В Царском Селе 21 июня 1892 г. на Победоносцева напал некий Владимир Гиацинтов, ученик 5 класса Псковской семинарии. Вот, что о нем пишет Победоносцев: «Молодой человек возбуждает крайнюю жалость, весь больной, истомленный и, как видно, слабоумный (интересно как он тогда доучился до 5 класса семинарии), расстроенный нервами... Пролежав 2,5 месяца в больнице, он прямо оттуда пошел на покушение. Если он служил притом орудием сторонних внушений, то спрашивается, откуда они явились – во Пскове ли еще или в больнице. В январе 1894 г. Победоносцева очень волновала болезнь Императора Александра 3. Тяжко переживал Победоносцев угасание в Крыму столь любимого им Императора Александра 3. 20 октября 1894 г. Государь скончался. Памяти его Победоносцев посвятил речь, произнесенную 26 февраля 1895 в присутствии Императора Николая 2 в заседании Исторического общества. 14 ноября 1894 г. состоялось бракосочетание Государя. В первые годы своего царствования Император Николай Александрович иногда советовался с Победоносцевым, и тот иногда писал ему. Так в связи со студенческими беспорядками Победоносцев пишет царю, что необходима твердая власть, но вместе с тем, Победоносцев не сочувствовал предполагавшейся отдаче виновных студентов на военную службу. На этом еще в 1898 г. настаивал Витте. А.С. Суворин, редактор-издатель «Нового времени», записал в своем дневнике, что при обсуждении этого вопроса в Комитете министров, Победоносцев заявил: «Нет, Сергей Юльевич, так нельзя». В 1896 г. выходит в печать «Московский сборник» Победоносцева, который был переведен на многие иностранные языки. В 1899 г. Победоносцев издал в Москве книгу «Вечная память: Воспоминания о почивших». О дальнейшей деятельности Победоносцева хорошо говорится в дневнике стас-секретаря А.А. Половцева, который 24 марта 1905 г. записал слова Победоносцева: «В первые два года, когда меня изредка спрашивали, я давал ответ, по крайнему моему разумению, прямой и открытый. А затем меня уже не спрашивали, я ведал только дело моей должности по вверенному мне ведомству...» Но иногда он решался давать советы. Так, в письме от 8 апреля 1902 г. он выдвинул на пост министра народного просвещения попечителя Варшавского учебного округа А.Н. Шварца.
Особенное внимание Победоносцев обратил на образование народа в духе преданности царю и Церкви. Церковно-приходская школа в полном смысле слова была обязана своим появлением и развитием К.П. По его стараниям в распоряжение духовного ведомства были отпущены большие средства для развития церковно-приходских школ и церковного просвещения народа. Так, к концу царствования Александра 2 и началу государственной деятельности Победоносцева (1880) в России насчитывалось 273 церковноприходских школы с 13 035 учащимися, а к концу его деятельности (1905) таких школ в стране уже насчитывалось 43 696 с 1 782 883 учащимися. Не менее был озабочен К.П. вопросом об улучшении материального быта духовенства. И в этом отношении им было сделано очень много. Благодаря ему из государственного казначейства был значительно увеличен отпуск сумм на жалованье духовенства, а в 1902 г. был издан указ о пенсиях духовенству. Его желанием было, чтобы духовенство, окрепнув материально и освободившись от принижающего гнета нужды, заняло в общественном и государственном строе то место, которое отвечает его действительному значению. Отмечается учреждение новых епархий, приходов и устройство при возникавших женских обителях школ и благотворительных учреждений для окрестного населения. Пересмотрены были уставы и штаты духовно-учебных заведений. Стараниями Победоносцева особенно развилось церковно-книжное издательство.
После издания манифеста 17 октября 1905 года, разрешавший создание политических партий и учреждение Государственной думы, Победоносцев подал в отставку. К.П. Победоносцев, обличавший издавна ложь конституционного строя и всегда выступавший за самодержавие, не мог после этого манифеста оставаться на посту обер-прокурора. Скончался К.П. Победоносцев в Санкт-Петербурге 10 марта 1907 года. Заупокойная литургия и отпевание были совершены в Воскресенском Новодевичьем женском монастыре на Забалканском проспектке. Служили 3 митрополита. Присутствовал Государь.
Как говорил Флоровский о Победоносцеве: « Его имя – символ эпохи... Есть что-то призрачное и загадочное во всем духовном образе Победоносцева. «И только тень огромных крыл», очень удачно о нем сказал Блок. Он был очень скрытен, в словах, в действиях, и в его «пергаментных» речах было трудно расслышать его подлинный голос. Он всегда говорил точно за кого-то другого, укрывался в условном благозвучии и благообразии очень и очень размеренных слов. Свои книги он имел обыкновение издавать безымянно, точно он их издает или составляет, точно он в них передает или излагает чьи-то чужия мнения и мысли. Победоносцев по своему был народником или почвенником. Это сблизило его с Достоевским... Народником Победоносцев был не в стиле романтиков или славянофилов, скорее в духе Эдмунд Берка. Очень многое в его критике западной цивилизации и прямо напоминает контрреволюционные идеи Берка». Да действительно Победоносцев как и Берк был консерватором и если Берк выступал против революции во Франции, то Победоносцев выступал против конституционного строя как предвестника революции. Революция во Франции ввергла страну в хаос и анархию, к чему привела революция в России наверно разъяснять не надо, поэтому Победоносцева нельзя рассматривать однобоко, вот он консерватор и ретроград. Разносторонняя учено-литературная и публицистическая деятельность Победоносцева дает возможность выяснить во всех деталях мировоззрение этого государственного человека. Особенно характерным в этом отношении является издание Победоносцева, появившееся в 1896 г. под заглавием: «Московский сборник». Как уже говорилось, здесь подвергаются критике основные устои современной западноевропейской культуры и государственного строя, сравнительно с главными чертами национально-русских идеалов. Главными пороками западно-европейской культуры, по воззрению Победоносцева являются рационализм и вера в добрую природу человека. Первый отдает человека в полную власть логического вывода и обобщений, имеющих значение и силу в действительности лишь постольку, поскольку верны жизненные факты, лежащие в основании посылок; вторая приводит к идеи народовластия и парламентаризма – «великой лжи времени». Взятые вместе, оба фактора производят крайнюю смуту во всем строе европейского общества, поражая и «русские безумные головы»... Масса населения, неспособная к проверке широких обобщений путем внимательного изучения фактов, отдается в жертву людям, умеющим воздействовать на нее своим красноречием, способностью легко и ловко делать обобщения и другими, еще более низкими приемами борьбы (подбор партий, подкуп и.т.д.). (Как это актуально звучит и в сегодняшние дни). Парламентские деятели принадлежат, большею частью, к самым безнравственным представителям общества; люди же чести и долга обыкновенно не красноречивы, неспособны «нанизывать громкия и пошлые фразы»; они раскрывают себя и силы свои в рабочем углу своем или в тесном кругу единомышленных людей». Согласно с таким взглядом, все, что основано на господстве рационализма и идей народного правительства, находит в Победоносцеве строгого судью. Вредна периодическая печать, так называемая, выразительница общественного мнения. Эта сила развращающая и пагубная, ибо она, будучи безответственной за свои мнения и приговоры, вторгается с ними всюду, во все уголки честной и семейной жизни, навязывает читателю свои идеи и механически воздействует на поступки массы самым вредным образом. Эти сведения о Победоносцеве взять из словаря Брокгауза и Ефрона дореволюционного издания, естественно в нем не могло быть критики на Победоносцева. Но время порой бывает намного лучшим критиком, чем люди. Прошло 100 лет с момента написания «Московского сборника», а темы затронутые в нем остаются актуальны и подтверждаются событиями прошедших времен, да и настоящего времени.