В 1792 г. с Бодбийской епархией была объединена Сигнахская митрополия, и архиепископом Бодбийско-Сигнахским стал Иоанн (Макашвили; в русских источниках - Бодбель-Макаев). К нач. Х1Х в. в епархии числилось уже больше 100 приходских церквей. Своя церковь была почти в каждой деревне. Среди них особенно следует выделить Вознесенский собор в Озаани (IX-X вв.), бодбийскую церковь свв. Георгия и Нины, купольный собор Хирсского монастыря св. Стефана, выстроенный на месте древней базилики и неоднократно перестраивавшийся (в VIII-IX, XI, XVI вв.). Хирсский монастырь, наряду с Бодбийским, являлся значительным культурно-образовательным центром Кахети. Следует также отметить монастырский пещерный комплекс Иорского ущелья (не позднее IX-X вв.), где особо выделяются монастыри Магазанеби и Колагиреби XI-XII вв.
14 июля 1811 г., в связи с упразднением автокефалии Грузинской Церкви и вхождением ее в состав Русской Православной Церкви в качестве Грузинского Экзархата, была произведена и церковная реорганизация. Бодбийская кафедра была упразднена и наряду с другими епархиями Грузинской Церкви вошла в состав Алавердско-Кахетинской епархии, предстоятелем которой был назначен Бодбийско-Сигнахский архиепископ Иоанн (Макашвили). 30 августа 1814 г. по проекту первого Экзарха Грузии Варлаама (Эристави) было восстановлено несколько епархий, в числе которых наряду с Алавердской, Ниноцминдской, Руставской и Некресской, была восстановлена и Сигнахско-Кизикская, включившая в себя территорию Бодбийско-Сигнахской епархии, кафедру которой в сане митрополита занял Иоанн (Макашвили).
На основании данных грузинских историков А. Пурцеладзе и П. Иосселиани можно составить приблизительный список бодбели: Лазарь (1506), Захария (1556-1590), Максим (1562-1588), Василий (1604-1620), Арсений (Авалишвили; 1631-1650), Евдемон (1662), Матфей (1669), Николай (Цицишвили; 1673-1679), Евдемон (Диасамидзе; 1696-1699), Захария (Андроникашвили; 1702-1716), Онуфрий (Андроникашвили; 1736-1748), Иоанн (Джорджадзе; 1746-1760), Давид (Вачнадзе; 1761-1780), Савва (1776), Даниил (1782), Иоанн (1787-1811), Кирилл (Джорджадзе; 1791-1792), Онуфрий (1795), Иоанн (Макашвили; 1799-1837).
В 1886 г. было учреждено Алавердское викариатство Грузинского Экзархата, территория которого охватывала всю юго-восточную часть Грузии, в том числе и историческую территорию Бодбийской епархии.
Епархия была возобновлена в 1917 г. после восстановления автокефалии Грузинской Церкви. На сегодняшний день территория Бодбийской епархии охватывает Сигнахский и Дедоплис-Цкаройский районы Грузии, кафедральным городом является Сигнахи. Епархией управляет Бодбийский архиепископ Николай (Пачуашвили). По состоянию на 2002 г. в епархии служат 1 архимандрит и 5 священнослужителей. Действуют храмы: кафедральный собор в Сигнахи, кафедральный собор во имя вмч. Георгия Победоносца и св. равноап. Нины в Бодбе, кафедральный собор во имя Св. Стефана Первомученика в Тибаани, храмы во имя св. Ильи Праведного в Цнори, св. Иоанна Крестителя в Вакири, в честь Рождества Пресвятой Богородицы в Дедоплис-Цкаро и маленькая церковь в деревне Самрекло Дедоплис-Цкаройского района.
В епархии действуют отделение “Миссии и евангелизации” и благотворительный союз “Бодбе”.
Монастырь Бодбе находится в 2-х км. от г. Сигнахи, ок. с. Кедели. По сведению грузинской летописи “Обращение Картли”, постройка церкви над могилой св. Нины относится ко времени царствования св. блгв. царя Мириана: основав здесь женский монастырь, царь пожертвовал ему много селений и земель (см. выше).
Царская династия Кахети и Картли особо заботилась о материальном обеспечении и благосостоянии монастыря. Можно полагать, что до 30-х гг. XIII в. Бодбийский монастырь оставался значительным христианским центром Грузии. С 30-х гг. XIII в. по XV в. сведений о монастыре не сохранилось, что связано с вторжениями монголов и сильным разрушением как епархии, так и монастыря. В XV в., с образованием самостоятельного царства Кахети, Бодбе вновь обрел былую славу религиозного центра. Однако, уже в XVI в. положение вновь резко ухудшилось в связи с иранской экспансией, что привело к упразднению женского монастыря.
Но правящая династия всегда проявляла особую заботу о Бодбе - своим попечением известны цари Леван (1520-1574), Александр II (1574-1605), Теймураз I (1606-1616, 1634-1648), Арчил II (1664-1675), Теймураз II (1709-1715, 1733-1744, 1744-1762), Ираклий II (1744-1762, 1762-1798), Георгий XII (1688-1703), а также другие члены царской семьи – царевич Теймураз, внук царя Левана, царевна Елена (сестра Ираклия II) и царица Кетеван (жена Георгия XII), что проявлялось в пожаловании драгоценной церковной утвари, рукописей и книг, укреплении и возобновлении монастырских церквей и помещений, в освобождении от государственного налогообложения, даровании сел и значительных земельных владений.
По сведению немецкого ученого и путешественника Иоганна Гюлдендштедта, ко времени посещения им Бодбе в 1772 г. здесь уже действовала мужская обитель, упраздненная после кончины последнего бодбели Иоанна (Макашвили) в 1837 г. 7 мая 1889 г., по ходатайству населения Кахети, российский император Александр III издал указ о возобновлении женской обители св. Нины, которая была торжественно освящена архимандритом Николаем (Микеладзе) по особому благословению Экзарха Грузии Палладия (Раева). По свидетельству еп. Кириона (Садзаглишвили), активная деятельность игумении Ювеналии вскоре вывела монастырь в число самых крупных монастырей Грузии: на возобновление монастырского комплекса было истрачено 110 300 рублей, пожертвованных населением Кахети, в распоряжение монастыря было предоставлено 150 десятин пахотной земли и рыбная ловля по р. Алазани на 25-верстном расстоянии. Были восстановлены церковь, училищный корпус, настоятельский дом, дом монастырского духовенства, здания для сестер, странноприимница, ограда, разные хозяйственные постройки и подворье в Тифлисе. Первоначально в обители числилось 6 или 7 насельниц из России, но в скором времени число подвизающихся возросло до 200.
По сведению Д. Пурцеладзе, еще во время предстоятельства архиепископа Бодбийского Василия при Бодбийском монастыре в 1617 г. была учреждена школа, в которой помимо церковных предметов преподавались также и светские науки: философия, физика, геометрия. Эта школа была предметом особой заботы бодбели; после вхождения Грузии в состав России она была преобразована в 3-хклассное духовное училище, которое из-за малочисленности учеников в 1838 г. было слито с Телавским. Ок. 1889 г. при Бодбийском храме была основана монастырская школа с рукодельным и рисовальным отделениями.
Бодбийский монастырь владел богатой библиотекой. По сведению Д. Пурцеладзе, из Бодбийского книгохранилища по распоряжению Грузино-Имеретинской Синодальной конторы Тифлисской Духовной Семинарии было передано (прибл. 70-е гг. ХIХ в.) 40 древних рукописей, а 12 были оставлены в монастырском книгохранилище. П. Иосселиани и Д. Пурцеладзе перечисляют особо примечательные из них: “Чин освящения церкви” (XVI в.), “Месячная минея” (XVI в.), “Требник” (XVII в.), “Шестоднев” Василия Великого (XVII в.), “Типикон” 1756 г., миниатюрное грузинское “Четвероевангелие”, вероятно, редакции св. Евфимия Святогорца, в золотом переплете, пожертвованное царевичем Георгием (сыном Ираклия II) в 1776 г. (а само Евангелие какой древности?- вероятно, редакции Георгия Святогорца), “Евангелие” на грузинском языке, напечатанное в Москве и богато украшенное (XVIII в.), краткий “Требник” (XVIII в.), “Толкования” Евангелия от Матфея (2 экз.) и Евангелия от Иоанна, пожертвованные бодбели Онуфрием, “Слова” Григория Богослова и “Мартирика” Католикоса-Патриарха Антония I, подаренные монастырю Иоанном (Макашвили). Помимо церковной литературы, библиотека обладала такими трудами, как “Грузинская грамматика” Католикоса-Патриарха Антония I, “Гузинский лексикон”, “Риторика” и др. (все утеряно в советские годы после национализации церковного имущества).
П. Иосселиани и Д. Пурцеладзе также приводят перечень, также утерянных и сохранившихся лишь в описании историков, наиболее замечательных предметов церковной утвари Бодбийской обители: это большой напрестольный позолоченный серебряный крест древнего стиля, пожертвованный неизвестным лицом в 1627 г., икона Божией Матери русской работы, пожертвованная Георгием XII в 1776 г., его же дар в 1740 г. - позолоченный серебряный крест; крест, украшенный драгоценными камнями для ношения перед архиереем; драгоценный крест с изображением двенадцати Господних праздников, изящно вырезанный из слоновой кости, инкрустированный золотом с массивной подноской и украшенный 28 яхонтами, 76 изумрудами, 10 алмазами и др. камнями, пожертвованный бодбели Иоанном (Макашвили) в 1834 г.; очень ценное серебряное паникадило, пожертвованное царевной Еленой в 1779 г. Из архиерейских панагий особо замечательны панагия с изображением Спасителя, украшенная яхонтами и алмазами, и панагия с изображением двуглавого орла, украшенная алмазоподобными, по выражению исследователей, камнями.
После революции монастырь был закрыт. В 1995 г. Священный Синод Грузинской Церкви принял решение об обновлении церкви св. Нины, в связи с чем Католикос-Патриарх Грузии Илия II благословил начать археологические раскопки, во время которых были обнаружены: сосуд малого размера с надписью XVII в., фрагменты фаянсового сосуда с голубым орнаментом XI-XII вв., медный сосуд с надписью о его принадлежности епископу Иоанну Бодбийскому, чаша с разноцветным орнаментом, по стилю и технике выполнения схожая с восточно-грузинской керамикой I в., колокол, датированный средними веками. Найденные предметы хранятся в церкви св. Нины.