Архаические корни Аполлона связаны также с его догреческим малоазийским происхождением, подтверждающимся тем, что в Троянской войне Аполлон защищает троянцев и особенно почитается в Троаде (Хриса, Килла, Тенедос) и самой Трое (Hom. Il. V 446). С эпохи колонизации греками Малой Азии (с 7 в. до н.э.) Аполлон прочно вошел в олимпийский пантеон богов, при этом восприняв от других богов дар прорицания (от Геи), покровительство музыке (от Гермеса), вдохновенное буйство и экстаз (от Диониса) и др. Уже у Гомера Зевс, Афина и Аполлон фигурируют как нечто единое и целостное в олимпийской мифологии, хотя Аполлон своим появлением на Олимпе внушает ужас олимпийским богам (ср. его епифанию в I Hymn. Hom.). Но внушительность и грозность Аполлона вполне сочетается с изяществом, изысканностью и красотой юного Аполлона, как его изображают авторы эллинистического периода (ср. Callim. Hymn. II и Apoll. Rhod. 674-685). Этот классический Аполлон - бог героического времени, которое у греков всегда противопоставлялось предыдущему хтоническому периоду, когда человек был слишком слаб для борьбы с могучими силами природы и не мог еще быть героем. Два величайших героя Геракл и Тесей были связаны с мифологией Аполлона. Если, согласно одним мифам, Аполлон и Геракл сражаются друг с другом за дельфийский треножник (Apollod. II 6, 2; Hyg. Fab. 32), то в других они основывают город (Paus. III 21, 8) и даже вместе получают очищение после убийства, находясь в рабском услужении. Под покровительством Аполлона Тесей убивает Минотавра (Plut. Thes. 18) и упорядочивает законы в Афинах, а Орфей усмиряет стихийные силы природы (Apoll. Rhod. I 495-518). На почве мифологии Аполлона возник миф о гипербореях и их стране, где под знаком милости Аполлона процветали мораль и искусства (Pind. Pyth. X 29-47; Himer. XIV 10; Herodot. IV 32-34).
Культ Аполлона был распространен в Греции повсеместно, храмы с оракулами Аполлона существовали на Делосе, в Дидимах, Кларосе, Абах, на Пелопоннесе и в других местах, но главным центром почитания Аполлона был Дельфийский храм с оракулом Аполлона, где восседавшая на треножнике жрица Аполлона - пифия давала предсказания. Двусмысленный характер предсказаний, допускавших самое широкое толкование, позволял дельфийской коллегии жрецов воздействовать на всю греческую политику. В Дельфах совершались празднества в честь Аполлона (теофании, теоксении, Пифийские игры; последние были введены в честь победы Аполлона над Пифоном; по своему блеску и популярности они уступали только Олимпийским играм). Все месяцы года, кроме трех зимних, были посвящены в Дельфах Аполлону. Храм Аполлона на Делосе был религиозно-политическим центром Делосского союза греческих полисов, в нем хранилась казна союза и происходили собрания его членов. Аполлон приобрел значение устроителя-организатора не только в социально-политической жизни Греции, но и в области морали, искусства и религии. В период классики Аполлон понимался прежде всего как бог искусства и художественного вдохновения; подобно Артемиде, Афине Палладе и другим божествам Аполлон эволюционировал в направлении гармонии, упорядоченности и пластического совершенства.
Из греческих колоний в Италии культ Аполлона проник в Рим, где этот бог занял одно из первых мест в религии и мифологии; император Август объявил Аполлона своим патроном и учредил в честь него вековые игры, храм Аполлона близ Палатина был одним из самых богатых в Риме.