Любимовские постановки «Преступления и наказания» в Австрии, Англии, США и Италии удостоены высших театральных премий; «Бесы» в исполнении лондонского театра Альмида гастролировали по всей Европе, в том числе в парижском Театре Европы по приглашению Джорджо Стрелера.
В мае 1988 года Юрий Любимов вернулся в Москву, и приезд его стал одним из важнейших событий общественной жизни. Режиссер восстановил запрещенного прежде «Бориса Годунова», тогда же был восстановлен и спектакль «Владимир Высоцкий». В следующем году состоялась премьера «Живого» Б. Можаева — через 21 год после запрета постановки. Любимову вернули советский паспорт, а его имя как художественного руководителя и постановщика спектаклей спустя шесть лет вновь появилось на афишах Таганки.
Однако не все было так просто. Когда Любимов вернулся, театр на Таганке раскололся. Часть труппы во главе с Николаем Губенко выступила против мастера. Раскол сопровождался большим шумом, театральная Москва спорила о том, кто прав, кто виноват. Два главных режиссера с жутким скандалом разделили Таганку. Губенко взял Новую сцену, оставив Любимову старую — ту, на которой он поставил свои шедевры.
После возвращения Мастера на Таганке им были поставлены спектакли «Пир во время чумы» (1989), «Самоубийца» (1990), «Электра» (1992), «Живаго (Доктор)» (1993), «Медея» (1995), «Подросток» (1996), «Братья Карамазовы» (1997), в которых уверенно заявили о себе принятые в труппу выпускники набранного Любимовым в 1990 году нового актерского курса Щукинского училища. Одновременно режиссер продолжал ставить оперные спектакли за рубежом.
Разработавший собственную систему воспитания актеров, Любимов проводил мастер-классы и за рубежом. Лишь в Италии он работал с актерами в Риме, Милане, Болонье, Турине, Аквиле, Неаполе... В 2001 году Юрий Любимов набрал новых студентов на отделение «Музыкального театра» РАТИ (ГИТИС), и они уже заняты в его постановках.
Свой 85-летний юбилей 30 сентября 2002 года Юрий Любимов отметил премьерой спектакля «Фауст» И.В. Гёте. Каждый зритель вместе с программкой получил цветную ксерокопию ваучера с печатью «Фауст» и автографом режиссера на обороте...