Несмотря на то, что с 1962 года возобновились паломнические путешествия на Афон представителей Русской Церкви, они были очень и очень редкими.
Единственная форма помощи русским святогорцам заключалась в периодических посылках, отправляемых через Московскую Патриархию, которые свидетельствовали о глубокой любви русского верующего народа к афонским инокам...
В связи со случившимися пожарами в Пантелеимоновом монастыре и Андреевском скиту Московская Патриархия послала 13 ноября 1962 года через посольство СССР в Греции денежные переводы на восстановление пострадавших помещений, в каждый из них по 75 тысяч греческих драхм. Кроме того, в Пантелеимонов монастырь Святейший Патриарх направил грузовой автомобиль.
"Мы всегда помним вас, – свидетельствовал митрополит Ленинградский и Новгородский Никодим, – своих русских иноков, находящихся вдали от родного края, в трудных и тяжелых условиях несущих свои подвиги духовного совершенствования и молитвы. Бог даст, устроятся дела русского иночества на прославленном с древних времен Святом Афоне".
В связи с празднованием 1000-летия Великой Лавры преподобного Афанасия на Афоне были предприняты новые шаги к восстановлению духовной связи Русской Церкви со Святой Горой. В послании Святейшего Патриарха Алексия Святейшему Патриарху Константинопольскому Афинагору от 20 мая 1963 года подчеркивалась постоянная многовековая связь Русской Православной Церкви с русскими монастырями и инонациональной братией Святой Горы. Напоминалось также, что Константинопольский Патриарх всегда признавал вполне каноническими связи Русской Церкви с Афоном и все проявления русского церковного покровительства инокам Святой Горы.
Подчеркивая далее озабоченность Русской Православной Церкви будущими судьбами Святой Горы и русских обителей на ней, Святейший Патриарх Алексий призвал Константинопольского патриарха употребить весь свой авторитет, чтобы разрешить святогорскую проблему и вернуть Святой Горе ее общеправославное значение, какое она имела на протяжении минувшего тысячелетия. Вопрос о современном положении святогорского монашества с особой серьезностью был поднят на Совещании в Лавре святого Афанасия на Афоне 24 июня 1963 года. В Совещании участвовали Святейший Патриарх Константинопольский Афинагор, Святейший Патриарх Сербский Герман, Блаженнейший Патриарх Румынский Юстиниан, Святейший Патриарх Болгарский Кирилл, представитель Патриарха Московского и всея Руси Алексия архиепископ Ярославский и Ростовский Никодим. Были также представители и от других Православных Церквей со своими клириками.
"Долг всего Православия и каждой Православной Церкви в отдельности, – сказал в своем слове Святейший Патриарх Афинагор,– рассматривать все церковные вопросы со всеправославной точки зрения. Вопрос о Святой Горе, который относится ко всему Православию, относится также и к компетенции каждой из Православных Церквей".
Но сохранение Святой Горы в качестве "всеправославного монашеского центра, единой всеправославной державы и единой духовной лечебницы" невозможно без того, чтобы святогорская иноческая дружина не пополнялась беспрепятственно посланцами братских Церквей. В связи с этим, присутствовавший на торжествах патриарх Болгарский Кирилл, обращаясь к Константинопольскому патриарху Афинагору, воскликнул:
"Ваше Святейшество, Господь взыщет с Вас, а история Вас осудит, если в Ваше патриаршество угаснут славянские лампады на Святой Горе".
На это патриарх Афинагор ответил:
"Когда Московский патриарх Алексий был в Фанаре (8 декабря 1960 года), я уведомил его, что он может посылать на Святую Гору сколько угодно монахов и всем им будет гарантирован прием. То же самое я повторяю и сегодня: все Церкви могут посылать на Афон столько монахов, сколько сочтут нужным. И для всех тех, кто будут посланы, полной гарантией будут подписи соответствующих Предстоятелей Церквей. Я как духовное лицо сам поручусь за тех, которые будут посланы".
По общему мнению участников Совещания, это заявление Константинопольского патриарха о гарантированном приеме в святогорские обители всех монахов, которых сочтут нужным направить на Афон предстоятели Поместных Церквей, было особенно важным на прошедшем совещании.
14 октября 1963 года Константинопольскому патриарху Афинагору был направлен список из 18 лиц, ожидающих разрешения на поселение в Пантелеимоновском монастыре. Одновременно документы на 18 кандидатов были представлены в министерство иностранных дел Греции. После долгого и необоснованного затягивания решения этого вопроса, а также после повторного обращения к патриарху Афинагору патриарха Алексия от 23 июня 1964 года и митрополита Никодима от 11 июля 1964 года № 822/65 было получено разрешение на въезд в Русский Пантелеимонов монастырь только пяти монахам. В июле 1966 года четверо из них выехало на Афон, но уже на следующий год один из них по болезни возвратился на Родину. Таким образом, братию монастыря пополнило всего лишь три человека.
Этого числа было явно недостаточно для возрождения обители, поскольку ситуация в ней продолжала ухудшаться. Вот как описывал положение в монастыре в 1964 году его игумен, схиархимандрит Илиан:
"В эту зиму у нас необыкновенные холода, в церкви четыре градуса, заболели все гриппом, на две церкви осталось 16 человек, остальные престарелые и больные".
(Из письма схиархимандрита Илиана патриарху Алексию)
По-прежнему огромный урон монастырю наносили пожары. Самый сильный из них произошел 23 октября 1968 года, когда выгорела вся восточная стена двора с шестью часовнями, огнем были уничтожены монастырские гостиницы и келии. Пожар, начавшись с восточного корпуса, охватил парадные помещения, архондарик и настоятельские келии в восточном крыле Покровского корпуса. Кровля и междуэтажные перекрытия рухнули вниз. На тот момент в обители находилось только 8 монахов. Все они были в весьма преклонном возрасте. Тем не менее, с помощью Божией им и подоспевшим на помощь немногочисленным мирянам удалось остановить распространение огня и не допустить гибели главных соборов и библиотеки. После этого катастрофического пожара на выгоревшей на глубину нескольких сантиметров земле чудом осталась жива маслина, посаженная некогда от ростка дерева, выросшего на месте мученической кончины святого великомученика и целителя Пантелеимона. Это событие братия монастыря восприняло как несомненный знак того, что молитвенное предстательство святого великомученика не покинет его обители. В то время в монастыре стала стереотипной фраза, выражающая веру и терпение святогорцев:
"Угасаем по причине нехватки отцов, но верим, что Богоматерь убережет свой дом".
После удара стихии монастырь представлял собой страшное зрелище. Архиепископ Волоколамский Питирим, посетивший обитель в 1972 году в составе делегации, сопровождавшей Святейшего Патриарха Пимена, писал:
"Стоят пустые выгоревшие корпуса у монастырской пристани, опустошены пламенем восточный и южный братские корпуса, а в ночь на праздник Преображения Господня в 1969 году выгорел большой участок леса, спускавшийся с перевала от Старого Руссика к самому монастырю ".
В 1968 году русское святогорское братство пережило еще одну тяжелую утрату. С кончиной игумена, архимандрита Михаила, окончательно опустел Андреевский скит с его прекрасными строениями и самым большим на Балканах Андреевским собором. Грекам удалось доказать, что скит построен на земле Ватопедского монастыря, хотя по Сан-Стефанскому мирному договору и постановлению Константинопольского патриарха Анфима Андреевский скит имел статус монастыря наравне с другими главными обителями Афона. После смерти последнего русского инока из скита была вывезена наиболее ценная утварь, иконы, святыни. Оставшись необитаемым, скит очень быстро стал разрушаться. Монастырь Ватопед долгие годы не посылал туда на жительство своих иноков. В 1982-м году руководством Ватопедского монастыря даже рассматривало возможность передачи Андреевского скита Русскому Свято-Пантелеимонову монастырю, но этим планам так и не суждено было сбыться.
После потери Андреевского скита в ведении русских иноков еще оставался Ильинский скит. К сожалению, после смерти его настоятеля схиархимандрита Николая скит подпал под влияние иноков, приверженцев Русской Зарубежной Церкви. В нем прекратилось не только традиционное для русских афонских обителей поминовение имени Патриарха Московского и всея Руси, но и возношение имени Константинопольского Патриарха, являющегося каноническим епископом Святой Горы, что в конечном итоге и обусловило потерю для русских и этого скита.
Тем временем количество братии Руссика продолжало уменьшаться. В 1969 году митрополит Ленинградский и Новгородский Никодим, обращаясь к инокам Свято-Пантелеимонова монастыря, отметил:
"На вашу долю выпал нелегкий жребий подвизаться в обители Святого Великомученика Пантелеимона в один из труднейших периодов ее истории. Численно умалились вы, но подвиг ваш от того стал еще выше пред Богом. Ваши благочестие, вера и ревность о славе Божией трудно выразить на бумаге языком человеческим. Воистину вы не только низлагаете ветхого человека, но и побеждаете старость плотскую. Поэтому примите от православных людей Отечества вашего благодарный поклон. Мы восхищаемся вашим подвигом и молимся о вас, вместе с вами разделяем печали и радости ваши. Вместе с вами мы едины в молитвах, обращаясь ко Господу Сил, Пречистой и Пресвятой Богоматери и Великомученику Пантелеимону о сохранении обители сей от всякого злого обстояния на радость подвизающимся в ней и всех православных русских людей для назидания многим, кто хочет жить единым на потребу".