Епископ Виссарион (Пую) разделил Транснистрию в 1943 году на три епархии: Северную с центром в Тульчине, Центральную с центром в Балте и Южную с центром в Одессе. Во главе Северной епархии был поставлен архимандрит Антим (Ника), во главе Центральной — епископ Василий (Стан), в Одессе оставался сам епископ Виссарион. Патриарх Никодим дал ему назначение быть епископом Одесским и всея Транснистрии . Румынская миссия в Транснистрии обладала значительным аппаратом и кадрами, в её состав входило более 400 миссионеров. Ближайшими помощниками начальников миссии являлись 14 благочинных.
В своей работе В.И. Алексеев и Ф. Ставру приводят выдержки из «Отчёта Румынской православной миссии в Транснистрии с 1 апреля до 30 июня 1942 года», составленного архимандритом Антимом, помощником начальника миссии. Из отчёта явствует, что, не дожидаясь конца войны, румыны во многих местах начали выделять землю для церквей, по 5–10 гектаров на церковь. Архимандрит Антим констатировал недостаток священников, количество которых надо бы было увеличить в четыре раза, а также типичное для всей оккупированной территории массовое крещение детей и большое количество венчаний. Им выражалось сожаление, что при свободе всех религиозных вероисповеданий на оккупированной румынами территории, в деревнях, где нет священников, развивается сектантство. В то же время миссию осаждали делегации приходов, приезжавшие не только из Транснистрии, но и из-за Буга (т.е. с Украины, оккупированной немцами), с просьбой прислать священников. В связи с этим румынский Синод дал распоряжение рукополагать местных русских из лиц, имеющих необходимое образование .
По мере приближения фронта румынское духовенство в большинстве своем бежало на запад, в Бессарабию, потом в Румынию. На приходах оставались священники русского и украинского происхождения, которые, конечно, пользовались несравненно большим доверием и любовью народа.
За время оккупации на территории Транснистрии стало функционировать 12 монастырей и до 500 храмов. На 30 июня 1942 года в Транснистрии служило 287 священников, 18 диаконов и 106 псаломщиков . Сам факт, что миссионерам удалось открыть 40% действовавших до революции храмов, свидетельствует о вовлечении тысяч людей в церковную жизнь. Этому способствовали миссионерские курсы, лекции, съезды духовенства и верующих, издание религиозной периодической литературы и другие мероприятия. Вместе с тем румынизация Транснистрии вызвала отрицательное отношение населения. Введение румынского языка встречало глухое сопротивление прихожан, и, после того как большинство румынского духовенства при приближении фронта уехало в Румынию, многие прихожане радовались, что у них служат снова «славянские» священники.