После получения независимости Кения официально заявила о своей приверженности политике неприсоединения, но фактически проводила прозападную политику. Правительство страны уделяло большое внимание созданию союза с другими государствами Восточной Африки. Хотя Кении, Танзании и Уганде не удалось образовать Восточноафриканскую федерацию, их усилия привели к возникновению в 1967 Восточноафриканского экономического сообщества (ВЭС), что позволило сохранить таможенный союз и другие совместные региональные экономические организации, куда все три страны входили еще с колониальных времен. Из-за политических и экономических разногласий, возникших в 1970-е годы между странами-участниками, ВЭС практически прекратил свое существование в 1977, а в 1984 был официально распущен. Ухудшились отношения с Сомали, которое поддержало выступления сомалийского населения Кении за выход Северо-Восточной провинции из состава государства. В 1968 было достигнуто соглашение о нормализации отношений между обеими странами, и сепаратистское движение сомалийцев на северо-востоке Кении быстро сошло на нет.
После самороспуска КАДУ в 1964 на протяжении некоторого времени КАНУ оставался единственной политической партией в стране. Однако в 1966 в нем произошел раскол, и часть членов во главе с бывшим вице-президентом Кении Огингой Одингой создала оппозиционный Союз народа Кении (КПУ). Он отстаивал более «научный» путь к социализму и критиковал правительство за медленные темпы перераспределения земли и игнорирование проблемы трудоустройства кенийцев, а в сфере внешней политики призывал к сближению с коммунистическими странами. КПУ получил поддержку только в районах, населенных луо. В июне 1969 был убит член правительства Том Мбойя, луо по этнической принадлежности. Его считали вероятным преемником Кениаты на посту президента. Отношения между кикуйю и луо обострились, и после беспорядков в районах проживания луо правительство запретило КПУ. Таким образом, Кения осталась однопартийным государством. Одинга провел 15 месяцев под домашним арестом, но в 1971, вскоре после освобождения, снова вступил в КАНУ. Несмотря на продолжавшуюся борьбу фракций в КАНУ и в правительстве, при Джомо Кениате, авторитетном лидере, который бессменно руководил Кенией с 1963, политическая остановка в стране стабилизировалась. Тем не менее накапливалась социальная напряженность. Из-за быстрых темпов естественного прироста населения и значительного оттока сельского населения в города там росли безработица и преступность. Постоянным источником недовольства африканского населения было привилегированное положение в экономике европейцев и выходцев из Азии.
Правление президента Даниеля арап Мои. После смерти Кениаты в 1978 его преемником на посту президента стал бывший вице-президент Даниель арап Мои, календжин по этнической принадлежности. Он быстро укрепил свои позиции, хотя, по мнению критиков, его режим был авторитарным и коррумпированным. В середине 1982 младшие офицеры военно-воздушных сил ВВС при поддержке студентов предприняли неудачную попытку свергнуть Даниель арап Мои, сопровождавшуюся грабежами магазинов Найроби и нападениями на азиатское население. Правительство закрыло на год университет в Найроби, привлекло тысячу человек к судебной ответственности за участие в перевороте, и в 1985 два его руководителя были повешены по приговору суда.
Властные структуры Кении были поражены коррупцией. Роберт Оуко, самый высокопоставленный луо в кабинете Даниеля арап Мои, был убит спустя несколько месяцев после того, как ему было поручено официальное расследование по фактам коррупции. Когда выяснилось, что в убийстве Роберта Оуко замешан ближайший соратник президента Николас Бивотт и что он утратил поддержку среди луо, Даниель арап Мои отправил его в отставку. В знак протеста против «растущей жестокости» режима Германия отозвала своего посла из Найроби, а иностранные кредиторы стали оказывать финансовое давление на правительство Даниель арап Мои, чтобы тот разрешил деятельность других политических партий. Даниель арап Мои пошел на уступки, и в декабре 1992 в конституцию Кении была внесена соответствующая поправка.
Главным оппонентом КАНУ стал Форум за восстановление демократии (ФОРД), десятки видных членов КАНУ перешли в другие партии. ФОРД, во главе которого стояли Огинга Одинга и Кеннет Матиба, вскоре раскололся по этническому признаку. На состоявшихся впервые за четверть века демократических президентских выборах в декабре 1992 Даниель арап Мои получил 37% голосов, Матиба – 26%, Мваи Кибаки (его поддерживала главным образом Демократическая партия кикуйю) – 19% и Огинга Одинга – 18%. Из 188 мест в Национальной ассамблее КАНУ завоевал 97. В 1993 правительство Даниеля арап Мои согласилось на проведение экономических реформ, к которым его давно подталкивали Всемирный банк и МВФ, после чего они предоставили Кении в качестве помощи значительные средства для обслуживания внешнего долга, достигшего 7,5 млрд. долл. Даниель арап Мои не уставал повторять, что многопартийность будет способствовать усилению этнических конфликтов.
В середине 1990-х годов наметились демографические, экономические и политические тенденции, создающие основу для роста благосостояния населения и развития демократии. Ежегодные темпы естественного прироста населения страны, бывшие одними из самых высоких в мире (4%), в 1995–1998 годах сократились до 2,2%, как в результате падения рождаемости, так и увеличения смертности из-за распространения СПИДа. Продолжался рост экономики, основными отраслями которой оставались потребительское сельское хозяйство, экспортное производство чая и кофе, туризм. По подсчетам кенийского правительства, в 1995 ВВП страны возрос на 5%, а в 1996 – на 4%. Кения продолжала движение к многопартийной демократии, накануне всеобщих выборов 29 декабря 1997 прошли оживленные дискуссии о конституционной реформе.
В 1997–1998 накопленный позитивный потенциал был подорван совокупностью политических, экономических и природных факторов. Предвыборная кампания сопровождалась многочисленными актами насилия в центральной части и на побережье Кении. Это нарушило обычный ход сельскохозяйственных работ. Ожесточенная предвыборная борьба ведущих политических партий завершилась переизбранием Даниеля арап Мои на пятый пятилетний (последний для него) президентский срок. В начале 1998 необычайно сильные ливни при прохождении тайфуна уничтожили посевы, размыли дороги и разрушили мосты на главной транспортной артерии страны, соединяющей порт Момбасу с Найроби. Сельскому хозяйству, в том числе его экспортным отраслям, был нанесен существенный урон. После сообщений в зарубежных средствах массовой информации об актах насилия и эпидемиях поток иностранных туристов в Кению резко сократился.
В августе 1998 здание посольства США в Найроби было взорвано террористами. Погибли свыше 200 кенийцев и 12 американцев, сотни людей получили ранения. В стране распространена коррупция, ставшая тормозом экономического, социального и политического развития. МВФ, Всемирный банк и страны ЕС предупредили Кению о возможном прекращении экономической и финансовой помощи.
Кения в 21 веке. 27 декабря 2002 на очередных президентских выборах Мваи Кибаки получил большинство голосов и стал 3-им президентом Кении. Кибаки баллотировался от партии Национальная коалиция Радуги (National Rainbow Coalition, NARC). Он опередил ближайшего соперника Ухуру Кеньятту с очень большим отрывом. Арап Мои не смог выставить свою кандидатуру, т.к. согласно конституции страны он не мог больше участвовать в выборах. Он также покинул пост лидера партии КАНУ. На этих выборах Раил Одинга, министр дорог и общественных работ Кении, поддержал Кибаки. Но после того, как не получил обещанного поста премьер-министра, он покинул правительство и перешел в оппозицию.
Придя к власти, Кибаки начал реализовывать свою предвыборную программу, основными пунктами которой было реформирование правительства, анти-коррупция, реформа экономики. Были предприняты следующие меры по борьбе с коррупцией: был сокращен штат сотрудников канцелярии президента. Обнародованы три антикоррупционных законопроекта, которые внесены на рассмотрение парламента. Они предусматривали, в частности, декларирование чиновниками, их женами и детьми доходов и имущества, усиление полномочий комиссии по борьбе с коррупцией. При предыдущем режиме работа этой комиссии была остановлена.
Мваи Кибаки назначил комиссию по расследованию т.н. «Скандала Голденберга» – знаменитой аферы с экспортными компенсациями начала 1990-х годов, в результате которой казна лишилась более 600 млн. долларов. Власти также заявили, что обнаружили нелегальную утечку за рубеж от одного до четырех млрд. долларов. По делам, связанным с коррупцией, проходят родственники и ближайшие сподвижники экс-президента Даниеля арап Мои. Экс-президенту был предоставлен иммунитет от судебного преследования, хотя он обвиняется в коррупции и поощрении межэтнических противоречий. Руководство страны объяснило это решение тем, что экс-президент мирно покинул свой пост.
Кибаки также инициировал внесение поправок в конституцию страны, которые предусматривали введение выборности местных администраций, земельную реформу и создание, подобно действующему шариатскому суду для мусульман, христианского суда. Предполагался также запрет региональных партий, абортов и однополых браков. Новая конституция также предполагала перераспределение властных полномочий.
Предложенный Мваи Кибаки проект конституционных поправок предусматривал учреждение поста премьер-министра. Однако право назначать и отправлять в отставку не только членов правительства, но и главу кабинета было бы предоставлено президенту. Новая конституция также предоставляет больше прав женщинам и содержит положения о земельной реформе. В июле 2005 парламент Кении одобрил проект конституции, в соответствии с которым значительная часть исполнительной власти остается в руках президента Мваи Кибаки.