Затем последовали и другие удары: в 1793 году были распущены все академии, а 20 апреля 1794 года был казнён де Сарон, который до последнего момента занимался вычислением орбит комет, открытых Мессье. Аннексия Зальма поставила в тяжёлое положение семью Мессье, находившуюся в тесной зависимости от местного дворянства.
Термидорианский переворот и окончание революционного террора принесли некую устроенность в жизнь Мессье. В 1795 году он вошёл в число членов вновь созданного Национального института науки и искусств, а в 1796 году вошёл в число астрономов Бюро долгот. В 1806 году Наполеон пожаловал Мессье крест Почётного легиона (обрадованный наградой, престарелый учёный изрядно испортил свою репутацию, заявив о том, что большая комета 1769 года возвестила рождение будущего императора Франции).
В 1801 году, в возрасте 71 года, Мессье открыл свою последнюю комету. Последнее наблюдение было сделано им в 1807 году, после чего его здоровье начало быстро ухудшаться. С 1808 года из-за ухудшившегося зрения он не мог уже читать и писать, а в 1812 году его парализовало на одну сторону.
Портрет Мессье в возрасте 71 года
Мессье умер 11 апреля 1817 года в возрасте 87 лет. Он был похоронен на кладбище Пер-Лашез. В похоронной речи Деламбр, секретарь воссозданной Королевской академии наук сказал следующее:
Он не написал ни одной книги, ни одного трактата, общего или частного, но его наблюдения ещё долгое время будут оставаться в сокровищнице Академии. Его знаменитый коллега Лаланд создал в его честь созвездие, единственное, носящее имя астронома. Оно будет хранить память о нём, но имя его навечно останется в науке независимо от этого дружеского чествования: оно останется вписанным в каталоге комет, куда оно входит настолько же часто, насколько и обоснованно.
Созвездие «Хранитель урожая»
В честь Мессье в 1775 году астроном Лаланд предложил созвездие Хранитель Урожая (лат. Custos Messium), в настоящее время отменённое.
Созвездие находилось между созвездий Жираф, Кассиопея и Цефей, около также впоследствии отменённого созвездия Северный Олень. Эта область неба известна в европейских языках как «пшеничное поле», так что название созвездия ассоциативно.
Латинское название созвездия «Custos Messium» созвучно с именем известного французского астронома Шарля Мессье, в честь которого оно было помещено на небо. В отечественной астрономической литературе это созвездие иногда называется «созвездие Мессье». Лаланд отмечал: «Это название всегда будет напоминать астрономам будущего о мужестве и прилежности нашего трудолюбивого наблюдателя Мессье, который с 1757 года, похоже, занят одним делом: патрулированием неба в поисках комет».
На картах звездного неба оно изображалось в виде стража, наблюдающего за полем пшеницы, и нередко подписывалось французским именем «Мессье». В данной области неба имеется только одна относительно яркая звезда (40 Кассиопеи) и нет иных примечательных объектов. Интересно отметить, что сам Мессье считал, что Лаланд выбрал эту область неба потому, что в ней была открыта комета 1774 года. Эта комета была единственной за 14 лет, которые прошли после смерти жены Мессье, открытой не Мессье — что было достаточно большим ударом для него.
Ныне созвездие не занесено Международным астрономическим союзом в официальный список созвездий.
Кометы, открытые Мессье
* C/1760 B1 (Messier)
* C/1763 S1 (Messier)
* C/1764 A1 (Messier)
* C/1766 E1 (Messier)
* C/1769 P1 (Messier)
* D/1770 L1 (Lexell)
* C/1771 G1 (Messier)
* C/1773 T1 (Messier)
* C/1780 U2 (Messier)
* C/1788 W1 (Messier)
* C/1793 S2 (Messier)
* C/1798 G1 (Messier)
* C/1785 A1 (Messier-Mechain) — совместно с П. Мешеном