Однако болезненно самолюбивый, тяжело уязвленный всеми неудачами, Балакирев не мог примириться с потерей былого влияния на недавних учеников.
Тяжелые переживания вызвали острый душевный кризис. Одно время Балакиревым владела мысль о самоубийстве. Вынужденный заработка ради поступить рядовым служащим в правление Варшавской железной дороги, он отстраняется от прежних друзей и надолго отказывается от каких-либо музыкальных занятий.
Возвращение к музыке. Последний период жизни и творчества.. Несколько лет длилось отчуждение Балакирева от музыкальных дел. Лишь к концу 70-х годов у него постепенно возрождается интерес к музыке. Он вновь берется за прерванное сочинение симфонической поэмы «Тамара». Возвращению Балакирева к музыкальной деятельности во многом содействовали старания его друзей. В частности, значительную роль сыграла Л. И. Шестакова, предложившая ему принять участие в редактировании готовящихся к изданию партитур Глинки. Балакирев деятельно принялся за эту работу, пригласив для помощи Римского-Корсакова и его ученика Лядова.
Но Балакирев вернулся к музыкальной жизни уже не прежним «орлом», как его когда-то называл Даргомыжский. Душевные силы его были надломлены. Появилась болезненная замкнутость. В его общественных взглядах уже не было прежней прогрессивности. Особенно поразило друзей обращение Балакирева к религии.
Во всем этом, несомненно, сказалось, помимо личных переживаний, и влияние реакции начала 80-х годов. Смятение и растерянность, появившиеся в эту эпоху среди некоторых слоев интеллигенции, наложили свой отпечаток и на психику Балакирева.
Тем не менее и в новых условиях он развил энергичную музыкально-общественную деятельность. В 1881 году Балакирев снова стал директором и дирижером Бесплатной музыкальной школы. Теперь он включал в программы концертов также и произведения представителей нового поколения русских композиторов— Глазунова, Лядова. В 1883 году Балакирев получил место управляющего Придворной певческой капеллой, привлек к работе Римского-Корсакова и с его помощью реорганизовал там систему преподавания. В 1894 году он вышел в отставку и отдался творчеству.
Многие из сочинений 80—90-х годов были задуманы и начаты Балакиревым еще в 60-е годы. Так было с уже упомянутой симфонической поэмой «Тамара», законченной в 1882 году, с Первой симфонией до мажор, которую композитор завершил в 1897 году, и с фортепианным концертом ми-бемоль мажор, над которым он работал в последние годы жизни. Балакирев взялся также за переоркестровку и подготовку к изданию симфонических произведений, написанных в молодости.
В 1890—1900-х годах появляются новые романсы и фортепианные пьесы Балакирева.
По-прежнему композитор проявляет горячий интерес к народному творчеству, хотя уже не занимается лично собиранием и записью песен. Он откликается на приглашение песенной комиссии Русского географического общества, привлекавшей ряд видных композиторов для обработки народных напевов, записанных фольклорными экспедициями на севере России. В 1901 году выходят из печати два сборника. Это «Тридцать русских народных песен», обработанных Балакиревым для пения с фортепиано, а также для фортепиано в 4 руки.
В последний период своей жизни Балакирев был окружен музыкальной молодежью, среди которой находились и некоторые из его воспитанников по Певческой капелле, начинающие композиторы, музыкальные критики и просто любители музыки; им он охотно играл на рояле, с увлечением разбирал с ними свои любимые музыкальные произведения. Но самым близким и дорогим человеком стал для него в эти годы композитор, пианист и дирижер С. М. Ляпунов, будущий профессор Петербургской консерватории, горячий почитатель балакиревского таланта.
К 1894 году относится последнее публичное выступление Балакирева как пианиста. Это было на торжествах в Желязовой Воле — на родине Шопена, где по инициативе Балакирева был открыт памятник великому польскому композитору.
До конца жизни Балакирев сохранял горячую любовь к Глинке. В 1885 году в Смоленске он участвовал в празднестве открытия памятника великому композитору и дирижировал там двумя концертами. В 1895 году он добился установки мемориальной доски на доме в Берлине, в котором скончался Глинка, сам ездил на торжества в составе русской делегации и дирижировал в Берлине своей симфонией. А в 1906 году в честь открытия памятника Глинке в Петербурге (инициатором был и на этот раз Балакирев) исполнялась сочиненная им торжественная кантата.
Последними произведениями композитора были Вторая симфония ре минор и сюита для оркестра.
Умер Балакирев 16 мая 1910 года. Согласно его воле Ляпунов завершил ряд не законченных им произведений, в том числе и фортепианный концерт ми-бемоль мажор.