В следующем году умирает Кюннель, и Кунау снова выступает претендентом наместо органиста. Теперь его противником является лишь один соискатель - Готфрид Швегрихен из Цвикау, над которым. Кунау одерживает победу, а 3 октября вступает в должность.
В первые два с половиной года учебы в университете Кунау уделяет большое внимание философским наукам. Однако место органиста не давало достаточно средств, поэтому Кунау начинает усиленно заниматься правом и в 1688 году публикует диссертацию "De juribus circa Musicos Ecclesiasticos" (“Законодательство относительно церковных музыкантов”) и получает возможность практиковать как адвокат.
Кроме того, Кунау стал руководителем так называемого Collegium Musikum, представляющего собой группу студентов, которые встречались два раза в неделю и исполняли с листа новые, только что появившиеся сочинения. Кунау писал по этому поводу “Это довольно похвальная деятельность, так как они [студенты] отчасти все более совершенствуются в своей прекрасной профессии, отчасти также посредством приятной благозвучной гармонии, приходят к согласию нравов. Со временем участники Collegium стали давать публичные концерты в университете, а также на улицах в честь знатных персон города или по поводу прибытия гостей. Эти выступления постепенно превращались в целые представления, происходящие в центре города. Такого рода празднества, в частности, устраивались в день выбора ректора. Вечером, после поздравлений студенты делились на два оркестра и шли через рынок, играя на скрипках, трубах и литаврах. Среди них были также и певцы, образующие четырехголосный хор. Одна процессия шла через Katarinenstrasse, другая через Petersstrasse и новый рынок. После трехчасового музицирования они вновь встречались на рынке. Состоя на службе органиста, Кунау не мог дирижировать своими сочинениями. Встав во главе общества музыкантов, он получал такую возможность. Учитывая все возрастающий авторитет композитора, неудивительно, что он сумел объединить вокруг себя музыкантов и любителей музыки.
В 1689 году Кунау женился на дочери шорника Сабине Елизабет Платтер. Бракосочетание состоялось 12 февраля в Thomaskirche. От этого брака рождается шесть дочерей и двое сыновей. Но только три дочери пережили отца.
В период службы Кунау органистом появились все его сочинения для клавира. Возможно, он писал также органные произведения, но они не были опубликованы. Первая часть клавирных сочинений Кунау вышла из печати в то время, когда напечатанная клавирная музыка еще была редкостью. Вскоре после 1690 года многие немецкие композиторы опубликовали свои работы для этого инструмента. Но Кунау был первым из мастеров Средней Германии.
В течение этого периода появляется также ряд литературных работ Кунау. Среди них трактаты, художественные произведения. Это "Der Schmied seines eigenen Unglück", ("Кузнец своего несчастья"), "Das Fuhlen" (первая часть из серии моральное значение пяти чувств), "Der lose Cousenmacher", "Der Musikalische Quacksalber", "Musicus magnanimus" ("Великодушный музыкант") (Фрайберг,1691), "Musicus vexatus oder der wohlgelagte doch nicht verzagte, sondern jederzeit lustige Musicus instrumentalis" ("Благодушный, неунывающий и всегда веселый музыкант инструменталист") (Фрайберг,1690), "Musicos curiosus" ("Любопытный музыкант") (Фрайберг,1691), два неопубликованных трактата "De Tetrachordo seu Musica antiqua ac hodierna" (" О тетрахорде в старой и современной музыке") и "Disputatio de Triado Harmonica"( "Спор о тоническом трезвучии"). Эти трактаты содержат размышления о сущности и различиях старой и новой музыкальной теории с цитатами старых авторов.[1][1] Некоторые положения были впоследствии использованы учеником Кунау, Хайнихеном в его работе о генерал-басе.
Кунау также самостоятельно продолжает свое образование. Он проявляет большие познания в математике, а также в греческом и еврейском языках, переводит на немецкий французские и итальянские книги, некоторые из них публикует. У Адлунга мы читаем: "Не знаю, был ли он по призванию композитором или ученым в других областях. Он был просвещен в богословии, юриспруденции, красноречии, литературе, математике, иностранных языках, музыке". Маттезон говорит, что это был высокообразованный человек и музыкант, композитор и дирижер, так что во всех этих видах ему нет равных. Вероятно, уже в это время Кунау писал духовную музыку для исполнения в церквях Лейпцига. Уже тогда у него были ученики Иоганн Давид Хайнихен, Христиан Граупнер.
10 марта 1701 года умер Иоганн Шелле. Кунау выступил как претендент на его место. Он уже до этого исполнял обязанности кантора во время отъезда Шелле и теперь имел все основания рассчитывать на успех. В то время он уже был известным музыкантом с научным образованием, пользовался славой в студенческих кругах. Его клавирные сочинения переиздавались, сатирические романы читались многими. Кроме того, он имел много друзей в магистрате и мог заручиться их поддержкой.
Помимо Кунау, на место претендовали еще четыре музыканта, но предпочтение единогласно было отдано именно ему. Кунау приступил к своим служебным обязанностям в апреле 1701 года.
К концу XVII века в Лейпциге были только две городские церкви - Thomasschule и Nikolausschule. Церковная жизнь города не ограничивалась лишь обычными и праздничными богослужениями, а находилась в тесной связи с событиями общественной жизни: прибытия князя, день рождения монарха, выборы мастера цеха, военные победы. Ни одно общественное событие не могло пройти без участия церкви. Обе церкви обладали несколькими капеллами, построенными на средства знатных горожан. Роспись, многочисленные украшения, аллегорические изображения – все это было призвано поразить воображение верующих, дать им определенный настрой. В1699 году старая Barfüsskirche преобразована в Новую церковь. В 1710 году начинаются открытые богослужения в (до этого она использовалась только для академических празднеств), затем открываются Peterskirche, Georgenkirche, Johanneskirche, Lasarettkirche. Таким образом, число богослужений в городе возрастает, в обычное воскресенье их было до четырнадцати. Не во всех этих церквях музыка играла одинаковую роль. В маленьких церквях, посетителями которых являлись представители беднейшего сословия, она занимала незначительное место. В Georgenkirche и Johanneskirche пели те Thomaner, которые еще не имели достаточной практики в музыке. В малых церквях ограничивались пением общинных песен, иногда в сопровождении органа. В Paulinerkirchе и Новой церкви музыка звучала лишь время от времени. В двух главных церквях службы отличались блеском и великолепием, причем, немалую роль в их устройстве играли средства, вносимые обеспеченными бюргерами. Их обслуживали два органиста, большая часть хора Thomasschule под управлением кантора и хористы Nikolai под управлением своего регента, так называемые Horai canonicae in St. Nikolai.
Кантор Thomasschule, или иначе “Director chori musici”, отвечал за исполнение музыки в главных церквях города. Основное требование, предъявлявшееся к кандидату на эту должность - хорошее образование, как общее, так и музыкальное, кроме того, он непременно должен был быть композитором. Необходимость гуманитарного образования объяснялось тем, что кантор в школьной иерархии получал звание Tertius, то есть входил в число четырех высших учителей, наряду с ректором, конректором и Quartus. Бывали случаи, когда прекрасный музыкант мог быть отвергнут советом, по причине недостаточного общего образования.
Помимо исполнения музыкальных обязанностей в Thomaskirche и Nikolauskirche, кантор преподавал в школе некоторые академические предметы, включая латынь и катехизис. В годы канторства Себастиана Кнупфера (1657 – 1676) занимающий этот пост стал именоваться director musices Lipsiensis. Это означало, прежде всего, что он обеспечивает исполнение музыки во время официальных городских торжеств. Когда две другие лейпцигские церкви - Neue Kirche и Petrikirche – открылись для богослужений, ответственность за их музыкальное оформление также легла на плечи кантора. Что касается Paulinerkirchе – университетской церкви – то кантор (который одновременно являлся университетским музикдиректором) был задействован только во время академических празднеств. Вдобавок ко всем этим многочисленным обязанностям, в ведении кантора находились городские трубачи и другие инструменталисты.
Кантор имел в своем распоряжении группу певцов и инструменталистов. Число певцов достигало 50- 60 человек. В соответствии со своими способностями они делились на четыре хора по 12 – 16 участников. Лучшие ученики составляли первый и второй хоры, исполняющие концертную полифоническую музыку (кантаты и другие концертные пьесы) в двух главных церквях. Третий хор предназначался для исполнения полифонической музыки (преимущественно мотетов) в Neue Kirche, а четвертый пел хоралы (в унисон) в Petrikirche. Первый хор возглавлял кантор, остальные были в ведении префектов, избираемых из числа старших учеников.
Существовали строгие постановления, касающиеся поведения хористов во время службы. Согласно одному из них, певчим следует “тихо сидеть на своих скамьях до тех пор, пока их не пригласят к пультам, становиться перед последними таким образом, чтобы смотреть на написанный текст, при этом никто никому не должен мешать в пении. Когда играет орган, никто не садится на скамьи, а продолжает стоять около пульта и следит, когда начнется исполнение церковной песни, чтобы подпевать. По окончании пения praecentor те хористы, которые пели партии тенора и баса, должны оставаться у передних перил, не садиться на скамьи и слушать проповедь, а затем с благоговением исполнять церковную молитву и благодарение, после чего снова становиться к пульту”. Запрещалось также несвоевременно покидать церковь, разговаривать во время богослужения.