Внутренние водные пути составляют 500 км. Это Чудское и Псковское озера, река Нарва, нижнее течение реки Эмайыги. Они используются для перевозок массовых, в основном строительных, грузов.
Эстония располагает 34 самолетами. Международный аэропорт Таллина связан пассажирскими авиалиниями со многими европейскими городами. Имеется внутреннее сообщение, в том числе с островами.
Одной из важных отраслей народного хозяйства Эстонии стал в 1990-е годы международный туризм. В советское время здесь функционировало более 400 санаториев и учреждений отдыха. В них ежегодно отдыхало 450 тыс. человек. Известным туристическим центром был Таллин. Эстония славилась развитой сетью туристических гостиниц, пансионатов и кемпингов в различных частях страны – на берегу Пярнусского залива, на островах Моонзундского архипелага, по берегам озер. Однако большинство из них используется теперь в гораздо меньшей степени, поскольку изменилась концепция туризма. Туризм с целью лечения и отдыха сменился развлекательным туризмом, внутренний – международным. Языковая и географическая (80 км) близость Финляндии обусловливает преобладание финских туристов, прибывающих с краткосрочными визитами, прежде всего в Таллин. Известную роль при этом играет относительная дешевизна (по сравнению с Финляндией) спиртных напитков и услуг, при определенной развитости сервиса. В 1995 году Эстонию посетило 1,3 млн. туристов, из них 96% – из Финляндии.
Эстония занимает первое место среди стран Прибалтики по объемам внешней торговли не только в расчете на душу населения, но превосходит Латвию и почти догнала Литву по валовому объему товарооборота, достигшему в 1997 г. 7 млрд. долларов. Главные эстонские экспортные товары – ткани, швейные, трикотажные и ковровые изделия, мебель и другие изделия деревообработки, мясо-молочные и рыбные продукты, удобрения, продукция машиностроения, электроэнергия. Значительную часть экспорта составляет реэкспорт российских товаров – минерального сырья, металлов, древесины. Импортируются машины и оборудование, минеральное и текстильное сырье, химические продукты, металлы, древесина, продовольствие.
В 1991-1992 гг. произошло резкое изменение географии внешнеторговых связей Эстонии, наиболее сильное среди всех Прибалтийских республик. Доля в эстонском экспорте бывших республик СССР (без Литвы и Латвии) снизилась с 83 до 30%, в импорте – с 74 до 38%, в том числе РФ – с 56 до 18% в экспорте и с 46 до 32% в импорте. В 1992 году на страны ЕС приходилось 59% товарооборота Эстонии.
Переориентация на западный рынок происходила в Эстонии успешнее, чем в других странах Прибалтики. Этому способствовала более благоприятная для вхождения в мировой рынок структура народного хозяйства с ориентацией на производство относительно конкурентоспособных изделий – текстильных, химических, лесных, сельскохозяйственных. По сравнению со всеми другими республиками Эстония была более знакома с Западом благодаря принимавшимся здесь программам финского телевидения, понятного эстонцам в связи с близостью языков. Эстония оказалась более подготовленной к самостоятельному развитию – именно здесь впервые начали разрабатываться идеи регионального хозрасчета и экономической самостоятельности республик. Поэтому Эстония первой вышла из рублевого пространства и ввела свою валюту, круну, в июне 1992 года. Эстонские националисты, отложив межпартийные разногласия, ускоряли процесс интеграции с Западом, иногда даже в ущерб интересам народного хозяйства, стремясь ослабить позиции значительного по размерам русского меньшинства.
К 1995 году на Россию приходилось уже только 18 % экспорта и 16 % импорта Эстонии, и она уступала в эстонском внешнеторговом обороте Финляндии (21% экспорта и 33% импорта). Следующие места в экспорте из Эстонии занимали Швеция, Латвия, Германия, а в эстонском импорте – Германия, Швеция, Нидерланды.
Однако Эстонии, как и другим Прибалтийским государствам, не удалось избежать большого отрицательного сальдо внешней торговли, достигшего 1,5 млрд. долларов. Как результат, растет ее задолженность западным торговым партнерам, в первую очередь Финляндии, долг которой только за 1997 год превысил полмиллиарда долларов.
Эстония достаточно далеко продвинулась по пути переориентации внешнеэкономических связей на Запад. На страны ЕС в 1995 г. падает 54% эстонского экспорта и 66% импорта (на СНГ – соответственно 25 и 18%). В 1995 году Эстония стала ассоциированным членом ЕС и, вероятно, первой из бывших республик СССР войдет в состав Евросоюза.