К 30-м годам X в. могущественный некогда халифат пришел в полный упадок и распался на ряд фактически независимых государств-эмиратов. Этим воспользовалась Византия, которая стала активно отвоевывать свои бывшие владения. В 969 году отряды императора Никифора II Фоки освободили Антиохию. С этого времени для Православного Антиохийского Патриарха наступает пора расцвета. Антиохия становится крупным центром христианской культуры как грекоязычной так и арабской. В окрестностях города развивались монастыри, разворачивалась активная литературная и богословская деятельность.
Установившаяся в Сирии в 1-ой половине XI в. относительная политическая стабильность была разрушена появлением турок-сельджуков с их опустошительными набегами. В декабре 1084 г., в ходе внезапного удара, сельджуки овладели Антиохией. Само по себе установление сельджукского владычества на Ближнем Востоке в конце XI в. не повлекло за собой заметного ухудшения социального статуса местных христиан. В большей степени они страдали, как и остальное население, от политической нестабильности в Сирии, бесконечных войн небольших эмиратов, насильственных разделов и переделов территорий. В 1097 г. расстановка сил в Восточном Средиземноморье кардинально изменилась с появлением там крестоносцев, шедших освобождать Святую землю от ига мусульман.
Крестоносцы захватили Антиохию после 7-месячной осады 2 июня 1098 г. Власть над Антиохией получил Боэмунд Тарентский, давний противник Византии. В июле 1099 г. после 5-ти недельной осады пал Иерусалим и на отвоеванных у мусульман землях возникли христианские государства: Иерусалимское королевство, графство Триполи, Антиохийское княжество, графство Эдесса - 3 последних располагались на территории Антиохийской Православной Церкви. Восточная часть Патриархата - Дамаск, Хомс, Хама, Халеб и др. - осталась под властью мусульман, а Киликия и ряд приевфратских областей - в составе Киликийской Армении.
С победой крестоносцев положение сирийских христиан отнюдь не улучшилось: латиняне воспринимали своих восточных единоверцев как неполноценных христиан; не могло быть и речи о допуске их в правящее сословие, и уже в 1100 году Патриарх Иоанн Оксита был изгнан из Антиохии, а на его место поставлен латинский прелат Бернард из Валенсии, что явилось формальным установлением схизмы между Антиохией и Римом. Латинские патриархи вскоре начали замещать православных епископов католиками на территории Антиохийской Православной Церкви. При этом продолжалось параллельное преемство православных Патриархов Антиохии, проживающих в изгнании в Константинополе, о которых известно мало, даже многие имена их вызывают сомнение.
В 1165 г., Антиохия переходит под власть Византии и сюда возвращается православный Патриарх Афанасий I Манасси. Спустя 5 лет, он с большой частью клира погиб при землетрясении, погребенный под развалинами храма. После поражения Византии в битве с сельджуками при Мириокефалах (1176) о каком-либо влиянии ее в Сирии уже не могло быть и речи, а через четверть века Константинополь пал под ударом крестоносцев. Тем не менее, именно после этого в Антиохии был восстановлен православный Патриархат.
В 30-х гг. XIII в. папский престол понял невозможность напрямую включить восточных христиан в католическую Церковь и взял курс на создание автономной церковной организации, которая состояла бы в унии с Римом. Патриарх Симеон II отверг этот проект; его преемник Давид в 40-х гг. XIII в. склонялся было на переговоры с папой, но следующий православный Патриарх Евфимий I отказался признать главенство Рима, за что был изгнан из города.
14 мая 1268 г. мамлюкский султан Египта Бейбарс захватывает Антиохию. Город был сожжен и разрушен, после чего пришел в полное запустение, уже не поднявшись из руин. Мамлюки, использовавшие Антиохию как пограничное укрепление, оставили ее незаселенной. Крупное землетрясение 1324 г. окончательно разрушило город.
Патриарх Евфимий, в 1263 г. в очередной раз высланный из Антиохии кн. Боэмундом VI, в момент падения города находился в Византии. После событий 1268 г. Антиохийские Патриархи больше не возвращались в свою прежнюю столицу. Латинские патриархи также оставили Сирию вскоре после 1268 г.; тем не менее католическая Церковь до XX в. сохраняла преемство титулярных католических “патриархов Антиохии”.
XIV–XV - самые “темные века” в истории Антиохийского Патриархата, характеризующиеся общим упадком и, в первую очередь, угасанием летописной традиции ближневосточных христиан, в результате чего крайне мало известно о церковной истории этого времени. После почти вековых скитаний по разным городам, Антиохийские Патриархи с 40-х гг. XIV в. избрали своей постоянной резиденцией Дамаск, крупнейший экономический и культурный центр Сирии, который до настоящего времени остается местом пребывания Антиохийских первосвятителей.
Следует отметить тот факт, что в 1-ой пол. XV в. Антиохийский Патриархат был вовлечен в процесс объединения Западной и Восточной Церквей, кульминацией его стала Флорентийская уния 1439 г. Но в 1443 г. Антиохийский, Александрийский и Иерусалимский Патриархи официально отвергли унию с католической Церковью.
В XIV в. в Восточном Средиземноморье началось стремительное расширение новой державы - Османской империи. 29 мая 1453 г. османский султан Мехмед II захватил Константинополь. В результате победоносных походов султана Селима I (1512–1520) турки уничтожили государство мамлюков.
Православные в Османской империи пользовались особыми привилегиями по сравнению с прочими немусульманскими конфессиями. Однако в реальной жизни эти права и привилегии постоянно нарушались османскими властями, и чем дальше от столицы, тем чаще. В Сирии Церковь облагалась множеством незаконных поборов, для скорейшей уплаты которых турки иной раз подвергали тюремному заключению даже митрополитов или Патриархов. В то же время православная община не подвергалась целенаправленным религиозным гонениям, в арабских провинциях Османской империи не отмечено случаев массовой или насильственной исламизации. Единственный период преследования православных на Ближнем Востоке связан с Греческим восстанием 20-х гг. XIX в., когда Антиохийскому Патриарху Серафиму едва удалось избежать казни.
По разным оценкам, численность православных в Антиохийском Патриархате в сер. XIX в. достигала 60–110 тыс. (около 8–9% от всего населения Сирии). В 40-х гг. XIX в. здесь насчитывалось около 290 священников и 250 церквей, 17 монастырей и 110 монашествующих. Епископы ставились, как правило, из монахов или из числа овдовевших священников. Священник рукополагался на приход с согласия местной общины, обязанной после избрания подчиняться ему и обеспечивать его содержание. Время от времени региональные общины христиан соперничали между собой за влияние в Патриархате. Наибольшую роль играли общины Дамаска, традиционной столицы Сирии и Патриаршей резиденции, и Халеба, экономического центра страны. Иногда подобное соперничество приводило к внутрицерковным смутам, когда Патриарший престол оспаривали друг у друга ставленники разных общин.
Осенью 1918 г. сиро-ливанское побережье было занято английскими войсками, а области внутренней Сирии находились под контролем союзника Антанты эмира Фейсала, сына хиджазского короля. По условиям Версальского договора 1919 г., Сирия и Ливан перешли под управление Франции. В самой Сирии арабские националисты связывали с Фейсалом мечты о создании независимой арабской державы на территории Аравии, Сирии и Месопотамии. Часть православной общины поддерживала эти планы; Патриарх Григорий демонстрировал лояльность правительству и при провозглашении Фейсала королем Сирии (март 1920) принял участие в церемонии его коронации. Однако европейские державы не пожелали мириться с тем, что в Дамаске складывался очаг арабского национально-освободительного движения, и летом 1920 г. французские войска свергли режим Фейсала. Патриарх Григорий, известный своими националистическими настроениями, в 1921–1922 гг. содержался французскими властями под домашним арестом.
В 1922 г. турки сумели изгнать иностранные армии, оккупировавшие Анаталию. По Лозаннскому договору 1923 г. часть территории Антиохийской Православной Церкви - Киликия, Эдесса (Урфа) и Мардин - оказалась в составе Турецкой республики; по соглашению с Грецией об обмене населением все православные были депортированы из этих районов, несмотря на их протесты и заявления, что они арабы, а не греки.
Затянувшаяся процедура выборов нового Патриарха завершилась в феврале 1931 г. избранием в Бейруте кандидата от ливанской партии митр. Лаодикийского Арсения (Хаддада). Тем временем в Дамаске был избран митр. Трипольский Александр III. По смерти Арсения (янв. 1933) он объединил весь Патриархат под своей властью. Накануне начала второй мировой войны французские власти передали Турции район Александретты, в котором находится Антиохия (тур. Анталья). Эта акция (до сих пор официально не признанная Сирией) значительно ухудшила положение местного христианского населения.
Патриарх Александр III стоял на позициях арабского национализма, выступая, в частности, в поддержку палестинских арабов, боровшихся с сионистской колонизацией. В 30-х гг. ХХ в. значительная часть православных, вместе с мусульманами выступая за независимость Сирии, поддерживала арабское национальное движение. В свое время он учился в КДА, свободно говорил по-русски и довольно часто бывал в СССР. В год начала Великой Отечественной войны Патриарх Александр III обратился к христианам всего мира с просьбой о поддержке России и ее народа. Впоследствии он 4 раза посещал Москву, где участвовал в интронизации Патриарха Алексия I (1945) и праздновании 40-летия восстановления Патриаршества (1958).