26 ноября 1825 года экспедиция высадилась на Невольничий берег Гвинейского залива, в районе Лагоса. Диксон, неизвестно из каких соображений пожелавший добраться до Сокото один, высадился в Джуиде. Португалец, по имени де Суза, вместе с бывшим слугою Денема Колумбом сопровождали его до Дагома. Выйдя из города, Диксон на семнадцатый день пути прибыл в Хар, затем в Юри, но дальнейшая его судьба осталась неизвестной. Остальные путешественники добрались до реки Бенин. Английский купец, по имени Хаутсон, отсоветовал им подниматься по ней, потому что местный вождь питал страшную ненависть к англичанам, мешавшим ему торговать рабами. Лучше, говорил купец, идти на Бадагри; от этого места тоже близко до Сокото, а тамошний вождь, расположенный к путешественникам, без сомнения снабдит вас конвоем до границ государства Йоруба . Хаутсон жил в этом краю уже много лет и знал местные нравы и язык, поэтому Клаппертон поехал вместе с ним до Катунги, столицы Йорубы. 29 ноября 1825 года экспедиция высадилась в Бадагри, поднялась по протоке реки Лагос, потом около двух миль по реке Гаци, проходящей по территории Дагомеи, и, переправившись на левый берег, углубилась внутрь страны. Из-за влажности и сильной жары все члены экспедиции тяжело болели лихорадкой. Пирс и Моррисон погибли. Лендера, больного дизентерией, Клаппертон нес на руках, хотя у него самого был жар и повреждена рука результат мужественного поступка, когда он спас жизнь ребенку. Во всех городах, лежавших на пути Клаппертона, его появлению предшествовал странный слух. Везде говорили, будто он прибыл, чтобы установить мир в этом крае, объятом войной, и облагодетельствовать страны, которые изучает. В Чоу караван приветствовал посол султана Йорубы, высланный навстречу вместе с большой свитой. Вскоре путешественники вступили в Катунгу. Множество ветвистых деревьев, растущих в городе и близ него, опоясывают подножие каменистой, сложенной из гранита горы, имеющей в окружности около трех миль. Клаппертон прожил в Катунге с 24 января до 7 марта 1826 года. Он был сердечно принят султаном, у которого попросил разрешения проехать через Ниффе или Толпа, чтобы оттуда добраться до Хаусы и Борну. Область Ниффе разорена гражданской войной, и один из претендентов на трон призвал себе на помощь феллатов, ответил султан, ехать этой дорогой неблагоразумно и лучше направиться через Юри . Клаппертону пришлось подчиниться. Покинув Катунгу, Клаппертон переправился через реку Мусса, приток Куары, и достиг Киамы. Это один из городов, через которые проходят караваны, идущие из Хаусы и Боргу в Ганджу на границе области Ашанти.
В Киаме не менее тридцати тысяч жителей, которых считают первейшими мошенниками во всей Африке. Назвать кого-нибудь уроженцем Боргу все равно, что окрестить его вором и убийцей . Клаппертон направился в сторону Буссы, где погиб Мунго Парк. Экспедиция переправилась через Оли, приток Куары, и вошла в Уауа столицу одной из провинций Боргу, где за четырехугольником городской стены обитают около восемнадцати тысяч жителей. Улицы здесь чисты и широки, а круглые дома увенчаны конической соломенной крышей. Но трудно найти в целом мире город, где бы царило такое всеобщее пьянство. Правитель, жрецы, миряне мужчины и женщины до бесчувствия напиваются пальмовым вином, ромом, который привозят с побережья, и бузой . Этот напиток делается из дурро с прибавкой меда, чилийского перца, корня одной жесткой кормовой травы и определенного количества воды. Население Уауа, говорит Клаппертон, славится своей честностью. Это веселые, доброжелательные и гостеприимные люди. Я не встречал в Африке никого, кто так охотно рассказывал бы о своей стране, как они, и, что совсем удивительно, не видел среди них ни одного нищего. Они утверждают, что ведут свое происхождение не от коренных жителей Боргу, а от выходцев из Хаусы и Ниффе. Их язык является диалектом языка племени Йорубы, но их женщины красивы, чего нельзя сказать об уроженках Йорубы, мужчины сильны и хорошо сложены. Религия их смесь язычества и выродившегося магометанства . Клаппертону принадлежит еще одно ценное наблюдение: вдали от побережья он встречал племена феллатов, бывших еще язычниками, но говоривших на том же языке, что и феллаты-мусульмане, и имевших те же черты лица и тот же цвет кожи. Они, очевидно, были одного происхождения. Бусса, куда наконец добрался путешественник, собственно говоря, не настоящий город это отдельные группы домов на острове, находящемся посреди Куары. Бусса столица области, наиболее густо населенной во всем Боргу. Жители язычники, так же как сам султан, хотя его и звали Мухаммед. Они питались обезьянами, собаками, кошками, крысами, рыбой, говядиной и бараниной. Пока я сидел у султана, говорил Клаппертон, принесли завтрак. Меня тоже угостили. Завтрак состоял из жирной водяной крысы в шкуре, отличного вареного риса, сухой рыбы тушенной в пальмовом масле, крокодиловых яиц, жареных и тушеных, и, наконец, свежей воды из Куары. Я съел немного тушеной рыбы и рису, и все смеялись, как это я даже не попробовал ни крысы, ни крокодиловых яиц . Султан принял путешественника приветливо и сообщил ему, что повелитель Юри уже неделю держит наготове суда, чтобы он мог подняться по реке до столицы.
Клаппертон ответил, что все пути между Борно и Юри закрыты из-за войны, а потому он предпочел бы двигаться через Кульфу и Ниффе. Во время следующего свидания путешественник стал расспрашивать о европейцах, которые двадцать лет назад погибли на Куаре. Клаппертон не получил на свои вопросы прямого ответа. Я был тогда слишком молод, сказал султан, и не знаю точно, как это случилось . На вопрос о бумагах и дневниках Мунго Парка султан ответил, что у него нет ничего и что все бумаги были переданы каким-то ученым. Несколько дней спустя Клаппертон узнал, что у последнего имама феллата по происхождению были какие-то книги и бумаги Мунго Парка. К сожалению, этот имам недавно выехал из Буссы. В Кульфе путешественник наконец получил сведения, не оставлявшие больше сомнений в том, что Мунго Парк был убит. Расставаясь с Боргу, Клаппертон записывает в своем дневнике, что считает несправедливой дурную репутацию местных жителей, которых повсюду называют ворами и разбойниками. Он сам объездил всю страну, путешествовал и охотился с ними один и никогда не мог их ни в чем упрекнуть. Теперь путешественнику надо было попытаться достичь Кано, переправившись через Куару и пройдя области Гуари и Зегзег. Вскоре он прибывает в Табру, на реке Мэй-Ярроу, где жила мать султана области Ниффе. Затем он посещает самого султана в его лагере, находившемся невдалеке от города. По словам Клаппертона, это был невиданно наглый и жадный мошенник: он выпрашивал все, что попадалось ему на глаза, и не унимался, даже получив решительный отказ. Болезнь вынудила Клаппертона задержаться в Кульфе дольше, чем он предполагал. Кульфа торговый город, лежащий на северном берегу реки Мэй-Ярроу. В течение двенадцати лет он подвергался набегам феллатов и за шесть лет дважды горел. Клаппертон присутствовал там на празднике новолуния. В этот день все ходят друг к другу в гости. Женщины заплетают в косы курчавые волосы и красят волосы и брови краской индиго, а ладони и ступни ног хной. Губы красят в желтый цвет, а зубы в красный. Ради праздника они наряжаются в самые красивые и пестрые одежды и надевают украшения. Они пьют бузу наравне с мужчинами, распевают с ними песни и принимают участие в танцах. Покинув область Котонг-Кора, путешественник вскоре очутился в пределах Гуари. Страна, как и вся Хауса, была завоевана феллатами, но после смерти султана Белло I жители восстали, и с тех пор им, несмотря на все усилия феллатов, удается сохранять свою независимость. Достигнув Фатика, Клаппертон оказался на территории Зегзег, подвластной феллатам. Затем он посетил Зарию, своеобразный город, где имеются засеянные просом поля, огороды, густые рощи, болота, лужайки и даже большие дома.
19 сентября Клаппертон прибыл, наконец, в Кано. Султан Белло отнесся к Клаппертону милостиво и послал ему несколько верблюдов и съестных припасов. Но так как султан в это время был занят усмирением восставшей против него области Губер, он не мог немедленно принять путешественника, чтобы обсудить многочисленные вопросы, которые английское правительство поручило тому выяснить. Клаппертон, чье здоровье значительно улучшилось, добрался до Сокото. Таким образом, англичанин связал свой новый маршрут, начавшийся от берегов Гвинейского залива, с предыдущим, проложенным со стороны Средиземного моря. В Магории Клаппертон встретился с султаном. Как только Белло были вручены подарки, он перестал выказывать Клаппертону прежнее дружеское расположение. Вскоре он даже сделал вид, будто получил от шейха Эль-Ханеми письмо, в котором ему предлагали отделаться от путешественника, называли его шпионом и вообще советовали остерегаться англичан, ибо планы Англии сводились к тому, чтобы разузнать все о природных богатствах страны, обосноваться в ней, приобрести сторонников, а затем, воспользовавшись раздорами, поощряемыми самими англичанами, прибрать Хаусу к рукам, как это было с Индией. Препятствия к отъезду, которые чинил Белло, ясно доказывали, что ему очень хотелось присвоить подарки, предназначенные для султана Борну. Через несколько дней к Клаппертону пришли с требованием выдать подарки, предназначенные для Эль-Ханеми. Получив отказ, их просто отняли и унесли. Вы ведете себя по отношению ко мне, как мошенники, вскричал Клаппертон, вы совсем не держите своего слова. Так не делает ни один народ на свете. Лучше бы вы отрубили мне голову, чем так поступать. Впрочем, я думаю, вы и до этого дойдете, когда отберете у меня все . Наконец у него решили отнять оружие и боевые припасы. Клаппертон отказал наотрез. Англичанин провел в Сокото более шести месяцев, не имея возможности ни заниматься исследованием страны, ни вести переговоры, бывшие главной целью его приезда с побережья. 12 марта 1828 года Клаппертон заболел дизентерией, которую ничто не могло остановить. Он быстро слабел. Было время рамадана, и 21-летний слуга Ричард Лендер не мог добиться никакой помощи даже от слуг. Между тем болезнь усиливалась с каждым днем, чему способствовала жара. Клаппертон двадцать дней провел в состоянии полного изнеможения. Почувствовав близость конца, он отдал последние распоряжения своему верному Лендеру и 11 апреля 1827 года скончался у него на руках. Бывший соратник Клаппертона Диксон Денем пережил его на год. В 1828 году желтая лихорадка положила конец его исследованиям в Сьерра-Леоне и на острове Фернандо-По (Биоко).