10 ноября 1798 года Феодор Ушаков в донесении писал: "Благодарение Всевышнему Богу, мы с соединенными эскадрами, кроме Корфу, все прочие острова от рук зловредных французов освободили". Собрав все силы при Корфу, главнокомандующий начал осуществлять блокаду острова и подготовку к штурму этой мощнейшей в Европе крепости. Блокада, вся тягота которой пала на одну русскую эскадру, проходила в условиях для наших моряков самых неблагоприятных. Прежде всего, последовали значительные перебои с поставкой продовольствия и амуниции, а также и материалов, необходимых для текущего ремонта судов, — все это по договору обязана была делать турецкая сторона, однако сплошь и рядом возникали несоответствия, происходившие от злоупотреблений и нерадения турецких чиновников. Эскадра была "в крайне бедственном состоянии". Турецкие должностные лица, которые обязаны были предоставить в срок десантные войска с албанского берега общим числом до четырнадцати тысяч человек и даже "столько, сколько главнокомандующий от них потребует", в действительности собрали лишь треть обещанного, так что в донесении Государю вице-адмирал Ушаков писал: "Если бы я имел один только полк российского сухопутного войска для десанта, непременно надеялся бы я Корфу взять совокупно вместе с жителями, которые одной только милости просят, чтобы ничьих других войск, кроме наших, к тому не допускать". Помимо неурядиц с союзниками, блокада осложнялась также и упорным сопротивлением французов, да еще и зима в тот год была необыкновенно сурова на юге Европы. "Наши служители, — писал в донесении Ушаков, — от ревности своей и желая угодить мне, оказывали на батареях необыкновенную деятельность: они работали и в дождь, и в мокроту или же обмороженные в грязи, но все терпеливо сносили и с великой ревностию старались". Сам адмирал, поддерживая дух своих моряков, подавал пример неутомимой деятельности. "День и ночь пребывал он на корабле своем в трудах, обучая матросов к высадке, к стрельбе и ко всем действиям сухопутного воина", — писал участник тех событий капитан-лейтенант
Егор Метакса. Наконец, все было готово для штурма, и на общем совете положено было начать его при первом удобном ветре. Войскам дана была боевая инструкция, которую вице-адмирал Феодор Ушаков закончил словами: "...поступать с храбростию, благоразумно и сообразно с законами. Прошу благословения Всевышняго и надеюсь на ревность и усердие господ командующих". Благоприятный ветер подул 18 февраля, и в семь часов пополуночи начался штурм. Первоначально удар был обрушен на остров Видо, с моря прикрывавший главную крепость. В описании Егора Метаксы читаем: "Безпрерывная страшная пальба и гром больших орудий приводили в трепет все окрестности; несчастный островок Видо был можно сказать весь взорван картечами, и не только окопы, прекрасные сады и аллеи не уцелели, не осталось дерева, которое бы не было повреждено сим ужасным железным градом..." В решительных случаях Феодор Ушаков подавал собою пример: так и теперь, сигналом приказавши всем судам продолжать свои действия, сам подошел вплотную к берегу против сильнейшей батареи французов и через короткое время сбил эту батарею, у которой "в печах было множество приготовленных каленых ядер", и она ими палила. "Турецкие же корабли и фрегаты — все были позади нас и не близко к острову; если они и стреляли на оный, то чрез нас, и два ядра в бок моего корабля посадили..." — писал впоследствии адмирал. "Остров усеян был нашими ядрами, сильною канонадою все почти батареи его истреблены и обращены в прах". В то жевремя на флагманском корабле "Святой Павел" был поднят сигнал к высадке десанта, заблаговременно посаженного на гребные суда. Под прикрытием корабельной артиллерии десант утвердился между вражескими батареями и пошел к середине острова. Турки, входившие в состав десанта, озлобленные упорным сопротивлением французов, принялись резать головы всем пленным, попавшимся в их руки. Происходили жестокие сцены, подобные следующей, описанной очевидцем: "Наши офицеры и матросы кинулись вслед за турками, и так как мусульманам за каждую голову выдавалось по червонцу, то наши, видя все свои убеждения не действительными, начали собственными деньгами выкупать пленных. Заметив, что несколько турок окружили молодого француза, один из наших офицеров поспешил к нему в то самое время, когда несчастный развязывал уже галстух, имея перед глазами открытый мешок с отрезанными головами соотечественников. Узнав, что за выкуп требовалось несколько червонцев, но не имея столько при себе, наш офицер отдает туркам свои часы — и голова француза осталась на плечах..." Увещания и угрозы не могли привести турок к послушанию; тогда командир русских десантников составил каре из людей своего отряда, чтобы в середине его укрывать пленных, и тем спасена была жизнь весьма многих. Впоследствии Егор Метакса писал: "Русские и здесь доказали, что истинная храбрость сопряжена всегда с человеколюбием, что победа венчается великодушием, а не жестокостью, и что звание воина и христианина должны быть неразлучны".
К двум часам пополудни остров Видо был взят. На следующий день, 19 февраля 1799 года, пала и крепость Корфу. Это был день великого торжества адмирала Феодора Ушакова, торжества его военного таланта и твердой воли, поддержанных храбростью и искусством его подчиненных, их доверием к своему победоносному предводителю и его уверенностью в их непоколебимое мужество. Это был день торжества русского православного духа и преданности своему Отечеству. Взятый в плен "генерал Пиврон был объят таким ужасом, что за обедом у адмирала не мог удержать ложки от дрожания рук, и признавался, что во всю свою жизнь не видал ужаснейшего дела". Узнав о победе при Корфу, великий русский полководец Суворов воскликнул: "Ура! Русскому флоту! Я теперь говорю сам себе: зачем не был я при Корфу хотя мичманом?"
На другой день после сдачи крепости, когда главнокомандующему привезены были на корабль "Святой Павел" французские флаги, ключи и знамя гарнизона, он сошел на берег, "торжественно встреченный народом, не знавшим границ своей радости и восторга, и отправился в церковь для принесения Господу Богу благодарственного молебствия... Радость греков была неописуема и непритворна. Русские зашли как будто на свою родину. Все казались братьями, многие дети, влекомые матерями на встречу войск наших, целовали руки наших солдат, как бы отцовские. Сии, не зная греческого языка, довольствовались кланяться на все стороны и повторяли: "Здравствуйте, православные!", на что греки отвечали громким "ура!" Тут всякий мог удостовериться, что ничто так не сближает два народа, как вера, и что ни отдаленность, ни время, ни обстоятельства не расторгнут никогда братских уз, существующих между русскими и единоверцами их...
27 марта, в первый день Святой Пасхи, адмирал назначил большое торжество, пригласивши духовенство сделать вынос мощей Угодника Божиего Спиридона Тримифунтского. Народ собрался со всех деревень и с ближних островов. При выносе из церкви святых мощей расставлены были по обеим сторонам пути, по которому пошла процессия, русские войска; гробницу поддерживали сам адмирал, его офицеры и первые чиновные архонты острова; святые мощи обнесены были вокруг крепостных строений, и в это время отовсюду производилась ружейная и пушечная пальба... Всю ночь народ ликовал".
Император Павел I за победу при Корфу произвел Феодора Ушакова в адмиралы. Это была последняя награда, полученная им от своих государей.
Воздав благодарение Богу, Феодор Феодорович продолжил выполнение возложенных на него задач. Требовалось образовать на освобожденных островах новую государственность, и адмирал Ушаков, как полномочный представитель России, не поступаясь своими христианскими убеждениями, сумел создать на Ионических островах такую форму правления, которая обеспечила всему народу "мир, тишину и спокойствие". "Люди всех сословий и наций, — обращался он к жителям островов, — чтите властное предназначение человечности. Да прекратятся раздоры, да умолкнет дух вендетты, да воцарится мир, добрый порядок и общее согласие!.." Феодор Ушаков, будучи верным слугой Царю и Отечеству, ревностно отстаивал интересы России, и в то же время как христианин, как человек "доброты необыкновенной", он движим был искренним желанием дать греческому населению — друзьям России, единоверцам, недавним соратникам в освобождении островов "от зловредных и безбожных французов" — спокойствие и благополучие. Так образовалась Республика Семи Соединенных Островов — первое греческое национальное государство нового времени. Феодор Ушаков, показавший здесь себя великим сыном России, говорил впоследствии, что "имел счастие освобождать оные острова от неприятелей, установлять правительства и содержать в них мир, согласие, тишину и спокойствие..."
В то же время, попущением Божиим, пришлось Феодору Феодоровичу претерпеть великие нравственные страдания. Прежде всего, некоторые турецкие военноначальники, разгневанные строгими мерами русского адмирала, решительно пресекавшего жестокости и кощунства турок, грабивших церкви и разорявших иконостасы, начали клеветать на Феодора Ушакова, обвиняя его перед русским посланником в Константинополе Томарой в том, что адмирал-де неправильно распределяет между союзными эскадрами призовые, полученные за победу, к тому же присваивая их себе... Честный и нестяжательный Феодор Феодорович должен был объясняться. Со скорбью писал он посланнику: "Я не интересовался нигде ни одной полушкою и не имею надобности; Всемилостивейший Государь мой Император и Его Султанское Величество снабдили меня достаточно на малые мои издержки. Я не живу роскошно, потому и не имею ни в чем нужды, и еще уделяю бедным, и для привлечения разных людей, которые помогают нам усердием своим в военных делах. Я не имею этой низости, как злословит меня капудан-паша..." И в другом письме: "Все сокровища в свете меня не обольстят, и я ничего не желаю и ничего не ищу от моего малолетства; верен Государю и Отечеству, и один рубль, от Монаршей руки полученный, почитаю превосходнейше всякой драгоценности, неправильно нажитой".