Вернувшись к Били, он двинулся параллельно ее долине на запад, затем отклонился к юго-западу и в конце февраля 1883 года еще раз вышел к Уэле у зерибы Дбдалла, на траверсе острова Мутему: это селение явилось крайним западным пунктом его путешествия. Достигнутая мной... точка реки, по-видимому, опровергала выдвинутое Г. М. Стэнли утверждение, что Уэле верхнее течение Арувими, но надо было доказать, что Уэле не есть верхнее течение Шари... В это время мне было досадно, что я не могу дать новых сведений по этому вопросу... Не найдя возможности продолжить путь вниз по долине Уэле, Юнкер повернул назад и в начале мая 1883 года возвратился к Земио; на последнем участке своего кругового маршрута он смог ближе познакомиться с гидрографической системой Мбому, в частности с ее правыми притоками Шинко и Варра. Бондорф, которому Юнкер поручил транспортировку собранных коллекций в Европу, к тому времени находился уже на пути в Египет. Этот путь, однако. оказался крайне затруднен вспыхнувшим в провинции Бахр-эль-Газаль восстанием племен динка против египетского владычества. В конце концов Бондорфу удалось, преодолев массу препятствий, добраться до Египта, но все экспедиционные коллекции пропали. Доставленные Бондорфом в Европу картографические материалы Юнкера, относящиеся к первым этапам его путешествия, были опубликованы в Сообщениях Петерманна за 1884 год; в том же журнале увидели свет (в 1885 году) отчет самого Бондорфа и карта, составленная поданным его собственных съемок. Юнкер, намеревавшийся уехать вслед за Бондорфом. свыше полугода ждал, когда освободится дорога через Бахр-эль-Газаль. Это ожидание было напрасным: восстание динка было по существу лишь одним из эпизодов гораздо более широкого и мощного народного движения против египетского господства, вскоре охватившего весь Восточный Судан и вошедшего в историю под названием махдистского восстания. В ноябре 1883 года Юнкер направился на восток, в Ладо, куда и прибыл в начале следующего года; на этом переходе он познакомился с районом истоков Мбому, а затем, перейдя водораздел Нил Конго во владениях Ндорумы, пересек район истоков Суэ и вышел на свою старую дорогу через область Мака-рака. Путь на север по-прежнему был отрезан восстанием, и в ожидании развития событий путешественник провел на берегах Бахр-эль-Джебеля целых два года. В январе 1886 года он двинулся отсюда на юг, решив попытаться вернуться в Европу через Занзибар. Этот путь через Буньоро и Буганду был тоже чреват многими трудностями и опасностями, но все же в декабре 1886 года Юнкер благополучно прибыл на восточное побережье материка.
В апреле 1887 года он выступил с докладом о своем семилетнем путешествии на торжественном собрании Русского географического общества, специально посвященном его возвращению на родину. Одним из крупнейших географических достижений Юнкера было то, что он фиксировал положение водораздела Нил Конго почти на всем его протяжении (около 1200 километров). Если учесть, что эта важная гидрографическая граница была до того достаточно точно нанесена на карту лишь на одном небольшом участке там, где ее пересекал Швейнфурт в 1870 году, можно сказать, что, по существу, водораздел Нил Конго, как географическое целое, был открыт Юнкером. Другим принципиально важным обогащением карты Африки, связанным с именем Юнкера, явилось установление рисунка гидрографической системы Уэле Мбому, ранее известной европейцам только в нескольких точках. Русский путешественник не только правильно определил соотношения всех крупных и большинства малых рек этой системы, но и непосредственно проследил многие из них. Окончательно выяснить, куда течет Уэле, ему не удалось, однако данные его исследований в сочетании с результатами плавания Гренфелла по Убанги максимально приблизили эту проблему к разрешению. Основные научные результаты путешествий Юнкера были опубликованы в приложениях к Сообщениям Петерманна за 1889 год. Главным из них явилась составленная по материалам съемок русского путешественника немецким картографом Бруно Хассенштейном четырехлистная карта. Чрезвычайно высокая точность съемок Юнкера тем более поразительная, что у него не было с собой приборов для астрономических наблюдений, была впоследствии подтверждена другими исследователями. Текстовая часть работы, к которой приложена эта карта, включает развернутую характеристику гидрографии, орографии и этногеографии исследованной Юнкером области; приведены также данные метеонаблюдений, барометрических измерений высот и другие материалы. Ценнейший вклад в мировую научную литературу об Африке представил опубликованный на немецком языке в Вене в 1889-1891 годах капитальный трехтомный труд Юнкера Путешествия по Африке полное описание всей его многолетней исследовательской деятельности. Нарисованные в этой книге картины природы области Верхнего Нила и северо-восточной части бассейна Конго не уступают по точности и детальности картографическим работам автора. Большое внимание уделено характеристике коренного населения, его жизни, быта, материальной и духовной культуры. Правдиво показаны те бедствия, какие принесла африканским народам колонизация. Собственные успехи на исследовательском поприще Юнкер неразрывно связывал со своим доброжелательным отношением к африканцам.
Именно то, что я так последовательно придерживался моего отношения к туземцам, писал он, способствовало моему проникновению в неприступные до того страны, которые открылись мне, исследователю-одиночке, путешествовавшему в сопровождении лишь нескольких слуг-подростков; однако население этих стран, несомненно, оказало бы сопротивление всем попыткам вторжения путем насилия . В 1891 году Юнкер приступил к подготовке русского издания Путешествий по Африке . Осуществить этот замысел ему было не суждено: 1(13) февраля 1892 года он скончался, немного не дожив до 52 лет. На русском языке его труд появился (в сокращенном виде) только в 1949 году.