10 января 1946 года в Москву прибыла делегация Чешской Православной Церкви в составе Епископского администратора Чешской епархии протоиерея Честмира Крачмара, священников: Иржи (Георгия) Новака и Ростислава Гофмана, мирян: прокуриста Б. Л. Черкеса, профессора И. И. Билаго, доктора В. Г. Грузина. В тот же день делегация была принята в Патриархии Святейшим Патриархом Алексием в присутствии Митрополита Крутицкого Николая и управляющего делами Московской Патриархии протопресвитера Н. Ф. Колчицкого. Глава Чешской делегации протоиерей Ч. Крачмар произнес речь, написанную на церковно-славянском языке. В ней он кратко описал историю и современное состояние Православия в Чешских землях. Отец Честмир в частности отметил, что Русская Церковь заботилась о православных чехах еще в ХIХ веке: “Несмы странни ни в велицем и славнем граде сем стольнем Москве, ни в Церкви всея Руси, зане от семидесяти лет и паче обретостася во граде сем мужие языка нашего, просяще помощи в деле устроения Православныя церкви во стольнем граде нашем Празе. И моление их бысть услышано и в лето тысяча восемьсот семьдесят четвертое бе освящение храма святителя Николая Мир Ликийских чудотворца в Празе и от того часа Церковь всея Руси поставляше нам пресвитеры и прочий причет церковный и всяческое попечение о нас творяще, дондеже прииде первая рать великая на ны. Вся сия помянувши и скорби и печали дний сих зря, рекохом в себе: Прейдем до Москвы, отонюду же прииде нам помощь иногда”. В конце речи высказывалась просьба “прияти Чешскую Православную Епархию под высокую руку Патриарха Московского и всея Руси”.
Заседания по вопросу о принятии Чешской Православной Церкви в состав Московской Патриархии происходили 11 января и 14 января.
На заседании 11 января были обсуждены два принципиальных вопроса: какие причины делают необходимым переход Чешской епархии в юрисдикцию РПЦ и имеет ли СПЦ против этой перемены какие-то принципиальные возражения. Главными доводами чешской делегации были следующие:
1. Главной задачей Чешского Православия является окончательное разрешение юрисдикционных споров, которые тянутся с 1920-х годов. Этого можно достичь, если объединить все православные приходы в одной новой юрисдикции, то есть в юрисдикции РПЦ.
2. В эпоху всеобщего социального переустройства Чешской Церкви “необходимо опереться на сильнейшую из славянских Церквей, которая еще с семидесятых годов минувшего (девятнадцатого — В.Б.) столетия помогала созданию Православной Церкви на этих землях. Эта работа была приостановлена по причине войны 1914-1918 годов и последовавших за ней событий, что можно сравнить с нынешним затруднением отношений между Чешской епархией и Сербской Церковью”.
После этого было зачитано письмо Священного Синода СПЦ, полученное в ответ на решения Епархиального собрания 8 ноября. В нем высказывался ряд возражений против решения указанного собрания. Однако все эти возражения касались процедурных вопросов и не носили принципиального характера. Так, например, Священный Синод СПЦ говорил, что епархиальное собрание мог созвать только епархиальный архиерей, о его созыве необходимо было заранее известить СПЦ и гражданские власти. Здесь также отмечалось, что решить вопрос о перемене юрисдикции может только Архиерейский Собор СПЦ во главе с Патриархом Сербским, который в настоящее время находится за пределами Югославии. Разбирая эти возражения, представители чешской делегации отметили, что Устав Чешской православной епархии, одобренный Священным Синодом СПЦ, предполагает возможность созыва епархиального собрания главой епархиального совета без предварительного оповещения об этом СПЦ и гражданских властей. По поводу же последнего пункта Святейший Патриарх Алексий заметил, что решение о переходе Закарпатской епархии в состав РПЦ было принято Архиерейским Собором без участия в нем Патриарха Сербского, а значит, этот довод не может быть признан состоятельным. Исходя из этого, Святейший Патриарх счел возможным дать предварительное согласие на принятие Чешской Православной Церкви в юрисдикцию Московской Патриархии. В процессе дальнейшего обсуждения было решено, что Московская Патриархия проведет по этому вопросу специальные переговоры с СПЦ. Чешская делегация также попросила Святейшего Патриарха назначить в Прагу епископа для управления епархией, поскольку в настоящее время Чешская Церковь не имеет своих кандидатов для рукоположения во епископа. При этом было высказано желание, чтобы назначенный епископ был выбран не из числа русских эмигрантов, дабы не создавать для Чешской Церкви политических осложнений во взаимоотношениях с государством. В этой просьбе содержался явный намек на епископа Сергия (Королева), который все еще проживал в Праге. Чешская делегация подняла вопрос о его полномочиях. Митрополит Николай пояснил, что епископ Сергий возглавляет только русские приходы, находящиеся на территории Чехословацкой республики.[1
14 января было зачитано и подписано Святейшим Патриархом Алексием Определение об условиях приема Чешской Православной Церкви в состав Московской Патриархии. В этом документе говорилось о том, что Священный Синод РПЦ, считая доводы Священного Синода СПЦ заслуживающими внимания, все же считает возможным просить СПЦ отпустить Чешскую епархию в юрисдикцию Московской Патриархии. Далее Определение сообщало о создании на территории Чехословакии Экзархата Московской Патриархии во главе с епископом, носящим титул Экзарха Московской Патриархии. Экзархат получает права автономии в том объеме, который был предусмотрен Уставом Чешской православной епархии 1929 года, одобренном Чехословацкой республикой и СПЦ. В Чешской Православной Церкви сохранялись формы церковной жизни, которые были введены епископом Гораздом с согласия Священного Синода СПЦ и которые отвечают традиции и канонам Православной Церкви и собственным потребностям чешского народа. Определение также рекомендовало Чешской Православной Церкви отказаться от западной пасхалии и перейти на восточную, которой придерживается Русская Церковь. Далее говорилось о том, что в ближайшее время Священный Синод РПЦ отправит одного из своих епископов для ведения переговоров с СПЦ. После получения согласия СПЦ в Чехословакию будет отправлен епископ с титулом “Архиепископ Пражский, Экзарх Московской Патриархии”. Определение было принято Чешской делегацией с благодарностью, без каких-либо оговорок.
5 февраля 1946 года епархиальное собрание Чешской православной епархии одобрило результаты проведенных в Москве переговоров. Тем самым Определение Московского Патриарха от 14 января получило каноническую силу в Чешской Православной Церкви.
19 марта 1946 года Священный Синод СПЦ постановил оставшуюся на территории Чехословацкой республики часть бывшей Мукачевско-Прешевской епархии присоединить к епархии Чешской. А на следующий день — 20 марта было принято решение о том, что “Патриарх Московский и всея Руси Господин Алексий может сейчас направить своего епископа в Чехословакию, дабы он временно принял церковные дела местной православной епархии, поскольку наша Сербская Православная Церковь ныне не может этого сделать”. Извещение об этом решении за подписью митрополита Скопского Иосифа было направлено Патриарху Алексию в Москву и епархиальному совету в Прагу. Таким образом, СПЦ, не отказавшись от своей юрисдикции над Чешской православной епархией, фактически передала управление ею в руки Патриарха Московского.
2 апреля 1946 года на заседании Священного Синода РПЦ было принято решение назначить на кафедру Экзарха Московской Патриархии с титулом архиепископа Пражского и Чешского с местопребыванием в Праге Преосвященного Елевферия (Воронцова), епископа Ростовского и Таганрогского. Преосвященный епископ Сергий (Королев) освобождался от должности управляющего русскими приходами в Чехословакии и временно назначался настоятелем русского храма в Праге. Русские приходы отныне включались в состав единой Чешской Православной Церкви, во главе которой стоял Экзарх Московской Патриархии. 19 мая 1946 года архиепископ Елевферий прибыл в Прагу. 31 августа в соответствие с Уставом Чешской православной епархии на епархиальном собрании в Оломоуце он был избран епархиальным архиереем.
Таким образом, с 1946 года Чешская православная епархия фактически перешла в юрисдикцию Московской Патриархии. Окончательным решением юрисдикционного вопроса можно считать определение Священного Синода СПЦ от 15 мая 1948 года, в котором было однозначно сказано о переходе Чешской Православной Церкви в подчинение РПЦ.
Весной 1946 года епископу Сергию (Королеву) удалось выехать в Париж, где он намеревался остаться на постоянное место жительства. Однако митрополит Евлогий настоял на том, чтобы он вернулся в Прагу. В духе монашеского послушания владыка Сергий против своего желания подчинился воле митрополита и вернулся в Чехословакию. 17 мая 1946 года он был возведен в сан архиепископа и 7 июня назначен архиепископом Венским. С 16 ноября 1948 года он занимал кафедру архиепископа Берлинского и Немецкого, а с 26 сентября 1950 года был архиепископом Казанским и Чистопольским. Скончался он в Казани 18 декабря 1952 года.