Епископии Южной Албании по-прежнему входили в юрисдикцию Константинопольского Патриархата. Из известных 18 Дельвинских епископов наиболее древний - Ма(на)сия (1270), среди прочих выделяются ученый муж Захария (1670-1682) - неустанный проповедник, Манассия (1682-1695) - создатель школ в селах своей епархии, предшественник в этом святого равноапостольного Космы Этолийского (пам. 4 авг.). Имеется множество свидетельств об истории епископии Дриинопольской в XI-XVIII вв. Из известных 41 ее епископа такие выдающиеся, как Софиан (1672-1700) - борец против исламизации, Митрофан (1752-1760) - музыковед и Досифей (1760-1799), которому в эпоху господства мусульманских властей удалось воздвигнуть ок. 70 храмов.
В период османского владычества самым серьезным испытанием для Церкви Албании было массовое принятие ислама албанцами. Исламизации населения способствовало и отсутствие христианской литературы на родном языке. В то же время в приморском регионе Химары действовали различные пропагандистские римо-католические миссии. Для укрепления Православия во многих районах с XVII в. возводились новые монастыри, которые превращались в центры духовного делания, противостояния иноверию, воспитания, напр., в монастырях Равенийском, Пепельском, Дринском, Чепском, Поличанском, Чатистском, Каменском, Лесиницком, Кокамьяском, Паяашском, Химарском, Дримадском, Кипарском, Хормовском, Кодрском, Арденицком, Аполлонийском, Пред-теченском в Мосхополе (совр. Воскопоя) и др. Православное население поддерживали клирики. Особенно отличался иеромонах Нектарий (Тер-пос) из Мосхополя. Он подвизался в период с 1719 по 1730 г. в области Берата и Спафии. Бежал от преследований в Италию, где издал свою книгу "Вера", которой старался отвратить православных от ислама. Во многих местах Албании со строительством храмов и организацией школ сопротивление исламу усиливалось. В числе наиболее важных центров был Мосхополь, построенный в труднодоступной гористой местности. Большое положительное значение имело отсутствие в городе военной османской администрации. В XVIII в. он имел примерно 60 тыс. жителей. Население его было достаточно однородно в религиозном и социальном отношении - это были православные купцы и ремесленники. Экономическое благосостояние и городское самоуправление определили и высокий культурный уровень жизни в городе. Большую славу стяжала "Новая Академия" Мосхополя (1744), ее библиотека и типография. В городе было 20 храмов. До 1670 г. Мосхополь непосредственно подчинялся архиепископу Охридскому, а затем - Корчинской митрополии. Его упадок начался после разграбления, которому он в условиях феодальной анархии трижды подвергся в 60-80-х гг. XVIII в.; ныне превратился в деревню.
Чтобы избежать исламизации и сохранить свою веру, отдельные группы христиан в период османского завоевания предпочитали становиться "криптохристианами". Они имели имена и внешнее поведение мусульман, однако в семейной жизни сохраняли православные традиции. Наиболее типичным случаем криптохристианства в Албании является Тоскидон (Спафия) - горный район южнее Эльбасана. Это явление продолжалось с конца XVII до конца XIX в. В этом регионе были и новомученики: прп. Никодим (1722), Эльбасан, пам. 11 июля) и Христос Садовник, или Арванитис (т. е. Албанец, 1748), пам. 12 февр.).
Четвертый период (1767-1937): от упразднения автокефалии Охридской архиепископии до канонического дарования автокефалии Албанской Православной Церкви.
В этот период реорганизуются митрополии и епископии, строятся новые храмы и предпринимаются систематические усилия по духовному пробуждению православных. Выдающейся личностью этой эпохи является св. Косма Этолийский, который с 1775 г. подвизался в Албании, завершив свою миссионерскую деятельность мученичеством в 1779 г. в Берате. Спустя 30 лет др. святой, вероятно, из Спафии - сщмч. Никита Албанский, проповедовал Христа и пострадал в районе Серр и Драмы (1809, пам. 19 февр.).
В ХVIII-ХIХ вв. предпринимались попытки перевода Священного Писания на албанский язык. Среди переводчиков первым упоминается иером. Григорий Константинидис, впоследствии митрополит Диррахия, который перевел Ветхий и Новый Завет, используя албанскую графику, но этот перевод не сохранился. В XIX в. Григорий Аргирокастрский (еп. Эвбейский) опубликовал перевод Нового Завета на албанском языке греческой графикой. Позднее свет увидели переводы К. Христо-форидиса на гегском (1869) и тоскском (1879) наречиях также греческими литерами.
В этот период выдвинулись иерархи: митрополиты Диррахия Григорий Константинидис Мосхополит (1767-1772) и Хрисанф из Мадита (1821-1823), один из создателей нового метода, греческой певческой нотации; митрополиты Дриинупольские Досифей (1760-1799), Гавриил Сифносский (1799-1827), Иоаким Хиосский (1828-1835), который дважды восходил на Константинопольский Патриарший престол (1860-1863 и 1873-1878; см. Иоаким II, Патриарх Константинопольский); Белиградские митрополиты Иоасаф II (1802-1855) и Анфим Алексудис (1855-1887).
В 1878-1881 гг. возникло и получило развитие самое крупное общенациональное движение за автономию и территориальную целостность Албании, известное под названием Албанская лига, или Лига Призрена. Добившаяся фактической автономии Северной Албании и Косова, Лига в итоге была разгромлена Турцией. Попытка возродить движение в 1899-1900 гг. (Лига Пейи) также окончилась неудачей. Только в результате народных восстаний 1909-1912 гг. стало возможным завоевание независимости Албании. 28 ноября 1912 г. в г. Влёра была провозглашена независимость Албании и образовано правительство во главе с Исмаилом Кемали - этот день отмечается как национальный праздник.
Великие державы признали независимость Албании только через 2 года.
С момента создания в 1912 году независимого албанского государства начинается новый период истории Православной Церкви в Албании. В этот момент возникает настоятельная необходимость самостоятельности албанских религиозных общин. В решении этого вопроса важную роль сыграла албанская диаспора в Америке и в Европе. Значительной была деятельность еп. Дурреса Фана Ноли (Феофан Стилиан Ноли), выступавшего за автокефалию Албанской Церкви и демократические преобразования в стране; он возглавил антифеодальную революцию 1924 г. и стал премьер-министром демократического правительства. Епископ Фан Ноли перевел многие церковные тексты на албанский язык, настаивал на введении албанского языка в богослужение.
Первое провозглашение автокефалии Албанской Православной Церкви состоялось на Бератском Соборе 10-12 сент. 1922 г. В 1937 г. автокефалия Албанской Православной Церкви была признана Константинопольским Патриархатом.
В декабре 1924 г. в Албании произошел государственный переворот - правительство еп. Фана Ноли было свергнуто, и в стране установился диктаторский режим полковника А. Зогу, в 1925 г. Зогу стал президентом республики, а в 1928 г.- "королем всех албанцев".
После оккупации в 1939 г. Албания, была включена в состав Италии. Начались попытки подчинении православного населения по власть Римского понтифика через унию. С этой целью римско-католические миссионерские ордена стали проникать в южные районы страны. После освобождения Албании от захватчиков, к власти в стране пришли коммунисты. В январе 1946 г. была провозглашена Народная Республика Албания во главе с генеральным секретарем Коммунистической партии Албании Э. Ходжей (1908-1985). Начались политические репрессии, преследование верующих. 4 апреля 1967 г. появился документ, запрещающий любое отправление культа. Албания была объявлена атеистическим государством. Конституция 1976 г. содержала статьи о непризнании религии государством (Ст. 36) и о запрещении религиозных организаций, религиозной деятельности и пропаганды (Ст. 54). Гонения приняли массовый характер. Были разрушены сотни храмов, большинство монастырей, уцелевшие храмы и монастыри превращены в мастерские, склады и т. п. Клирики были лишены сана, заключены в тюрьму или отправлены в ссылку, многие из них приняли мученическую смерть, в т. ч. архиепископ Виссарион, викарный епископ Аполлонийский Ириней. Это было гонение в отношении всех религиозных общин Албании. Весной 1991 г. пал коммунистический режим и в Албании установилась многопартийная система. Открылись храмы. Началось восстановление православной Церкви и всей религиозной жизни в стране.