За время его отсутствия, в 1359 г. умер великий князь Иван Красный, завещав престол девятилетнему сыну Дмитрию Ивановичу. Опекуном над сыном он назначил митрополита Алексия. В течение последующих лет Алексий становится фактическим руководителем московского правительства. Дмитрия Ивановича он воспитывал как смелого воина и мудрого политика, способного объединить русские земли и организовать отпор Орде.
В начале 60-х гг. митрополит Алексий сделал все, чтобы Дмитрию Ивановичу достался ярлык на великое княжение. Алексию удалось убедить нижегородско-суздальского князя Дмитрия Константиновича отказаться от претензий на великокняжеский стол и в 1362 г. Дмитрий Иванович стал великим князем. Позднее митрополит поддержал великого князя в его борьбе с Тверью.
Алексий увещеваниями или же решительными действиями мирил враждующих князей. Когда князь Борис отнял у своего брата Нижний Новгород, Алексий потребовал от него приезда в Москву. Тот отказался. Тогда священники, посланные Алексием, "затворили церкви" в Нижнем Новгороде и вынудили Бориса вернуть брату город. Всячески поддерживал митрополит Алексий и деятельность Сергия Радонежского. Еще в 1353–1354 гг., при поддержке константинопольского патриарха Филофея, Алексий предложил троицким инокам принять устав общежительского монастыря. Затем ученики Сергия Радонежского во второй половине XIV — начале XV вв. основывают несколько новых монастырей, самыми известными из которых стали Симоновский и Спасо-Андроников в Москве, Высоцкий в Серпухове, Благовещенский на Киржаче, Кирилло-Белозерский под Вологдой. По идее митрополита Алексия, озабоченного установлением на Руси духовного и политического единства, общежительские монастыри должны были стать центрами, из которых на всю Русь проливался бы свет христианского благочестия. Кроме того, ориентированные на Москву, эти монастыри способствовали бы усилению политического единства. К тому же, распространение общежительских монастырей должно было способствовать возрождению общинных идеалов, и, следовательно, распространению идеи единства. А устроенные как настоящие крепости, монастыри выполняли и военно-оборонительные функции. Как показала дальнейшая история, митрополит Алексий оказался прав — духовно-политическая жизнь Русского государства во многом строилась вокруг вновь основанных монастырей.
В целом, духовная и политическая деятельность митрополита Алексия в значительной степени способствовала объединению всех сил Руси накануне решающего сражения с татарами на Куликовом поле в 1380 г.
После смерти митрополита Алексия похоронили в церкви Архангела Михаила в основанном им Чудовом монастыре. В 1448 г. он был канонизирован Русской Православной Церковью. В 1484 г. мощи святого перенесли в церковь, основанную в его честь и построенную в Чудовом монастыре. Ныне мощи святителя Алексия почивают в Свято-Богоявлоенском Елоховском соборе в Москве. Дни памяти: 12 (25) февраля, 20 мая (2 июня), а также 5 (18) октября в день общей памяти святителям Московским Петру, Алексию, Ионе, Филиппу и Гермогену.
А дело своих предков и своего духовного наставника митрополита Алексия продолжил великий князь Дмитрий Иванович Донской (1350–1389). Сын великого князя Ивана II Красного и его второй жены Александры, князь Дмитрий Иванович вступил на московский престол вступил в девятилетнем возрасте, после смерти отца. В 1362 г., в борьбе с князем Дмитрием Константиновичем Суздальским, он получил ярлык на великое княжение владимирское. Для замирения с суздальским князем, в 1366 г. юный Дмитрий Иванович сочетался браком с его дочерью Евдокией Дмитриевной. Свадьбу отпраздновали в Коломне, из-за того, что годом раньше Москва выгорела в страшном пожаре, названном в летописях "Великим". Но уже в 1367–1368 гг. в Москве был построен первый белокаменный Кремль. Новый белокаменный Кремль значительно превосходил своими размерами кремль, построенный при Иване Калите. Он занимал почти всю территорию современного Кремля. Мощные двух- и трехметровой толщины стены, восемь или десять башен делали Москву почти неприступной. С того времени и по сей день Москву прозывают Белокаменной.
В конце 60-х — начале 70-х гг. XIV в. Дмитрию Ивановичу пришлось вступить в борьбу с тверским князем Михаилом Александровичем за великокняжеский ярлык. Несколько раз тверичи вместе с соседними литовцами разоряли московские земли и осаждали Москву. Но каменные стены нового Кремля выдерживали осады. В 1371 г. Дмитрий Иванович ездил в Орду, откуда вновь привез ярлык на великое княжение владимирское. В 1375 г. Дмитрий Иванович после месячной осады покорил Тверь. Был заключен мирный договор, который значительно урезал самостоятельность Тверского княжества.
В 70-е гг. Дмитрий Иванович все силы посвятил объединению русских земель для борьбы с татарами. В 1376 г. московское войско ходило походом на волжских булгар, которые были вассалами Орды и, одержав победу, заставили заплатить дань Москве. В Орде в эти годы ханы сменяли один другого, а реальную власть получил темник Мамай. В 1377 г. объединенные русские войска потерпели сокрушительное поражение на р. Пьяне в нижегородских землях. В 1378 г. Дмитрий Иванович разбил татарское войско в битве на р. Воже.
8 сентября 1380 г. в битве на Куликовом поле объединенные русские полки, в которых участвовали дружины 23 князей, под общим командованием Дмитрия Ивановича нанесли сокрушительное поражение татарскому войску под водительством Мамая. За эту победу Дмитрий Иванович получил почетное прозвание "Донской". По некоторым свидетельствам, под знаменем великого князя, в доспехах Дмитрия стоял боярин Михаил Бренок. Боярин погиб, но полк устоял. А великий князь в доспехах простого воина сражался в самой гуще битвы. Два раза его сбивали с коня, израненный, он еле добрался до дерева, где его после битвы нашли два простых воина-костромича.
Союзные действия русских князей против татар продолжались недолго. В 1382 г. Дмитрию Ивановичу не удалось собрать объединенное русское войско против хана Тохтамыша. Князь вынужден был покинуть Москву и уехать в Кострому. После трехдневной осады Тохтамыш взял и сжег Москву, в резне, устроенной татарами, погибло свыше 20-ти тысяч человек. Во время пожара сгорело огромное количество книг, свезенных в город. Тохтамыш вновь установил дань. В качестве залога и гарантии выплаты дани Дмитрий Иванович оставил в Орде своего старшего сына и наследника Василия.
Конец 70-х — начало 80-х гг. отмечено конфликтом Дмитрия Ивановича с новым митрополитом Киприаном. Еще при жизни митрополита Алексия, по требованию литовского князя Ольгерда, константинопольский патриарх назначил Киприана митрополитом Литовским и Русским. Но поставил условие, что после смерти Алексия Киприан станет митрополитом Киевским и всея Руси. Киприану были далеки интересы Московского княжества, он не понимал задач, стоящих перед Русью. Алексий умер в 1378 г. и Дмитрий Иванович попытался утвердить на митрополичьей кафедре своего ставленника архимандрита Михаила (Митяя). Киприана, попытавшегося занять кафедру, арестовали, а затем выставили за пределы Московского княжества — в Литву. Но Михаил (Митяй) умер по дороге в Константинополь. По некоторым сведениям — был отравлен. В 1381 г. Киприан все же утвердился в Москве. Но уже в 1382 г. Дмитрий Иванович выслал его из Москвы. Киприан вернулся в 1390 г., после смерти Дмитрия Ивановича, и его деятельность объективно способствовала интересам Литвы и Орды.
К концу правления Дмитрия Ивановича, под его власть перешли приокские земли, Галич, Дмитров, часть Смоленской земли, были объединены московское и владимирское княжество.
У Дмитрия Донского было восемь сыновей. По своему завещанию Дмитрий Иванович передал княжество сыну Василию, не спрашивая разрешения у Орды, как "отчину", т.е. как наследственное владение московских земель. С тех пор титул великого князя окончательно перешел в Москву. Московские великие князья более не зависели от ордынских ханов и решали вопросы о наследии самостоятельно. В 1988 г. великий московский князь Дмитрий Донской был причислен к лику святых. День его поминовения — 19 мая (1 июня).
И вскоре Господь явил свидетельство своего заступничества за Русь. В 1395 г. на русские земли напали орды Тамерлана (Тимура). Взывая к Высшей милости, в Москву привезли чудотворную икону Владимирской Божией Матери. И в этот же день, 26 августа, Тамерлан неизвестно почему ушел из русских земель. По преданию, именно в этот день Тамерлану во сне явилась Божия Матерь и повелела покинуть русские земли. Вполне естественно, что на Руси чудесное спасение от очередного разорения связали с заступничеством от чудотворной иконы — Пресвятая Богородица вновь распростерла Свой Благодатный Покров над Русской землей. С тех пор икона Владимирской Божией Матери хранилась в Москве в Успенском соборе, как главная святыня. И в честь этих событий в Русской Православной Церкви на 26 августа (8 сентября) был установлен праздник Сретения Владимирской иконы Божией Матери.
А Москва, которая к тому времени осталась единственным духовно-политическим центром, способным воссоединить русские земли, в очередной раз засвидетельствовала свою избранность на пути русского объединения.