После смерти 15 мая 1944 г. патриарха Сергия, вопрос о его преемнике специально обсуждался в правительстве. Г. Карпов поддержал «пожелание» местоблюстителя патриаршего престола митрополита Алексия о проведении выборов патриарха не на Архиерейском, а на Поместном соборе епископов, духовенства и мирян. Собор состоялся в Москве, с 31 января по 2 февраля 1945 года. В ходе его работы было принято «Положение об управлении Русской православной церковью» и единогласно патриархом Московским и всея Руси был избран митрополит Алексий.
Уровень организации Собора, обслуживания участников и гостей в условиях военного времени должен был произвести, и произвел, впечатление — в первую очередь, на представителей зарубежных Православных церквей. Они смогли убедиться, что возрождающая Русская православная церковь опирается на поддержку государства, и не только политическую, но и материальную, что, в свою очередь, должно было стать существенным фактором для нуждающихся восточных патриархатов при выборе их внешнеполитических приоритетов.
Кроме того, Собор продемонстрировал перед международной общественностью единство православных церквей, а также реальность претензий Московской патриархии на «водительство» всем православным миром. Собственно, Собор стал первым шагом на пути решения задачи, которая в качестве основной рассматривалась правительством в 1943 году. И. Сталин рассчитывал использовать Русскую православную церковь в качестве инструмента для осуществления своих геополитических планов распространения влияния СССР на послевоенную Европу, а, возможно, и весь мир. Очевидно, об этом шел разговор на еще одной встрече И. Сталина с руководством Московской патриархии — 10 апреля 1945 г. Вскоре в Московской патриархии был образован Отдел внешних сношений под председательством митрополита Николая (Ярушевича), что способствовало существенному расширению и укреплению связей Церкви с религиозными организациями за рубежом.
В ноябре 1943 г. Совнарком СССР принял постановление «О порядке открытия церквей». Принципиальным в этом постановлении было то, что решение — открывать церковь или отказать в этом верующим — принималось на местном уровне обл(край)исполкомами. Совету отводилась роль передаточного звена от областных органов к правительству. Если решение было положительным, то материалы через Совет передавались в СНК СССР для принятия распоряжения; потом это распоряжение Совет высылал в область как основание для регистрации нового религиозного общества. Ответственность и контроль за оформлением документов ложились на уполномоченных Совета в краях и областях СССР. За 1944 год поступило 6402 ходатайства верующих; за 1945 — 602518. Однако открыто было церквей за эти годы: 207 в 1944 г. и 509 — в 1945 г.19.
Причин такого малого количества положительных решений по заявлениям верующих несколько. Принятый порядок открытия церквей предполагал оформление множества документов (возраст заявителей, судимость, прописка; анкетные данные служителей культа, справки о состоянии культового здания и пр.), проверку данных, согласование их с различными инстанциями. Уполномоченные жаловались, что гор(рай)советы в большинстве своем к предоставлению материала относятся формально, сведения даются неполные и неверные, — в результате материал приходилось возвращать для дополнительного выяснения. Кроме того, ни верующие, ни духовенство не имели права ознакомиться с положениями постановления «О порядке открытия церквей», — все документы должны были оформляться «на основе устных разъяснений уполномоченного». Как правило, это приводило к ошибкам при оформлении, на исправление которых верующим требовались и время, и силы.
Управляющие епархиями были вынуждены сами отказывать верующим в удовлетворении их ходатайства по причине отсутствия священников. Например, только за первые 2 квартала 1944 г. Челябинский и Свердловский облисполкомы отклонили ходатайства об открытии 11 церквей на основе заключений архиепископа Свердловского, Челябинского и Ирбитского Варлаама20.
Нередко к торможению процесса открытия церквей приводила нерадивость, недисциплинированность уполномоченных, многие из которых, к тому же, все еще никак не могли преодолеть в себе негативного отношения к религии и религиозным организациям. Бывало и так, что сотрудники Совета во время своих служебных командировок вынуждены были сами рассматривать залежавшиеся ходатайства верующих и принимать по ним решения. К примеру, председатель Совета Г. Карпов, будучи в январе 1945 г. в Тамбовской области, из нерассмотренных уполномоченным 74 заявлений «рассмотрел все и дал указание на открытие 12 церквей"21.
Но все же основным фактором, тормозившим процесс открытия православных церквей, было противодействие на уровне местных органов власти — районном, городском, областном. Самое лаконичное выражение позиция представителей абсолютного большинства местного госпартаппарата нашла в утверждении заместителя председателя исполкома г. Саратова: «Советским людям храм не нужен!». В основе негативного отношения местных руководителей к вопросу об открытии церквей и активизации деятельности церкви лежало убеждение, что поворот в государственно-церковных отношениях связан с определенными политическими мотивами руководства страны и не имеет никакого отношения к повседневной работе в районе, городе, области.
На областном уровне в большинстве случаев принимались отрицательные решения. Мотивы отклонения были разнообразными: «имеется церковь в соседнем районе», «группа верующих не отражает интересов большинства населения района» и просто — «за нецелесообразностью». Преобладающим поводом для отказа верующим в открытии церкви было то обстоятельство, что здание церкви занято под склад, гараж, зернохранилище и прочие хозяйственные нужды. Распространенной причиной отказа верующим в открытии церкви была такая: «невозможность эксплуатации по причине ветхости». В этих случаях Совет требовал, чтобы к материалам прилагались акты технического осмотра зданий и документы об отказе верующих произвести необходимый ремонт. Но, как выяснялось позже, многие составленные акты не соответствовали действительности. Так, в июне 1944 года Совет на основании представленных облисполкомом материалов разрешил разобрать церковное здание в селе Затемье «как непригодное для молитвенных целей и угрожающее обвалом» (к материалам был приложен акт технического осмотра здания). Дважды Рязанский райисполком пытался приступить к слому здания, но «встретился с организованным сопротивлением верующей части колхозников местных колхозов »Труженик« и »Большевик«, которые одновременно стали добиваться открытия церкви"21.
Жалобы верующих «на обманные действия властей» в большом количестве поступали в Совет. У инициаторов открытия церквей вымогали взятки, от верующих требовали предварительного ремонта здания, выплаты «недоимок» за предыдущие годы и пр. Например, по предложению райисполкома села Павлово Ярославской области верующие уплатили налоги за недействовавшую церковь с 1939 по 1943 годы в размере 27 тыс. руб., отремонтировали здание, вложив еще 18 тысяч, но церковь не была отдана общине, а была занята под зернохранилище.
Группы верующих, потеряв надежду на регистрацию общины и открытие церкви законным путем, самовольно занимали пустующие храмы; шли на подкуп представителей власти подарками, деньгами, зная, что взяткодательство каралось сурово. В результате, в стране увеличивалось количество нелегально действующих православных молитвенных домов.
Руководство Совета придерживалось мнения, и не раз ставило в известность о нем правительство, что многократный отказ в удовлетворении ходатайства об открытии церкви ведет лишь к закреплению религиозных убеждений и «усиливает религиозный фанатизм». В появлении нелегальных молитвенных домов Г. Карпов видел большее зло, чем в увеличении количества официально зарегистрированных церквей, деятельность которых находилась под контролем. Там, где настойчиво ставился вопрос об открытии церквей, Г.Г. Карпов предлагал «пойти на расширение сети действующих церквей до 2–3 на район, не останавливаясь перед разрешением открытия церквей и в областях, и краях со значительным числом действующих церквей, но в тех районах, где их нет"22.
По мере поступления в Совет первых отчетов Уполномоченных выявилась и другая проблема — изъятие храмов и молитвенных домов у действующих религиозных обществ. По мере продвижения линии фронта на запад возвращались эвакуированные учреждения и организации, возобновляли свою деятельность советские органы власти. Начался процесс административного изъятия церковных зданий, закрытия молитвенных домов. В ряде областей Украины, в Ставропольском крае он приобретал характер массовых кампаний. Так, председатель Ставропольского крайсовета весной 1944 года издал приказ освободить все занятые здания, а если других предоставить нет возможности, то общины распустить. Исполнение подобного рода решений подчас осуществлялась грубо, сопровождалась оскорблением религиозных чувств верующих, что нередко в итоге приводило к столкновениям с верующими.
Сначала Совет пытался взять ситуацию под контроль через своих уполномоченных. Не получив результата, Карпов ходатайствовал перед правительством о принятии специального постановления. Такое постановление было принято 1 декабря 1944 г. — «О порядке открытия церквей и молитвенных зданий на территории, освобожденной от немецкой оккупации». Однако разъяснения правительства о необходимости учитывать потребности религиозных обществ, не проводить поспешных действий по изъятию культовых зданий смогли лишь частично улучшить ситуацию. Например, в Сумской области за 1944 г. и первую половину 1945 г. облисполком принял решение об изъятии 67 церквей.