Действительно, в середине сентября в Варшаву прибыли представители Церквей Константинопольской и Румынской, а 17 сентября в их присутствии, а также при наличии всего епископата Польши, представителей епархий, варшавской паствы и членов правительства в митрополичьем храме святой Марии Магдалины состоялось торжественное чтение Патриаршего Томоса. Автокефалию Православной Церкви в Польше признали в то время все поместные и автономные Церкви, исключая только Русскую Православною Церковь.
Опираясь на подписанный в 1927 году польским правительством и Римским папой конкордат, признававший в Польше католичество господствующим вероисповеданием, римокатолики в 1930 году выступили с судебным иском о возврате православных храмов, святынь, церковного имущества, якобы когда-то принадлежавшего Католической Церкви. Был предъявлен иск в отношении 700 церковных объектов, среди них были такие православные святыни, как Почаевская Лавра и многие другие монастыри, Кременецкий и Луцкий кафедральные соборы, древнейшие храмы. Основанием к таким претензиям католики выдвигали то положение, что упомянутые церковные объекты когда-то принадлежали униатам, но правительством Российской Империи были переданы православным. И вот теперь, когда в Польше провозглашена свобода исповедания, все должно занять свои прежние места. Оправдывая, таким образом, свои действия, они забывали, что прежде всего сама уния насаждалась насильственно, что она была навязана украинскому и белорусскому народам, что Почаевская обитель была основана и начала свое существование как православная, и прочие исторические факты.
В это время был разрушен величественный собор во имя святого Александра Невского в Варшаве, расписанный В. М. Васнецовым и другими русскими художниками (построен в 1892 – 1912 гг., вмещал до 3000 человек паствы).Вскоре Польшу наводнили иезуиты и представители другие католическмх орденов. Ксендзы стали поучать в своих проповедях, что лучше быть "поганином" (язычником), чем схизматиком (православным). Такими путями Рим сразу же начал подготавливать почву для введения неоунии. Одновременно под давлением правительства происходила полонизация духовного образования, делопроизводства и богослужения.
К моменту провозглашения автокефалии Православной Церкви в Польше, здесь действовали две духовных семинарии - в Вильно и в Кременце и несколько духовных мужских и женских училищ. В феврале 1925 года было открыто высшее духовное учебное заведение – Православный Богословский факультет при Варшавском университете. По указанию польского правительства во всех духовных учебных заведениях была введена новая система образования, сводившаяся к воспитанию будущих пастырей исключительно на началах польской культуры и римско-католического конфессионализма. Все прошлое, в том числе и события, связанные с унией XVI – XVII веков, – преподносилось в понимании католическом. Язык преподавания, даже в быту студентов стал польский. В борьбе против введения польского языка в преподавании Закона Божия дальше других держались православные в Полесье, но и там вынуждены были уступить нажиму полонизации.
В конце 1936 года появились тревожные симптомы нового наступления на Православную Церковь. В этом году в связи с исполнившимся 300 – летием со дня смерти униатского митрополита Вельямина Рутского в г. Львове собрался съезд униатского духовенства. Почетным председателем съезда был греко-католический митрополит Андрей Шептицкий (скончался в 1944 г.). Одним из важнейших вопросов, которыми занимался съезд, было уяснение направления деятельности униатов. Решено, было что для украинского народа наиболее отвечающей его жизни формой церковности является его уния с Римом, почему галицкое униатское духовенство должно получить полную свободу для миссионерской деятельности среди украинцев, белорусов, русских, проживающих в Польше. Продолжением намеченной униатским съездом программы явилось опубликование 25 мая 1937 года новой инструкции по осуществлению „восточного обряда”. В инструкции обращалось внимание на то, что Ватикан придает большое значение „возвращению православных к вере отцов”, а между тем работа в этом направлении идет медленно и малоуспешно. Вывод был ясен: необходимо усилить униатскую или прямо католическую пропаганду. Сразу же после издания инструкции начались террор и насилие над православным населением с целью обращения его в католичество.
Грозные для Православия события произошли в 1938 году на Холмщине и на Подлясье, где храмы стали не только закрывать, но и разрушать, а православное население подвергать всевозможным притеснениям. Было разрушено около полутора сотен храмов и молитвенных домов. Свыше 200 священнослужителей и причетников оказались безработными, лишенными средств к существованию. В польской печати не говорилось, разумеется, о подобных бесчинствах, но за некоторое время до отмеченных событий на Холмщине и Подлясье была проведена соответствующая подготовка. Так, в польских газетах появились сообщения, что на Холмщине и в некоторых других местах имеется много православных храмов, построенных царским русским правительством с намерением русифицировать край. Эти храмы выставлялись как памятники рабства, поэтому требовалось их разрушение. Никакие протесты православных, даже выступления на заседаниях сейма с речами о насилиях в отношении Православной Церкви, не принимались во внимание. Тщетно Митрополит Дионисий обращался к властям о заступничестве, посылая телеграммы министру юстиции как Генеральному прокурору Польши, маршалу, премьер – министру, президенту республики, умоляя дать распоряжение во имя справедливости и христианской любви прекратить разрушение Божиих храмов. Ничто не приносило результатов.
1 сентября 1939 года началась Вторая мировая война. Меньше чем через месяц немецкие танки уже находились на улицах Варшавы. Восточные области Польши были заняты Советским Союзом. Польша, таким образом, была разделена между СССР и Германией. На территории бывшей Польши, которая была оккупирована Германией, было создано так называемое Генерал–губернаторство, в котором существовали три епархии: Варшавская, Холмская и Краковская. Земли, занятые советскими войсками в 1939 – 1941 гг. вошли в состав Минской епархии. Здесь, как повсюду в СССР, Православная Церковь испытывала притеснения со стороны государства.
Вывозили в советские лагеря не только католиков, военных, но и верных православной Церкви, а в месте и с ними духовенство. В духовной жизни наступило изменение во время германской оккупации. Оккупанты стремились к уничтожению коммунистической идеологии и в связи с этим разрешали открывать закрытые раньше храмы в пределах Белорусской Православной Церкви. Дело в том, что под влиянием немецких властей в 1941 г. на землях Белоруссии и Украины была основана автокефальная церковь, которую не признавал Московская Патриархия.
Полную автокефалию Польская Православная Церковь получила после Второй мировой войны. Ее автокефалия была признана определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 22 июня 1948 г. Первым предстоятелем автокефальной Церкви был архиепископ Тимофей, с 1951-го по 1998 г. – митрополит Макарий. В 1949 г. были основаны три епархии: Варшавская, Белостоцко–Гданьская и Лодзинско-Вроцлавская. В связи с миграцией людей с востока в центр и запад Польши был осуществлен новый раздел епархий. К 1952 г. в Польской Православной Церкви было четыре епархии: Варшавско-Бельская, Белостоцко-Гданьская, Лодзинско-Познаньская и Вроцлавско-Щецинская. В 1983 г. была восстановлена Перемышльско-Новосондетская епархия, а в 1989 г. – Люблинско-Холмская.
Под покровительством Польской Православной Церкви в каноническом и молитвенном общении находится Португальская Православная Церковь, которую возглавляет Высокопреосвященнейший Иоанн, Архиепископ Лиссабонский, Митрополит всея Португалии.
Сегодня Польская Православная Церковь насчитывает шесть епархий, более 250 приходов, 410 церквей, 259 священнослужителей и 600 тысяч верующих. В настоящее время Польскую Церковь возглавляет митрополит Савва.