклады, будь то произведения шитья, золотого и серебряного дела, мелкой пластики или ювелирного искусства, отличаются высоким артистизмом и великолепным качеством исполнения. Многие из них являются первоклассными памятниками своей эпохи, они и до настоящего времени смотрятся удивительно неожиданно, смело и современно.
К числу выдающихся работ царских чеканщиков второй половины XVI столетия принадлежит золотой оклад на надгробную икону с изображением преподобного Сергея Радонежского, изготовленный по заказу царя Федора Иоанновича. Икона служила крышкой раки Сергия в Троицком соборе монастыря. Исключительное место в музейном собрании занимают памятники годуновского времени. В летописи царствования Бориса Годунова неоднократно упоминаются особенные случаи посещения Троицкой обители русским царем. Он преподносил монастырю богатые вклады еще до своего воцарения, будучи боярином и конюшим при царе Федоре Иоанновиче. В том же 1598 году царь Борис Федорович «приложил к чудотворному местному образу живоначальные Троицы пелену большую, а на ней крест с дробницы, дробницы золота, на них святые знаменны резью и наведены чернью, около дробниц жемчугом сажено, около пелены травы жемчугом сажены, промеж жемчугу дробницы золота и камение многоценное». На протяжении всего XVII столетия монастырские храмы и сокровищница продолжали пополняться царскими вкладами. Как правило, это были лучшие произведения мастеров Оружейной палаты Московского Кремля. Работы столичных мастеров, выполненные по заказам представителей известнейших княжеских и боярских родов (Трубецких, Мстиславских, Репниных, Строгановых, Хитрово и других), являются яркой и запоминающейся частью музейного собрания. Музей свято следует завету «не отдавать и не продавать» эти ценнейшие памятники, о чем предупреждает надпись на водосвятной серебряной чаше келаря Александра Булатникова: «А кто сию чашу из дому живоначальной Троицы возыметь или власти продадут или кому отдадут судим будет со мною на втором Христове пришествии».
В синодальный период(1721-1918 годы) соборы, ризница, заново строившиеся дворцы и покои монастыря обогащаются памятниками, созданными в соответствии с вкусами и модой нового времени. Преобладающими среди них остаются произведения иконописи, лицевого и орнаментального шитья, книги, церковные предметы из драгоценных металлов. Вместе с тем в музее хранятся значительные памятники живописи, графики, стекла, фарфора и фаянса, мебели и предметов интерьера. Эти коллекции невелики по объему, но они включают в себя интереснейшие образцы, которые не встретишь в крупных музеях. При этом следует отметить, что именно эта часть музейного собрания наиболее пострадала в 1920-1930-е годы: вещи изымались из музея как «не имеющие художественного значения». В 1922году вышло постановление ВЦИК о ликвидации церковного имущества, в соответствии с которым все изделия из драгоценных металлов послепетровской эпохи подвергались своеобразной художественной переоценке. Из произведений XVIII века в музее рекомендовалось оставить лишь «самое значительное», а из памятников XIX века практически все предлагалось к изъятию. В результате большое и полное собрание прикладного искусства Сергиево- Посадского музея лишилось целого ряда памятников позднего периода. Лишь в последние десятилетия эта часть музейных коллекций начала активно пополняться. В настоящее время экспозиция, знакомящая с различными произведениями русского искусства XVIII-XIX веков, размещается в помещении Наместничьих покоев середины XVIII века.
Среди коллекций прикладного искусства XVIII века своей уникальностью выделяется комплекс жемчужного шитья. Еще в конце XVIII века своей уникальностью выделяется комплекс жемчужного шитья. Еще в конце XVII столетия из монастырских драгоценностей были созданы роскошные оплечья фелоней и стихаря, станы которых в 1730-ч годах из коронационных уборов императрицы Анны Иоанновны и ее сестер. Эти парчовые уборы были пожалованы в Сергиеву обитель после торжественного восшествия императрицы на российский престол. В музее хранится саккос из пунцового бархата, вышитый придворной золотошвеей Дарьей Лихновской в 1771-1772годах, который входил в число одеяний так называемой жемчужной ризницы (в настоящее время часть шитых жемчугом одеяний этой ризницы хранится в Государственной Оружейной палате). «Жемчужная ризница» была выполнена из старого монастырского жемчуга, украшавшего более ранние пелены, по приказу Екатерины II и по заказу Троицкого архимандрита Платона Левшина.
К середине XVIII столетия в Троице- Сергиевой Лавре сформировались две небольшие портретные галереи в Царских чертогах и Архимандричьем доме. К произведениям петровского времени относится портрет царицы Прасковьи Федоровны Салтыковой, жены царя Иона Алексеевича, приписываемый кисти известного художника Ивана Никитича Никитина Многие десятилетия своей творческой жизни с Троицкой обителью и ее деятелями был связан крупнейший русский художник XVIII столетия Алексей Петрович Антропов (1716-1795). В музее представлен целый ряд его работ: парадный портрет Елизаветы Петровны, написанный для Царских чертогов по заказу Синода (1744-1751 годы), коронационные портреты Петра III и Екатерины II (1762год.), а также написанный в 1770-1780-е годы портрет митрополита Платона Левшина.
В музейном собрании нашли свое место и те новые виды художественного производства, которые появились в России в XVIII и XIX веках. Изделия из стекла и хрусталя производства заводов Немчиновых, Бахметева, Орловых, Мальцова, Императорского стекольного завода в Петербурге широко использовались не только в повседневном обиходе (они находились, в Наместничьих покоях, Царских чертогах, монашеских кельях), но и употреблялись в богослужебной практике монастыря - это литургические сосуды, лампады, подсвечники. С начала XVIII века, когда в России начался процесс освоения и производства новых видов керамики, некоторые предметы богослужебной утвари стали изготовлять из фарфора, фаянса, майолики – потиры, тарели, лжицы для причастия, водосвятные чаши, кацеи, подсвечники. За годы существования музея старые монастырские коллекции были дополнены изделиями предприятий Попова, Сафронова, Корнилова, Кузнецовых, Федяшина, Гарднера, Императорского фарфорового завода. Среди разнообразной продукции еще одного нового для России вида производства – ткацкого – в собрании музея следует выделить немногочисленные сохранившиеся изделия предметов частных нижегородских фабрик Мерлиной и Колокольцева – шали, палантины, шарфы. Примечательно, что такого рода изделия использовались, среди прочего, и для создания предметов церковного обихода – пелен, покровцов, одеяний священнослужителей.
Исторически сложившийся в монастыре комплекс художественных памятников получил логическое развитие и дополнение в новых коллекциях музея, которые формировались на протяжении XX столетия.
В 1941 году в Сергиево – Посадский музей поступили коллекции Музея народных художественных ремесел ( организован в 1939 году на базе материалов выставки народного искусства в Государственной Третьяковской галерее), а еще раньше – Музея местного края (существовал с 1926 года). Эти коллекции послужили основной для систематического и целенаправленного комплектования собрания народного и современного дела во время экспедиций, которые осуществлялись сотрудниками музея, в различные регионы России на протяжении последних десятилетий.
В старом собрании Троице-Сергиева монастыря имелось небольшое число предметов быта – деревянные резные и расписные ковши, братины, ложки, гончарные изделия, токарные игрушки, вышитые полотенца, набивные ткани. В настоящее время собрание произведений народного искусства включает домовую резьбу и деревянную скульптуру северорусских районов и Среднего Поволжья, обширный комплекс предметов крестьянского труда и быта, украшенных резьбой и рукописью, - прялки, донца, трепала для льна, рубеля, изделия из глины и др. В музее собрана и систематизирована уникальная коллекция разных типов и вариантов прялок XVII-XX веков из разных регионов России. Художественная обработка металла представлена коваными и литыми изделиями, украшенными просечными и заштампованными узорами, - это светцы, сундуки, оправы зеркал, дверные замки и жуковины, самые разные образцы датируются XVII столетием. С искусством ткачества и вышивки модно познакомится на примере великолепного хоровода праздничных и свадебных нарядов. Представление о русском национальном костюме дополняет коллекция женских головных уборов – кокошники, повойники, сороки, платки и шали, украшенные золотыми и серебряными нитями, речным жемчугом, перламутром, раковинами, бисером, блестками.