В начале 1860-х гг. пражский магистрат предложил передать Русской Православной Церкви пустующий костел святого Микулаша (Николая) на Староместской площади, ранее принадлежавший ордену славянских бенедиктинцев. В 1874 г. состоялось освящение этого храма, после чего здесь регулярно совершались православные богослужения, хотя и с некоторыми ограничениями (запрещалось вывешивать на стенах храма объявления о времени богослужения и совершать на площади крестные ходы). Наличие православного храма в центре чешской столицы способствовало знакомству с православием этнических чехов. В конце XIX – начале XX вв. были также открыты русские храмы во Франтишковых Лазнях, Карловых Варах и Марианских Лазнях.
В 1867 г. на Волыни на льготных условиях была основана чешская земледельческая община. К началу XX в. сюда переселилось около 30 тыс. чехов, из них 27 тыс. приняли православие. В 1903 г. в Праге было создано общество "Православная беседа", включавшее в себя 27 членов. На основе этого неполитического союза планировалось создать в будущем православный приход. Австрийские власти расценивали интерес к православию как политическую неблагонадежность чреватую "панславизмом" и "русофильством", и потому каждый случай перехода в православие расследовался полицией. В 1905 г. православие приняли 104 чешских старокатолика в значительной степени благодаря Русской Православной Церкви. По переписи 1910 г. в Чехии насчитывалось 1063 православных.
В Словакии в XIX в. также были случаи перехода в православие. Массовым этот процесс стал в среде карпатороссов, эмигрировавших в Северную Америку. Заслуга воссоединения с православной Церковью карпаторосских эмигрантов принадлежит протоиерею Алексию Товту (1853-1909). Он был профессором церковного права в греко-католической семинарии в Прешове. В 1889 г. прибыл в Америку и возглавил униатский приход в Минеаполисе. В 1891 г. вместе с приходом перешел в православие. В 1916 г. была основана Питтсбургская карпаторосская епархия, первым епископом которой стал преосвященный Стефан (Дзюбай). В 1994 г. отец Алексий Товт причислен Американской Православной Церковью к лику святых как "отец американского Православия".
Знакомство с русским православием подталкивало и общины Восточной Словакии к возвращению к вере отцов. Одна из таких попыток была предпринята жителями Бехерова, но ее пресекла полиция. В начале XX века трудами по возрождению православия в крае прославился архимандрит Алексий ( Кабалюк, 1877-1947). В 1905 г. он выехал в Россию, затем посетил Афон, где был воссоединен с православием. В 1910 г. принял монашеский постриг и иерейскую хиротонию в Яблочинском монастыре, после чего вернулся в Закарпатье. Благодаря его деятельности в короткое время сотни людей вернулись в православие. В преддверие Первой мировой войны против православных общин сел Великие Лучки (близ Мукачева) и Иза (Хустский район) был спровоцирован Мармарош-Сигетский процесс. На скамье подсудимых оказалось 64 человека, в основном простые крестьяне. Они были обвинены в государственной измене. Процесс длился с 29 декабря 1913 г. по 3 марта 1914 г. 36 человек ,в их числе и о.Алексий, были осуждены на тюремное заключение, остальные приговорены к телесным наказаниям. Заключенные вышли на свободу только после падения Австро-Венгерской империи в 1918 г.
После начала Первой мировой войны австрийские власти начали преследование православных. Храм святого Микулаша в Праге был отнят у православной Церкви. Русский священник Николай Рыжков, служивший настоятелем храма, в 1917 г. был приговорен к смертной казни по обвинению в государственной измене. Но этот приговор не был приведен в исполнение благодаря тому, что Российское правительство согласилось обменять о.Николая на униатского митрополита Андрея (Шептицкого), попавшего в плен после взятия русской армией Львова. Получив свободу, отец Николай Рыжков выехал в Петроград, где и скончался в 1920 году.
После окончания войны и распада империи Габсбургов в октябре 1918 г. была создана независимая Чехословацкая республика, объединившая Чешские, Моравские и Словацкие земли. В 1919 г. к ней была присоединена и Закарпатская Украина. Падение Австро-Венгрии вызвало мощное антикатолическое движение в среде чешского и словацкого народов. Реформационно настроенное католическое духовенство вышло из подчинения Ватикану с целью создать самостоятельную национальную церковь с апостольской преемственностью, народными литургическими традициями и женатым духовенством. 8 января 1920 г. было объявлено об образовании Чехословацкой Церкви, считающей себя наследницей как гуситской, так и кирилло-мефодиевской традиций. Главой церкви стал бывший католический священник доктор богословия Карл Фарский. В январе 1921 г. собор этого нового движения большинством голосов высказался за принятие православного вероучения и присоединение к Православной Церкви. После этого были начаты переговоры с Сербской Православной Церковью. Выбор Сербской Патриархии был обусловлен тем, что ее юрисдикция была еще до начала Первой мировой войны единственной официально признанной на территории Австро-Венгрии (закон от 10 августа 1868 г.). Это юридическое положение Сербской Православной Церкви было подтверждено законом Чехословацкой республики от 28 октября 1918 г. Очередной собор Чехословацкой Церкви, состоявшийся 29 августа 1921 г., выдвинул три кандидата для епископской хиротонии на открывающиеся кафедры: доктора Карла Фарского для Пражского диоцеза (епархии), Рудольфа Паржика для Восточно-Чешского диоцеза и Матея Павлика для Моравско-Силезского диоцеза. На соборе присутствовал представитель Сербской Церкви епископ Нишский Досифей, одобривший его решения. Однако была совершена епископская хиротония только одного из кандидатов - Матея Павлика (1879-1942). 21 сентября 1921 г. он принял монашеский постриг в Лавре Крушедол с именем Горазда (в честь ученика святого равноапостольного Мефодия, уроженца Моравии), а 25 сентября в Белграде рукоположен во епископа Сербским Патриархом Димитрием.
После возвращения на родину владыка Горазд столкнулся с оппозицией со стороны Карла Фарского, возглавившего радикальное крыло Чехословацкой Церкви. Если святитель Горазд выступал за православную ориентацию чехословацкого религиозного движения, то доктор Карл Фарский стремился к рационалистическому пересмотру традиционного христианского вероучения и церковной организации. Последнего поддерживал президент республики Томаш Масарик. Спор между этими двумя течениями разгорелся в 1922 г., когда во время поездки епископа Горазда в Америку Карл Фарский издал "Катехизис", написанный им вместе с Ф.Калоусом. Эта книга, проникнутая радикальными протестантскими идеями, была одобрена Пражским диоцезом Чехословацкой Церкви, что привело к разрыву с Сербской Православной Церковью. После этого Фарский вел переговоры о его возможной епископской хиротонии с Англиканской церковью, а также со шведскими церквями, но они не увенчались успехом. Тогда он пошел на еще более радикальный шаг. В 1924 г. духовенство и миряне Чехословацкой Церкви "посвятили" Карла Фарского в сан епископа и объявили его своим "патриархом". Епископ Горазд вышел из Чехословацкой Церкви и организовал независимую от нее православную общину в составе Сербской Церкви. В 1929 г. была создана автономная Чешская епархия.
Святитель Горазд с необычайной энергией принялся за церковное строительство. На средства верующих строились в разных местах Чехословацкой республики храмы и часовни. Планировалось широкое строительство приходских домов, а также монастыря. Как талантливый музыкант владыка составил нотный сборник молитв и песнопений для народа. Им был написан Катехизис, ряд книг и статей на церковные темы.
В 1920 г. из бывшей "Православной беседы" в Праге была создана Чешская православная община, которая пригласила к себе для совершения богослужений архимандрита Савватия (Врабеца, 1880-1959), этнического чеха, выпускника Уфимской Духовной Семинарии и Киевской Духовной Академии, в 1920 г. назначенного заместителем Волынского епископа и ректором Холмской Духовной Семинарии. В 1921 г. он приехал в Прагу. Сначала община признавала юрисдикцию Сербской Церкви, но в 1923 г. архимандрит Савватий отправился в Стамбул, где 4 марта Патриархом Константинопольским Мелетием (Метаксакисом) был рукоположен в сан епископа и назначен "Архиепископом Пражским и всея Чехословакии". Сербский Патриарх Димитрий отправил в Стамбул телеграмму, в которой сообщал, что на территории Чехословакии уже существуют приходы сербской юрисдикции. Он просил не рукополагать архимандрита Савватия, так как это может повредить делу православной проповеди в Чехословацкой республике. Но эта телеграмма была получена уже после совершения хиротонии. Появление в Чехословакии епископа еще одной юрисдикции не позволило объединить всех православных в единую церковную структуру.
После окончания Первой мировой войны началось также активное движение за возвращение в лоно Православной Церкви в Подкарпатской Руси и Восточной Словакии. Это было сугубо народное движение, практически не нашедшее поддержки со стороны греко-католического духовенства. К началу 1920 г. православное движение захватило здесь уже около 50 тыс. человек, а к 1928 г. число православных достигло 112 тыс. человек. В 1929 г. Сербской Православной Церковью была создана Мукачевско-Прешовская епархия. В тридцатых годах Православная Церковь имела здесь уже более 100 приходов, на которых служило около 100 священников. Для управления епархией в 1920-30-е гг. в Восточную Словакию и Закарпатье направлялись архиереи из Сербии. Из них особо известен своей миссионерской деятельностью епископ Нишский Досифей (впоследствии митрополит Загребский). В 1930 г. на Подкарпатскую епархию был назначен епископ Иосиф, с которым в Чехословакию прибыл известный богослов отец Иустин (Попович), трудившийся здесь в течение двух лет. К 1938 г. здесь было построено 127 новых храмов и открыто несколько монастырей и скитов.