для фортепьяно-
2 сонаты (cis-moll, 1865; Большая соната, G-dur, ор. 37, 1878), 2 пьесы (ор. 1, 1864), Воспоминание о Гапсале (ор. 2, 1867), тема с вариациями (1865), вальс-каприс (ор. 4, 1868), романс (ор. 5, 1868), вальс-скерцо (ор. 7, 1870), каприччио (ор. 8, 1870), 2 пьесы (ор. 10, 1872), 6 пьес (ор. 19, 1873), 6 пьес на одну тему (ор. 21, 1873), Времена года, 12 характеристических картин (ор. 37, 1876), Детский альбом (ор. 39, 1878), 12 пьес средней трудности (ор. 40, 1878), 6 пьес (ор. 51, 1882), марш Русский добровольный флот (1878), Думка (ор. 59, 1886), вальс-шутка (1889), экспромт (1889), Лирический момент (1893), марш Юрьевского полка (1893), 18 пьес (ор. 72, 1893);
для скрипки и фортепьяно-
Воспоминания дорогого места (Meditations - Раздумье, Скерцо, Мелодия; ор. 42, 1878), Хор цветов и насекомых (для детского хора с оркестром, слова Р. А. Рачинского, 1869);
для хора а cappel1а -
На сон грядущий (cлова Н. П. Огарева, 1864), Литургия св. Иоанна Златоуста (ор. 41, 1878), Всенощное бдение (ор. 52, 1881), Вечер (cлова Чайковского, 1881), Девять духовно-музыкальных сочинений (1884-85), Гимн в честь Кирилла и Мефодия (1885), Правоведческая песнь (слова Чайковского, 1885), Ночевала тучка золотая (слова М. Ю. Лермонтова, 1887), Блажен, кто улыбается (слова К. К. Романова, 1887), Соловушко (слова Чайковского, 1889), Привет А. Г. Рубинштейну (слова Я. П. Полонского, 1889), 3 хора (1891); камерно-вокальные ансамбли с фортепьяно- 6 дуэтов (ор. 46, 1880), Природа и любовь (для 3 женских голосов и хора, 1870), Ночь (для 4 голосов, слова Чайковского, 1893);
для голоса с фортепьяно-
6 романсов, ор. 6 (в том числе Не верь, мой друг и Слеза дрожит, слова А. К. Толстого; Ни слова, о друг мой, слова А. Н. Плещеева; Отчего? и Нет, только тот, кто знал, слова Л. А. Мея; 1969), Забыть так скоро (слова А. Н. Апухтина, 1870), 6 романсов, ор. 16 (в том числе Колыбельная песня, слова А. Н. Майкова; Погоди, слова Н. П. Грекова; 1872), Уноси моё сердце (слова А. А. Фета, 1873), 6 романсов, ор. 25 (в том числе Примиренье, слова Н. Ф. Щербины; Канарейка, слова Мея; 1875), 6 романсов и песен, ор. 27 (в том числе Моя баловница, слова Мея, 1875), 6 романсов и песен, ор. 28 (в том числе Корольки, слова Грекова; Он так меня любил, слова Апухтина, Страшная минута, слова N. N. (П. И. Чайковского); 1875), Хотел бы в единое слово (слова Г. Гейне, в переводе Мея, 1875), 6 романсов, ор. 38 (в том числе Серенада Дон Жуана, То было раннею весной, Средь шумного бала, слова Толстого; 1878), 7 романсов, ор. 47 (в том числе Кабы знала я, Благославляю вас, леса, слова Толстого; День ли царит, слова Апухтина, Я ли в поле да не травушка была, слова И. З. Сурикова; 1880), 16 песен для детей, ор. 54 (в том числе Бабушка и внучек. Весна (Травка зеленеет), Мой садик, Кукушка, Весна (Уж тает снег), слова Плещеева; 1881-83), 6 романсов, ор. 57 (в том числе Скажи, о чём в тиши ветвей, слова В. А. Соллогуба; На нивы жёлтые, слова Толстого; Лишь ты один, слова Плещеева, 1884), 12 романсов (втом числе Я тебе ничего не скажу, слова Фета; Ночи безумные, слова Апухтина, Ночь (Отчего я люблю тебя), За окном в степи мелькает, слова Полонского; Нам звёзды кроткие сияли, слова Плещеева; 1886), 6 романсов, ор. 63 (слова К. Романова, в том числе Растворил я окно, Серенада (О, дитя); 1887), Six melodies (6 романсов), ор. 65 (в том числе Серенада (Ты куда летишь, как птица),cлова Э. Тюркети; Чаровница, cлова П. Клоделя; 1888), 6 романсов, ор. 73 (cлова Д. М. Ратгауза: в том числе Мы сидели c тобой, В эту лунную ночь, Закатилось солнце, Средь мрачных дней, Снова, как прежде, один; 1853);
обработки-
50 русских народных песен (для фортепьяно в 4 руки, 1869);
редакции-
Русские народные песни для одного голоса с сопровождением фортепиано. Собранные и переложенные В. Прокуниным, выпуски 1-2, М., 1872-73; Полное собрание Сочинения Дм. Бортнянского (духовные Сочинения), т. 1-10, М., 1881-82. Полное собрание Сочинения, т. 1-62, М., 1940-71.