Первое следствие санторинской катастрофы - взрывная волна. При извержении Кракатау грохот был слышен на площади, равной 1/13 земного шара. Воздушные ударные волны разбили стекла в домах и на расстоянии 150 км, а в некоторых случаях были повреждены и старые дома на расстоянии 800 км от Кракатау. Кальдера Санторина площадью 83 км2 и слой пепла в 30 м на ее обломках - островах Тира, Тирасия, Аспрониси позволяют думать, что минойское извержение было сильнее извержения Кракатау. Значит, на Кикладских островах и на Крите, расположенных в 100-150 км от Санторина, взрывная волна должна была вызвать существенные разрушения.
Подземные толчки практически всегда сопровождают вулканические извержения. Столь грандиозное геологическое событие, как извержение Санторина, почти несомненно сопровождалось подземными ударами. Землетрясения же даже средней силы способны разрушить или повредить каменные постройки. Разрушение городов на Крите и Кикладских островах от землетрясения - второе следствие вулканической катастрофы.
Вслед за грохотом вулканических взрывов, землетрясением, из поднявшейся черной тучи начался пеплопад, засыпавший поселения древнего Санторина. Пеплопад способствовал частичному сохранению минойских построек, как полторы тысячи лет спустя пепел Везувия засыпал и сохранил до наших дней город Помпеи. Когда вслед за извержением и взрывами началось обрушение кальдеры Санторина, на Атлантиде оказались уничтоженными лишь те постройки, которые находились в пределах осевшей кальдеры. Строения же на острове Тира, засыпанные 30-метровым слоем пепла, сохранились до наших дней.
Пеплопад, как мы теперь знаем, происходил в течение трех следовавших друг за другом извержений Санторина, из которых первое было наиболее сильным и пеплообильным. На Атлантиде слой пепла измерялся десятками метров, т. е. его было более чем достаточно, чтобы засыпать все.
На материале по Исландии - одного из наиболее активных вулканических районов мира - изучено гибельное влияние пеплопадов на сельское хозяйство. Проанализировав исторические материалы, ученые установили, что местное население покидало поселки в тех случаях, когда слой свежевыпавшего пепла достигал 10 см или был больше, и не возвращались до тех пор, пока вода и ветер не сносили пепел. На это требовалось несколько десятилетий, а то и больше.
После минойского извержения центральная и восточная части Крита и все Кикладские острова были засыпаны слоем пепла толщиной более 10 см. Следовательно, там не только погиб весь урожай, но и образовалась безжизненная пустыня, которую, конечно, покинули люди.
Есть некоторые свидетельства того, что подземные толчки, взрывы и обрушение кальдеры, сопровождавшие извержение Санторина в XIV в. до н. э., вызвали очень сильное цунами. На острове Анафи, расположенном в 25 км восточнее Санторина, обнаружен слой тефры толщиной 5 м, расположенный в верховьях одной из долин на высоте 250 м над уровнем моря. Состоял он в основном из пемзы, которая обычно образуется в воде. По мнению исследователей, эта пемза отложилась в море во время минойского извержения Санторина, а затем волной цунами была занесена на сушу. Несомненно, цунами от санторинской катастрофы было одним из сильнейших. Северный берег Крита наиболее открыт для разбушевавшейся стихии. После распада острова Атлантиды весь северный берег Крита должен был быть затоплен в течение 20-30 минут.
Признаки разрушительного действия санторинского цунами обнаружены на восточном побережье Средиземного моря во время археологических раскопок в Сирии. Порт и половина древнего города Угарит разрушены морской волной около 1400 г. до н. э. Финикийская поэма, найденная в библиотеке Угарита, рассказывает о разрушении, вызванном ураганом и цунами.
Санторинская катастрофа не только вызвала колоссальные по площади разрушения на Кикладских островах и Крите, но и погубила множество людей. Были жертвы и на других островах Эгейского моря. Наибольшее число жертв принесло, несомненно, цунами. Прибрежные поселки и население приморских городов было уничтожено нахлынувшими морскими волнами. В отличие от Крита и Кикладских островов материковая Греция меньше пострадала от катастрофы. Пеплопад под действием ветра распространился от Санторина главным образом к юго-востоку. Волны цунами также оказались для материковой Греции менее опасными, поскольку большая часть населения Греции того времени занималась скотоводством и жила в горах. Большинство городов было расположено за пределами досягаемости волн. Это видно на примере городов Тиринф или Микены, расположенных на холмах. Они слабо пострадали от санторинской катастрофы и после гибели Критского государства остались наиболее крупными очагами эгейской культуры.