Священники и автономной, и автокефальной церквей под давлением оккупантов были вынуждены выступать в роли «пропагандистов» своевременного выполнения сельхозпоставок и рекомендовать родителям «охотно посылать своих детей на работу в Германию, где они познакомятся с новыми способами хозяйствования, которые затем смогут использовать на своей земле» . Но не помощь оккупантам была главным содержанием деятельности религиозных общин и духовенства на оккупированных территориях Украины. Священнослужители разных конфессий видели свою миссию в том, чтобы помочь исстрадавшимся соотечественникам в годину тяжелых испытаний и в первую очередь — детям и военнопленным. Большую роль в этом деле играли монахини и послушницы различных монастырей.
Всего за годы оккупации в республике было открыто не менее 5400 православных храмов, что соответствовало 40% дореволюционного количества церквей .
Немецкая политика, сводившаяся к попыткам отделить Украину от России не только в политическом, но и церковном отношении, потерпела поражение. Не помогло оккупантам и их поощрение сепаратистского движения, в том числе и церковного. Оккупационные власти впоследствии пришли к выводу, что большинство населения Украины не стремилось к созданию своего независимого государства.
Всё это вместе взятое свидетельствовало о том, что украинский народ в большинстве своём осознавал свою общность с русским народом, и эта общность состояла в единой вере предков — православии.
Молдавия, Северная Буковина и Одесская область во время их оккупации румынскими войсками были включены в состав Румынского государства. Румынская Патриархия распространила на них, без согласования с Московской Патриархией, свою юрисдикцию, проводя репрессии русского духовенства. Вводился новый стиль.
В Бессарабии был восстановлен порядок, существовавший до 1940 года. В Кишинев вернулся митрополит Ефрем (Тигиняну), который занимал эту кафедру до 1940 г. в составе Румынской церкви. Но Одесская область и Молдавское Приднестровье никогда раньше не входили в юрисдикцию Бухареста. Церковная жизнь на этой территории за два с лишним десятилетия советской власти была разрушена, и ее надо было восстанавливать, но, вместе с тем, румынские государственные и церковные власти ставили и иную задачу — румынизацию .
То, что Румыния была православной страной, создавало в её оккупационной зоне особые условия. В церковном и политическом отношении она становилась частью Румынии. Восстановлением православия руководило румынское духовенство. На оккупированную румынскими войсками территорию СССР была послана духовная миссия, имевшая целью не только восстановление православия, но и постепенную румынизацию Церкви и населения занятой территории. Не случайно, что руководитель Румынии Ион Антонеску лично давал указания, как развёртывать миссионерскую деятельность в Транснистрии и как подбирать кадры миссионеров .
Во главе миссии стоял архимандрит Юлий Скрибан, известный русофоб, приехавший из Бухареста . В ноябре 1942 года он был заменён епископом Виссарионом (Пую), выпускником Киевской духовной академии, хорошо знавшим церковно-славянский, русский и украинский языки.
Епископ Виссарион не препятствовал совершению богослужений в церквах Одесской епархии по-церковнославянски, сам часто проповедовал по-русски и пользовался потому доверием со стороны православных русских и украинцев. Из местного духовенства он благоволил к тем, кто принадлежал ранее (в советский период) к канонической Церкви, обновленцев и самосвятов принимал в клир только после их перерукоположения.
Румынские власти, недовольные тем, что епископ Виссарион не считал первоочередной задачей румынизацию Одесской епархии, в 1943 г. отозвали его из Одессы. Его преемником в должности начальника миссии стал молодой архимандрит Антим (Ника), который, напротив, настойчиво проводил линию на румынизацию церковной жизни. В феврале 1944 г. он был хиротонисан в Бухаресте во епископа Измаильского и Транснистрийского .
30 ноября 1942 года в Дубоссарах открылась Духовная семинария. Её ректором назначили Д. Христеску и приняли на обучение 80 студентов. На семинарию возлагалась задача румынизации церковной жизни юго-запада Украины, и потому занятия в ней проводились на румынском языке.
Мероприятия по открытию, реконструкции и постройке церквей потребовали значительных средств. Их собирали с населения, а, кроме того, оккупантами отпускались в кредит специальные ассигнования, с обязательством вернуть их после открытия храмов. Местное население участвовало в ремонтных работах и сборах средств на восстановление храмов.
Румынские миссионеры рассматривали себя как силу, которая постепенно должна была организовать церковную жизнь по всей России . Формируя миссионерские кадры, румынское правительство Антонеску создавало для них льготные условия. Румынское духовенство приезжало в Транснистрию на 6 месяцев и затем сменялось новыми священниками. Согласившимся уехать в Россию священникам выдавали тройное жалование, промтоварный и продовольственный пайки; им предоставлялась возможность получать за требы с населения и изыскивать другие доходы. Кроме того, за миссионерами сохранялись доходы по прежним приходам. Румынские священники получали 600 марок в месяц, тогда как русские — всего 200.
Многие русские священники, которым в то время пришлось служить в Транснистрии, свидетельствовали, что со стороны румынской миссии их подозревали в русофильстве, получение должности сопровождалось многочисленными трудностями. В миссии бывали случаи взяточничества и поборов.
Измаильской румынской епископией была создана комиссия по проверке документов у русских и украинских священников, бежавших из-за Днестра. Отказавшихся проводить румынизацию населения священников комиссия передавала румынской жандармерии для отправки их в концлагеря. Комиссия изыскивала всевозможные меры, чтобы не допустить русских и украинских священников к занятию хороших приходов, придиралась к мелочам с целью лишить их права служения .
В своей рукописи «Православие и гитлеризм» епископ Сергий (Ларин) приводит свидетельства священников о неблагочестивом поведении румынских миссионеров. Не довольствуясь большим пайком и окладом, многие из них занимались спекуляцией, скупали золотые вещи, драгоценные камни, всевозможные ценности. Нередки были случаи самого бессовестного вымогательства денег у верующих за требы. Румынские миссионеры курили на улицах, посещали рестораны, театры, кафе. Некоторые румынские священнослужители являлись агентами сигуранцы, были случаи их доносов на патриотов и партизан .
Оккупационные власти и руководители миссионерских организаций считали необходимым максимально активизировать и разнообразить приемы и методы своего воздействия на население. Для достижения этой цели в ряде городов проводились специальные курсы, совещания, съезды. Литература, проповедь, благотворительность — всё строилось с расчетом укрепить влияние захватчиков. В храмах продавали и раздавали портреты Гитлера, Муссолини, Антонеску, их восхваляли и прославляли. Румынские миссионеры не стеснялись использовать в своих целях даже богослужения. Каждое крупное событие в жизни фронта неизменно сопровождалось богослужениями с кощунственными просьбами к Богу оказать помощь захватчикам. Как праздники отмечались годовщины нападения на СССР, захваты крупнейших городов, дни рождения Гитлера и другие события. В честь румынских солдат, убитых на войне, устраивались торжественные заупокойные панихиды с произнесением хвалебных слов . Духовенству было предложено во всех храмах по воскресеньям устраивать «религиозно-нравственные чтения» с прославлением «освободителей» — оккупантов. В Одессе во всех церквах служили торжественные молебствия по случаю дня рождения и ангела губернатора Алексяну. Там же местные власовцы во главе с Пустовойтовым получили от фашиствующего духовенства стяг. В оккупационной печати делались клеветнические выпады против патриарха Сергия и Священного синода .
В ряде городов были открыты «дома христианской культуры» — своеобразные церковные клубы, где устраивались собрания верующих, лекции, вечера с пением румынского гимна. Большое внимание миссионеры уделяли постановке своей работы среди рабочих. На предприятиях для них устраивались специальные лекции, сопровождаемые чтением стихов, пением, музыкой. Румынские миссионеры использовали в своих целях радио, кино, театр. В селах священники создавали культурные кружки.
Важнейший участок в своей деятельности фашисты видели в школе. Тут их деятельность развёртывалась по двум направлениям: с учащимися и педагогами. Преподавание Закона Божия нередко сопровождалось чтением фашистской литературы и заучиванием фашистских гимнов и стихотворений. При кафедре богословия Одесского университета была устроена библиотека, где находилось много фашистских книг. Там же все студенты должны были слушать курс богословия, который читал румынский миссионер архимандрит Антоний Харгел. Для педагогов во многих городах были устроены богословские курсы, в Одессе их посещало 200 учителей.
Такие учреждения, как тюрьма, трудовые и концентрационные лагеря, лагеря для военнопленных, тоже были объектом внимания и деятельности румынских миссионеров.
Румынская миссия в Одессе имела довольно значительное издательство во главе с главным редактором А. Балясным и собственную типографию. Кроме большого количества непериодической литературы, миссия выпускала журналы.