В 1865 году под давлением светской власти без предварительных переговоров с Константинополем была провозглашена автокефалия Румынской Церкви. Управление ею было вверено Генеральному Национальному Синоду, в состав которого входили все епископы, а также по три депутата от духовенства и мирян каждой епархии. Синод должен был собираться один раз в два года. Его решения получали силу только после утверждения светской властью. Митрополиты и епархиальные епископы назначались князем по представлению министра исповеданий.
Константинопольский патриарх Софроний не признал акта провозглашения автокефалии и направил протесты в адрес князя Александра Кузы, митрополита Валашского и местоблюстителя митрополии Молдовы.
На волне борьбы с “фанариотским наследием” румынское правительство стало внедрять в церковную жизнь элементы западной культуры. Началось распространение григорианского календаря, разрешено употребление за богослужением органа и пение Символа веры с Филиокве. Полную свободу проповеди получили протестантские исповедания. Вмешательство светской власти в церковные дела вызвало протесты ряда румынских и молдавских иерархов.
В 1866 году в результате заговора Александр Куза был отстранен от власти. Румынским правителем стал князь Кароль (Карл) I из династии Гогенцоллернов. В 1872 году был издан “Закон об избрании митрополитов и епархиальных епископов, а также об устройстве Священного Синода Православной Румынской Церкви”, которым была несколько ослаблена зависимость Церкви от государства. В соответствие с новым законом членами Синода могли быть только епископы. Министр исповеданий получал в Синоде лишь совещательный голос. Князь Кароль I также начал переговоры с Константинополем по поводу признания автокефалии Румынской Церкви.
После начала русско-турецкой войны 9 мая 1877 года парламент Румынии провозгласил полную независимость страны, которая была признана на Берлинском конгрессе 1878 года. После этого Константинопольский патриарх Иоаким III издал акт о даровании Румынской Церкви автокефалии. При этом Константинополь удержал за собой право освящения святого мира. Румынские церковные власти отказались предоставить Константинополю право мироварения и без благословения патриарха совершили торжественно чин освящения мира в Бухарестском кафедральном соборе. После этого патриарх Иоаким III вновь прервал каноническое общение с Румынской Церковью.
Окончательное примирение двух Церквей состоялось в 1885 году. 23 апреля этого года Константинопольский патриарх Иоаким IV издал Томос, признавший полную автокефалию Румынской Православной Церкви. Томос был торжественно прочитан в Бухаресте 13 мая 1885 года.
Территория Трансильвании в XI-XII веках была завоевана венграми. Православие в Венгерском королевстве имело статус не законно признанной религии (recepta), а лишь терпимой (tollerata). Православное население было обязано платить десятину в пользу католического духовенства. Православное же духовенство считалось обычным податным сословием, которое платило государственные подати, а в случае, если приход находился на земле помещика, то и оброки в пользу последнего. В 1541 году было образовано Трансильванское княжество, вышедшее из-под власти Венгрии и признавшее над собой сюзеренитет турецкого султана. В правление валашского князя Михая Храброго (1592-1601) Трансильвания, Валахия и Молдова на короткое время объединились в одно государство. В результате этого объединения в 1599 году в Трансильвании была учреждена отдельная митрополия. Однако вскоре здесь было восстановлено венгерское владычество. В середине XVI века венгры, проживавшие в Трансильвании, приняли кальвинизм, ставший здесь господствующим вероисповеданием.
Православный митрополит был подчинен кальвинистскому суперинтенданту. Князья-кальвинисты на протяжении XVII века стремились внедрить в жизнь православных обычаи, сближающие их с реформатскими церквями. В 1697 году Трансильвания была оккупирована Габсбургами. После этого в 1700 году митрополит Афанасий с частью клира вошел в унию с Римо-католической Церковью. Оставшиеся верными православию румыны получали священников от сербских епископов, находившихся на территории Австрии. В 1783 году в Трансильвании вновь была учреждена отдельная православная епархия, но уже в составе сербской Карловацкой митрополии. До 1810 года епископы в Трансильванию назначались Карловацким митрополитом из числа этнических сербов. В 1810 году австрийское правительство даровало трансильванскому духовенству право избирать своих епископов из числа этнических румын. С начала XIX века резиденция румынского епископа Трансильвании находилась в Германштадте (ныне город Сибиу). 24 декабря 1864 года императорским указом в Сибиу была учреждена независимая Румынская Православная митрополия, канонической власти которой подчинялись все румыны, проживавшие на территории Австрии. После создания в 1867 году двуединой Австро-Венгерской монархии Трансильвания вошла в состав Венгерского королевства.
Буковина, с XIV века входившая в состав Молдавского княжества, после русско-турецкой войны 1768-1774 годов была подчинена Австрийской короне. Отдельная епархия, существовавшая здесь с 1402 года, вошла в состав Карловацкой митрополии. В 1873 году императорским указом Буковинская епархия получила статус самостоятельной митрополии. В ее состав была включена также Далматская епархия, поэтому митрополия стала именоваться Буковинско-Далматской или Черновицкой (по месту митрополичьей резиденции).
В результате Первой мировой войны Автро-Венгерская империя распалась. Трансильвания, Буковина и Бессарабия вошли в состав Румынского королевства. Находившиеся на этих территориях митрополии и епархии вошли в состав единой Поместной Церкви.
4 февраля 1925 года Румынская Православная Церковь была провозглашена Патриархатом. Законность этого решения была подтверждена Томосом Константинопольского патриарха от 30 июля 1925 года. 1 ноября того же года состоялась торжественная интронизация первого Румынского патриарха — Блаженнейшего Мирона.
После начала Второй мировой войны в июне 1940 года к Советскому Союзу были присоединены Бессарабия и Северная Буковина. Находившиеся на этой территории православные приходы перешли в каноническое ведение Московской Патриархии.
22 июня 1941 года Румынское королевство вместе с Германией вступило в войну с СССР. По германо-румынскому соглашению, заключенному в Бендерах 30 августа 1941 года, область между реками Днестром и Бугом передавалась Румынии в качестве вознаграждения за ее участие в войне против Советского Союза. Румынская зона оккупации получила официальное название Транснистрия (Заднестровье), в нее вошли левобережные районы Молдовы, Одесская область и часть территории Николаевской и Винницкой областей. Румынская Церковь распространила на эти территории свою каноническую власть. В сентябре 1941 года Румынский Патриархат открыл в Транснистрии православную миссию во главе с архимандритом Юлием (Скрибаном). При поддержке румынских военных властей здесь стали открываться храмы и монастыри, прекратившие свою деятельность при советской власти. На пустующие приходы направлялись румынские священники. Главное внимание уделялось восстановлению церковной жизни на территории Молдовы. Но и на украинских землях Румынский Патриархат стремился удержать за собой контроль над православными храмами. В Транснистрии была запрещена деятельность Украинских автономной и автокефальной Церквей, которые свободно существовали в рейхскомиссариате Украина. 30 ноября 1942 года была открыта Духовная семинария в Дубоссарах. С 1 марта 1942 года при Одесском университете начали работу богословские курсы для студентов всех факультетов. В будущем планировалось создать в Одессе отдельный богословский факультет. С января 1943 года в Одессе начала действовать православная Духовная семинария.
Румынское правительство с помощью Церкви стремилось румынизировать все Заднестровье. Большая часть духовенства Транснистрии была румынского присхождения. В богослужение вводился румынский язык, румынские литургические традиции, григорианский календарь. Для возобновлявших свою деятельность монастырей и храмов привозилась утварь из Румынии. Все это вызывало протесты славянского населения.
С конца 1942 года миссию возглавил бывший Черновицкий митрополит Виссарион (Пуи), выпускник Киевской духовной академии, который несколько приостановил процесс румынизации Транснистрии.
В ноябре 1943 года Заднестровье было разделено на три епархии. В феврале 1944 года в Бухаресте архимандрит Антим (Ника) был рукоположен во епископа Измаила и Транснистрии. Но уже в конце февраля перемены на фронте вынудили миссию покинуть Одессу и переехать сначала в Тирасполь, а затем в Измаил. 12 сентября 1944 года в Москве было подписано перемирие между Румынией и СССР, в соответствии с которым была восстановлена советско-румынская граница по состоянию на 1 января 1941 года. Таким образом, Молдова и Северная Буковина вновь вошли в состав СССР. Южная Буковина осталась в составе Румынского королевства. На территориях, включенных в состав Советского Союза, была восстановлена церковная юрисдикция Московской Патриархии.
30 декабря 1947 года король Михай отрекся от престола. Была провозглашена Румынская Народная Республика. В стране начались социалистические преобразования. Это отразилось и на жизни Церкви. В октябре 1948 года была ликвидирована Униатская Церковь. Нужно отметить, что в межвоенный период (1918-1938 годы) в Румынии проживало около 1,5 миллионов униатов (главным образом в Трансильвании). Униатская Церковь, как и Православная, имела в Румынском королевстве статус государственной. Теперь же ее деятельность на территории Румынии была полностью запрещена. Однако воссоединение униатов, инициированное светской властью, оказалось непрочным. После падения коммунистического режима значительная часть населения Трансильвании вернулась в унию.