И неизвестно как бы сложилась судьба святителя Гермогена, если бы уже 17 мая 1606 г. Лжедмитрия не свергли с престола восставшие москвичи. Он был убит возмущенной толпой.
На Руси появился новый царь — Василий Иванович Шуйский. Василий Шуйский с большим уважением относился к митрополиту Гермогену. Во многом поэтому 3 июля 1606 г. собор русских епископов возвел Гермогена в сан Патриарха Московского и всея Руси. Патриарх Гермоген боролся за сохранение единого Российского государства и сразу же занял непримиримую позицию по отношению к многочисленным мятежникам.
Будучи истинным православным человеком, патриарх Гермоген понимал, что объединить в борьбе за одно дело можно только людей, единых духом и помыслами. Но между русскими людьми к тому времени накопилось слишком много обид и злобы. И для того чтобы вернуть былое единство, нужно было сначала всем покаяться в своих грехах, очистить свои души от дурных мыслей и желаний, простить друг другу обиды. Потому патриарх Гермоген начал взывать к вере и совести русских православных людей. Но и делами своими он указывал России и всему народу главный путь к спасению от Смуты — покаяние.
Это всенародное покаяние началось с церковного прославления царевича Дмитрия летом 1606 г. И постепенно в сознании русского народа идея необходимости покаяния получает все большее распространение. Так, осенью 1606 г., когда к Москве подошли мятежные войска под руководством Ивана Болотникова, патриарх Гермоген установил всенародный шестидневный покаянный очистительный пост, во время которого свершались непрерывные богослужения. И чудо свершилось. В одной из летописей сообщается, что результатом покаяния стало заступничество Богородицы, — ослепленное чудесным образом войско Болотникова, было разбито и отброшено от Москвы.
После подавления восстания Болотникова, зимой 1607 г. именно святитель Гермоген в целях успокоения страны свершил акт прощения и разрешения всех православных христиан за измены и клятвопреступления, совершенные против Бориса Годунова и Лжедмитрия. Для этого из заточения был возвращен престарелый патриарх Иов. После объявленного по такому случаю всенародного поста, 20 февраля 1607 г. в Успенском соборе Кремля состоялся обряд “прощения”. После молебна, совершенного Гермогеном, бывшему патриарху Иову подали покаянную челобитную, в которой перечислялись измены и клятвопреступления с просьбой к патриархам простить измены. Затем была зачитана “разрешительная грамота” от имени обоих патриархов и всего Освященного собора, в которой объявлялось о прощении за все совершенные измены. Главная задача этого обряда состояла, конечно же, в том чтобы, получив прощение за прошлые измены, народ впредь не нарушал крестного целования. И хотя после этого события брожения в народе не закончились, но начало всенародному покаянию было положено.
Конечно, далеко не все и далеко не сразу возвращались в разум. В 1607 г. в России объявился новый самозванец — его стали называть Лжедмитрием II. И снова под его знамена встало много народа. Летом 1608 г. его войско пришло к Москве. Но в этот раз занять Кремль самозванцу не удалось, и он расположился в подмосковном селе Тушино. Потому и прозвали Лжедмитрия II “Тушинским вором”. Московские бояре начали метаться между царем Василием Шуйским и Лжедмитрием II — кого выбрать? Кому подчиниться? И только патриарх Гермоген неколебимо стоял за законного царя. Он начал рассылать по всей стране грамоты, в которых призывал жителей городов и волостей не признавать власть новоявленного самозванца.
Более полутора лет продолжалось противостояние царя Василия Шуйского и “Тушинского вора”. Наконец, весной 1610 г. лагерь самозванца был разгромлен. Сам Лжедмитрий II бежал.
Казалось бы, в государстве можно навести порядок. Но тут в русские дела вмешались поляки. Польский король Сигизмунд во главе большого войска перешел русскую границу и осадил Смоленск. В июне 1610 г. войска Василия Шуйского потерпели тяжелейшее поражение от поляков под селом Клушино. После этого, польский отряд во главе с гетманом Жолкевским двинулся на Москву, а “Тушинский вор” с верными ему казаками подошел к подмосковному селу Коломенскому. Это решило судьбу царя Василия Шуйского. Заговорщики свергли его с престола. Власть в Москве перешла в руки боярского правительства, состоящего из семи бояр. Потому и само правительство прозвали Семибоярщиной.
Бояре решили призвать на русский престол польского королевича Владислава. Патриарх Гермоген резко воспротивился такому решению, говоря, что русским царем должен стать человек “от корени российского рода”. Патриарх призвал избрать царем юного боярина Михаила Федоровича Романова. Но московские бояре не стали слушать святителя. Сначала они вступили в переговоры с поляками, а потом вообще открыли ворота Москвы для отряда гетмана Жолкевского. Российская столица оказалась в руках интервентов…
Видя, что московские бояре ослеплены жаждой власти, патриарх Гермоген, дабы не ввергнуть страну в новую братоубийственную войну, согласился на то, чтобы русским царем стал польский королевич. Но одновременно он выставил ряд условий, которые резко ограничивали возможности Владислава по изменению духовного и политического строя России. Прежде всего, в качестве главного условия, выставлялось требование убрать все польские войска с территории России. Далее, в обязанность Владислава вменялось соблюдение православной веры и запрет на возможность введение иных вероисповеданий. От него требовали чтить и украшать православные церкви по прежнему обычаю, оберегать их от разорения, поклоняться святым иконам и чудотворным мощам и почитать их, а костелов и молебных храмов иных религий не строить. Владислав должен был держать в великой чести Русскую Православную Церковь. Польский королевич Владислав обязывался не вмешиваться в духовные и святительские дела, и никого кроме православных людей, не назначать на церковные посты.
После этого под Смоленск к королю Сигизмунду было направлено большое посольство. При этом в наказе к послам значилось, что Владислав должен креститься в православную веру, а посольство обязано твердо стоять на тех статьях, которые утвердили в Москве. Патриарх Гермоген отправил с посольством польскому королевичу грамоту, в которой просил того срочно принять православное вероисповедание.
Но Сигизмунд отказался исполнить условия договора. Больше того, теперь он потребовал от послов, чтобы они признали русским царем его самого. К тому же, поляки требовали от русской стороны согласия на свободу распространения католического вероисповедания в России. Сторонники Сигизмунда в Москве всячески содействовали соглашению с польским королем на его условиях и написали грамоту посольству под Смоленск, чтобы послы согласились на все условия польского короля. Однако патриарх Гермоген даже под угрозами, эту грамоту не подписал. Больше того, он, будучи в Успенском соборе, обратился к народы с речью, убеждая собравшихся не присягать польскому королю, но встать на защиту веры и Отечества.
Именно позиция патриарха определила и позицию русского посольства — без подписи патриарха посольство отказалось выполнять распоряжения привезенной из Москвы новой грамоты. “Ныне по грехам нашим мы стали без государя, а патриарх у нас человек начальный (т.е. главный), и без патриарха ныне о таком деле советовать непригоже”, — говорили послы полякам.
В этот период, видя беззаконное поведение поляков и стойкую позицию патриарха Гермогена, русские люди стали считать святейшего патриарха примером для подражания и символом народного сопротивления. Ведь в момент полного безвластия в государстве только Церковь сохраняла единство народа. И только имя патриарха Гермогена могло объединить самые различные элементы русского общества. И потому святейший Гермоген стал знаменем народного восстания и духовным лидером народного ополчения.
Святейший патриарх оправдал народные чаяния. С декабря 1610 г. он начал рассылать по всей России грамоты с призывом к народному сопротивлению врагу: “Идти на Москву и страдать до смерти…”. В этих грамотах святитель Гермоген освободил русский народ от присяги польскому королевичу Владиславу. Кроме того, патриарх Гермоген распорядился, чтобы другие церковные архиереи составляли поучительные грамоты в полки и писали во все города от его имени, с призывом встать за веру православную.
И Россия услышала глас своего духовного наставника. Во многих городах начали создавать воинские отряды для борьбы с поляками. Откликаясь на зов святейшего патриарха Гермогена, двинулись на великое земское дело рати из Рязани и Нижнего Новгорода, Ярославля и Костромы, Суздаля и Калуги. Под стенами встало Москвы народное войско — Первое ополчение воеводы Прокопия Ляпунова.
Поляки понимали значение личности патриарха для русского народного движения сопротивления. В начале 1611 г. его посадили под домашний арест на патриаршем подворье. Его смущали всяческими посулами и обещаниями, но святейший Гермоген оставался стоек и не поддавался ни на какие уговоры. Тогда в марте 1611 г. Гермогена свели с патриаршего престола и заточили на Кирилловом подворье в Московском Кремле.
Но во всех русских городах, поднявшихся на борьбу с врагом, Гермогена продолжали считать законным патриархом. А мучения, которые он претерпел от польских рук, только свидетельствовали об истинности его духовного подвига. Более того, в это время только патриарх Гермоген признавался высшей властью в стране восставшими городами. И не случайно, именно к патриарху с весны 1611 г. начинают присылать из разных городов грамоты о сборе средств для ополчения и отсылке ратных людей на освобождение Москвы от поляков.