Несмотря на то что в пылу полемики обе стороны нередко допускали резкие крайности и незаслуженные выпады по адресу противника, многие из родившихся в спорах статей представляют и в наше время огромный научный интерес. В частности, дискуссия о Глинке обусловила появление ряда глубоких по мысли работ и помогла раскрытию огромных достоинств обеих опер великого композитора. Однако в свое время у болезненно самолюбивого Серова отсутствие взаимопонимания со Стасовым вызывало ожесточение и острое чувство одиночества. Серова глубоко уязвляло также непризнание его музыкальных заслуг как со стороны официальных кругов, так и со стороны товарищей по искусству. Положение осложнялось тем, что, враждуя с кучкистами, Серов разделял с ними неприязнь к консерватории, РМО и не находил, таким образом, союзников ни в одном из музыкальных лагерей. Бороться приходилось в одиночку. Недаром он писал о себе: «Моя позиция — оппозиция».
В 1867 году Серов предпринял вместе с женой попытку основать впервые в России специальную музыкальную газету «Музыка и театр». Это было чрезвычайно важным и нужным делом. Газета просуществовала, однако, недолго, так как не нашла поддержки у общественности.
К этому времени относится и возникновение замысла последней оперы Серова. После создания «Юдифи» и «Рогнеды» он был занят поисками нового сюжета. Возникала мысль о сочинении опер «Тарас Бульба» (по Гоголю), «Гайдамаки» (по поэме Тараса Шевченко).
Одно время Серова привлекала идея балета «Ночь перед рождеством» (по повести Гоголя). Сохранились отдельные оркестровые номера, предназначавшиеся для этих произведений: «Гречаники», «Гопак» и «Пляска запорожцев» на темы украинских танцев.
Наконец, под влиянием сближения с драматургом Островским, а также с литератором Потехиным (автором повестей из крестьянской жизни) Серов остановился на пьесе Островского «Не так живи, как хочется». На ее основе он решил создать музыкальную драму из народного быта. Островский начал писать либретто, но вскоре между ним и Серовым возникли разногласия по поводу развития сюжета, и Серов вынужден был самостоятельно завершить либретто четвертого и пятого актов.
Работа над оперой «Вражья сила» (так назвал ее Серов) совпала с последними годами жизни композитора. Это были годы продолжавшейся интенсивной музыкально-критической и общественной деятельности. В 1868 году Серов прочел цикл лекций в Москве, а в 1870 году присутствовал делегатом от РМО в Вене на торжестве по поводу столетия со дня рождения Бетховена. Он был полон творческих планов, замышлял ряд критических статей, с увлечением работал над последними актами «Вражьей силы». Однако напряженный труд и тяжелые переживания прошлых лет пагубно сказались на здоровье композитора. 1 февраля 1871 года смерть внезапно оборвала его кипучую деятельность.
Музыкально-критическое наследие Серова представляет огромную ценность.
Широк круг разработанных Серовым вопросов. Здесь представлены история и современность, значительные явления зарубежной и отечественной музыки, концертная и театральная жизнь. Серов выступал как пропагандист творчества классиков и живо откликался на выступления одаренных молодых композиторов. Анализируя исполняемые на концертной эстраде и оперной сцене музыкальные произведения, он одновременно давал тонкие и проницательные оценки исполнительскому искусству артистов.
«Воинствующее» (выражение Серова) перо критика направлялось против различных явлений, тормозивших развитие музыкальной культуры. Серов обрушивался на реакционных критиков, клеветавших на русскую музыку, полемизировал с проповедовавшими неверные взгляды на музыкальное искусство известными европейскими теоретиками. Серов — один из основоположников русской музыкальной науки. В своих статьях он ставил важнейшие проблемы музыкальной теории и эстетики, прокладывал пути для развития научно обоснованного музыкального анализа и исторического исследования.
Основополагающим для всех работ Серова был взгляд на музыку как на искусство, призванное правдиво отражать духовную жизнь человека. «Прекрасно в искусстве лишь то, что жизненно правдиво», «высшая правда выражения вызывает высшую красоту музыки», утверждал он.
Серов горячо отстаивал народность — важнейший принцип музыкального творчества. Еще в 1842 году он писал: «Композитор отнюдь не должен брать для своих целей готовые мелодии из песен, но так должен сообразовать свое творчество с духом народа, чтобы его собственные мотивы выливались в формы, наиболее любимые народом». Серов пропагандировал глубоко прогрессивные взгляды о кровной связи творчества композиторов с народной жизнью. «Музыка. . . должна быть неразлучна с народом, с почвой этого народа, с его историческим развитием.» Статьей «Русская народная песня как предмет науки» Серов положил начало углубленному изучению своеобразия русской песни.
Высшим видом музыкального искусства Серов считал оперу. Проблемам оперного творчества специально посвящены многие его работы. От оперы Серов требовал тесной связи музыки с развитием драматического действия, «драматической правды в звуках». Оперным идеалом Серова была музыкальная драма. Именно этим объясняется и увлечение Серова Вагнером, которого он ревностно пропагандировал. Предпочтение, при общей любви к Глинке, «Ивана Сусанина» «Руслану» также было обусловлено наличием в первой из этих опер целеустремленного драматического развития, получившего свое выражение в особенностях всей музыкальной композиции. Эпически картинная драматургия «Руслана» не была близка Серову. Признавая музыкальные красоты этой оперы, он, однако, считал ее слабой в драматургическом отношении и яростно спорил по этому поводу с «русланистами» — Стасовым и членами «Могучей кучки». Свое толкование «Ивана Сусанина» как музыкальной драмы Серов подкрепил статьей, в которой показал постепенное «произрастание» итоговой для всего произведения темы «Славься» из ряда возникающих по ходу действия интонаций и мотивов. Эту статью он назвал «Опытом технической критики над музыкой Глинки». В ней, по существу, заложена основа метода интонационного анализа, широко развитого в трудах советского ученого Б. В. Асафьева.
Убежденный вагнерианец, Серов вместе с тем принимал близко к сердцу судьбы русской оперы. В большой статье о «Русалке» Даргомыжского он горячо приветствовал появление этой оперы, расценивая его как доказательство успешного развития русского национального искусства. Он отметил «славянский» характер произведения, народность музыкального языка и особенно подчеркнул у Даргомыжского «стремление к правде в выражении, не допускающее (кроме весьма редких исключений) служения целям виртуозным».
Большое внимание уделял Серов в своих аналитических статьях и симфонической музыке. Открытые им принципы тематического анализа крупных инструментальных произведений изложены в статье об увертюре Бетховена «Леонора» («Тематизм увертюры „Леонора". Этюд о Бетховене»). Эти принципы также оплодотворили современную музыкальную науку. Велико значение статьи «Девятая симфония Бетховена, ее склад и смысл». Серов первым раскрыл связь творчества Бетховена с революционными идеями его времени. Он разъяснил высокий демократический смысл Девятой симфонии, показал воплощенные в ней идеи борьбы за свободу и счастье человечества.
В статьях Серова освещается творчество Моцарта, Глюка, Вебера, Мейербера, Берлиоза, Россини, Спонтини и ряда других композиторов. Особое место занимает в его литературном наследии книга «Воспоминания о М. И. Глинке». Серов подчеркивает основополагающую роль Глинки для развития русской национальной музыки, его всемирно-историческое значение: «Когда-нибудь узнают же нашего Глинку в Европе... и отведут ему то место в искусстве, которое он занял в силу своего гения».