Было и другое: лучшие качества Феодора Ушакова как воина-христианина, например, его милосердие к пленным, входили в конфликт с интересами государственной власти; сколько сердечной боли должен был испытывать адмирал, которому вышеупомянутый В. С. Томара, называя его "наш добрый и честный Феодор Феодорович", препровождал секретное распоряжение, в коем, "при изъявлении душевного почтения к полезным и славным трудам" адмирала, разъяснялось, "что намерение Высочайшего Двора есть стараться чем можно более раздражить взаимно Порту и Францию; следственно, соблюдая с вашей стороны в рассуждении французов правила войны, вообще принятые, не должно понуждать турков к наблюдению их. Пущай они что хотят делают с французами... а вам обременяться пленными не следует и невозможно". И сколько было случаев, подобных этому!
И наконец, положение самой русской эскадры, которой необходимо было продолжать военные действия против французов, оставалось во многих отношениях тяжелым. Прежде всего, продовольствие, поставляемое турками из Константинополя, было весьма нехорошего качества, да и поставлялось не вовремя; эти "и прочие разные обстоятельства, — писал адмирал, — повергают меня в великое уныние и даже в совершенную болезнь. Изо всей древней истории не знаю и не нахожу я примеров, чтобы когда какой флот мог находиться в отдаленности без всяких снабжений и в такой крайности, в какой мы теперь находимся... Мы не желаем никакого награждения, лишь бы только служители наши, столь верно и ревностно служащие, не были бы больны и не умирали с голоду". Эти его слова, полные скорби и недоумения от происходящего, многого стоят. Что же помогло устоять русским морякам против стольких испытаний? Несомненно, их православный дух, их верность Царю и Отечеству, великий пример главнокомандующего и их всеобщая любовь к нему — "батюшке нашему Феодору Феодоровичу". Он всегда учил своих офицеров: "Запомните непреложное правило, что командир над кораблем почитается защитителем других и отцом всего экипажа".
А между тем миссия его в Средиземном море еще не закончилась. В Северной Италии русские под предводительством славного Суворова громили "непобедимую" армию французов. Суворов просил адмирала Ушакова с юга оказывать ему всемерную поддержку. И вот, находясь в теснейшем взаимодействии, они били французских республиканцев на суше и на море. Два великих сына России — они показали всему миру, что такое русское воинство. Отряды кораблей с десантом стремительными передвижениями по Адриатике и вдоль юго-западных берегов Италии наводили панику на французские гарнизоны. Но и тут не обошлось без козней: интриговали англичане, а их знаменитый контр-адмирал Горацио Нельсон всячески пытался досаждать Ушакову; слава русского флотоводца не давала покоя Нельсону. В переписке с своими друзьями он заявлял, что Ушаков "держит себя так высоко, что это отвратительно". Спокойная учтивость русского адмирала раздражала Нельсона: "Под его вежливой наружностью скрывается медведь..." И наконец, уже с полной откровенностью: "Я ненавижу русских..." Это чувствовал и сам Феодор Феодорович: "Зависть, быть может, против меня действует за Корфу... Что сему причиною? не знаю..." Тем временем русские моряки и десантники взяли город Бари, где отслужили благодарственный молебен у мощей Святителя Николая чудотворца, затем Неаполь и 30 сентября 1799 года вошли в Рим.
Неаполитанский министр Мишуру, бывший при нашем отряде, с изумлением писал адмиралу Ушакову: "В промежуток 20 дней небольшой русский отряд возвратил моему государству две трети королевства. Это еще не всё, войска заставили население обожать их... Вы могли бы их видеть осыпанными ласками и благословениями посреди тысяч жителей, которые назвали их своими благодетелями и братьями... Конечно, не было другого примера подобного события: одни лишь русские войска могли совершить такое чудо. Какая храбрость! Какая дисциплина! Какие кроткие, любезные нравы! Здесь боготворят их, и память о русских останется в нашем отечестве на вечные времена".
Предстояло еще взятие Мальты, но тут на исходе 1799 года адмирал Феодор Ушаков получил приказ Императора Павла I о возвращении вверенной ему эскадры на родину, в Севастополь...
Он еще несколько времени провел на Корфу, готовя эскадру к длительному пути, занимаясь делами местного управления, прощаясь с Островами. Он полюбил греков, и они сторицею платили ему тем же; они видели в нем друга и освободителя. "Безпрестанно слышу я просьбы и жалобы народные, и большей частью от бедных людей, не имеющих пропитания..." — и адмирал, будучи печальником народных нужд, старался с помощью Божией, насколько мог, способствовать улучшению их жизни. Жители Республики Семи Соединенных Островов прощались с адмиралом Феодором Ушаковым и его моряками не скрывая слез, благодаря их и благословляя. Сенат острова Корфу назвал адмирала "освободителем и отцом своим". "Адмирал Ушаков, освободя сии острова геройственною своею рукою, учредив отеческими своими благорасположениями соединение их, образовав нынешнее временное правление, обратил яко знаменитый освободитель все свое попечение на пользу и благоденствие искупленных им народов". На золотом, осыпанном алмазами мече, поднесенном ему, была надпись: "Остров Корфу — адмиралу Ушакову". На золотой медали от жителей острова Итака — "Феодору Ушакову, российских морских сил главному начальнику, мужественному освободителю Итаки". Столь же памятные и дорогие награды были и от других островов. Но адмирал, слишком хорошо уже узнавший превратности высшей политической жизни, покидал Ионические острова с чувством тревоги за их дальнейшую судьбу. На душе его было скорбно...
26 октября 1800 года эскадра адмирала Феодора Ушакова вошла в Севастопольскую бухту.
В ночь на 11 марта 1801 года заговорщиками был убит Император Павел I. На Российский престол взошел его сын Александр I. Политика России менялась. Вскоре адмирал Феодор Ушаков был переведен в Санкт-Петербург. При Дворе возобладало мнение о ненужности большого флота для "сухопутной" России. Тогдашний морской министр высказывался о флоте, что "он есть обременительная роскошь", а другой деятель морского ведомства писал: "России нельзя быть в числе первенствующих морских держав, да в том и не представляется ни пользы, ни надобности". В 1804 году Феодор Феодорович составил подробнейшую записку о своем служении Российскому флоту, в которой подытоживал свою деятельность: "Благодарение Богу, при всех означенных боях с неприятелем и во всю бытность онаго флота под моим начальством на море, сохранением Всевысочайшей Благости ни одно судно из онаго не потеряно и пленными ни один человек из наших служителей неприятелю не достался".
Обострялись болезни, усиливались душевные скорби. Но не забывал адмирал заботиться о ближних своих: в его дом в Петербурге часто приходили за помощью. Одних он снабжал деньгами, одеждой, за других, особо нуждающихся, ходатайствовал перед более имущими господами. Например, переписываясь с известным благотворителем графом Н.П. Шереметевым, построившим в Москве в память своей умершей жены Странноприимный дом, Феодор Феодорович не однажды обращался к нему с просьбами подобного характера: "Зная доброе расположение Ваше к спасительным делам и благодеянию, посылаю к Вашему Сиятельству двух странниц, пришедших из отдаленного края просить позволения о построении храма Божиего и устроении жилищ в пользу увечных и больных. По их бедности я содержу их в своем доме и одел их". Кроме того, он взял на себя покровительство и заботу об осиротевших племянниках.
Продолжая нести службу в должности главного командира Балтийского гребного флота, а кроме того еще и начальника Петербургских флотских команд и председателя квалификационной комиссии "по производству в классные чины шкиперов, подшкиперов, унтер-офицеров и клерков Балтийских и Черноморских портов", образованной при Морском кадетском корпусе, Феодор Ушаков старался и эти обязанности исполнять с ревностью и усердием, как это вообще было ему свойственно в любом деле. С болью следил он за происходившим в Европе: близился к завершению один из этапов франко-русской войны, готовился мир в Тильзите; Император Александр I сделается союзником Наполеона Бонапарта, а Ионические острова будут переданы "зловредным" французам. Феодору Феодоровичу предстояло пережить и это.
19 декабря 1806 года он подал Императору прошение об отставке: "Душевные чувства и скорбь моя, истощившие крепость сил и здоровья, Богу известны — да будет воля Его святая. Все случившееся со мною приемлю с глубочайшим благоговением..." Эти слова, венчающие ратный подвиг, славное и многотрудное служение родному Отечеству, свидетельствуют, что непобедимый адмирал исполнен был смирения и покорности воле Божией, и благодарения Богу за все, — это были чувства истинно христианские.
Отойдя от служебных дел, он некоторое время жил в Санкт-Петербурге, продолжая покровительствовать племянникам, и готовился к переезду на постоянное и уже последнее место своей земной жизни. У него было несколько небольших деревень на родине в Ярославской губернии, был участок земли вблизи Севастополя... Душа адмирала, от младенчества взыскавшая Господа, просила покоя, уединения, молитвы. Он принял решение, исполненное глубокого смысла: он избрал для жительства тихую деревню Алексеевку, в Темниковском уезде, вблизи Санаксарского Рождество-Богородичного монастыря, где в годы его ратных подвигов молился о нем его родной дядя — преподобный Феодор. Несомненно, что молитвенное их общение никогда не прерывалось. Потому и устремилась сюда, к святой обители душа адмирала, что здесь подвизался о Господе и упокоился самый духовно близкий ему человек на земле. Монах и моряк — они оба были воинами Христовыми, оба делали одно дело: ревностно служили Господу — на том поприще, на которое Он их призвал.