Не менее памятны С.М. Бекову и тяжелые бои в уезде Хугьяни в сентябре того же года. Тогда душманы согласились на переговоры. В кишлак Кигалу ушла группа сотрудников ХАДа - 67 человек во главе с Мирвайсом, одним из преданных революции офицеров. Через 3 дня пришло известие, что вся группа, хорошо вооруженная, на бронетехнике перешла на сторону противника. Никто не мог в это поверить. Была подготовлена и проведена войсковая операция, которая длилась почти 2 недели. После того как передовой группе, в которой находился и советник ЦК КПСС С.М. Беков, удалось пробиться в кишлак, она обнаружила тела истерзанных душманами афганских чекистов: все 67 человек были захвачены врасплох предательским путем и перебиты бандой Хайрмамада. Хотя спасти никого не удалось, всем им было возвращено доброе имя.
Впоследствии С.М. Бекову еще не раз доводилось участвовать в боевых операциях на территории Афганистана. Это и ликвидации душманских баз "Маруль-гад" и "Милава", и бои в Кунаре, Каме, Хугьяни, и сотни километров разбитых, нашпигованных противотанковыми минами афганских дорог...
"Каждый из нас - "афганцев" в памяти хранит лики своих друзей - живых и погибших, - говорит Беков. - Иногда я, в прошлом партийный работник, думаю, что, если я живым вернулся из Афганистана, то, наверное, больше всего благодаря друзьям и особенно - "вымпеловцам". Это они многократно спасали меня от смерти, своевременно поставляя информацию о положении в стане противника, о возможных засадах в "зеленке", о лучшем времени для полета на границу в пуштунские племена, выходе на войсковые операции".
Самые дружеские отношения за годы командировок в Афганистан, по словам С.М. Бекова, сложились у него с группами "Каскад", которые возглавляли С.С. Шестов, В.Н. Кириченко, В.Н. Коршунов, командирами войсковых соединений С.Г. Оздоевым, Ю.Т. Старовым, летчиками вертолетного полка, а также генералами А.И. Овчинниковым, Н.А. Моисеевым, О.И. Ляшенко, B.C. Ушаковым, командиром Группы "Вымпел" капитаном 1 ранга Э.Г. Козловым, подполковником А.Н. Листопадом и многими другими. "Я прожил вместе с ними в Афганистане долгие годы, - вспоминает Сергей Мажитович. - Прошли годы, судьба разбросала нас, но их любовь к Отчизне, честность и преданность Родине, мужской дружбе навсегда остались во мне. Искренняя мужская благодарность им за это".
Весной 1990 года С.М. Беков был назначен председателем Совета Министров республики, а летом 1990 года его избирают делегатом XXVIII съезда КПСС.
Партийный съезд имел огромное значение и для С.М. Бекова. В условиях проводившейся тогда политики гласности в обсуждении наболевших проблем общества у него, руководителя высокого ранга, появлялся шанс открыто заявить о тех проблемах, на решении которых ингушский народ настаивал уже не один десяток лет, - о восстановлении своей автономии в полном объеме и возвращении незаконно отторгнутых территорий. Вместе с тем у руководства СССР появлялась возможность поставить наконец точку в реабилитации депортированных в прошлом народов, принять в отношении них справедливое решение и снять таким образом накопившееся в этом вопросе напряжение.
5 июля 1990 года съезд партии работал по секциям, чтобы углубленно рассмотреть основные направления политики КПСС, проекты важнейших документов. Секция "Национальная политика КПСС" провела свое заседание в Свердловском зале Кремля. В ее работе принял участие и С.М. Беков. Впервые на таком уровне со всей прямотой он вновь поставил судьбоносный не только для ингушей, но и для каждого репрессированного народа вопрос, разрешение которого могло создать реальную почву для социально-экономического, политического и культурного прогресса наций.
За полгода до съезда при активном участии С.М. Бекова Верховным Советом СССР уже была принята Декларация, в которой были признаны незаконными и преступными акты переселения народов. После XXVIII съезда КПСС он активно включился в разработку Закона "О реабилитации репрессированных народов", а после его принятия на протяжении года принимал непосредственное участие в мирном разводе Чечено-Ингушской АССР и образовании новой Республики Ингушетии.
После распада Советского Союза руководство Российской Федерации направило С.М. Бекова на совершенно новое для него поприще, присвоив ему звание государственного советника 3-го ранга и назначив на должность заместителя председателя Государственного Таможенного Комитета. Ему было поручено курировать управление организации таможенного контроля. Он принимал непосредственное участие в становлении Российской таможенной службы и организации таможенного контроля в России. С января 1992 года и по 2000 год являлся членом Коллегии ГТК РФ, в 1997-1998 годах работал представителем при Таможенной службе Казахстана, а с 1998 и до выхода в отставку в ноябре 1999 года - начальником Управления организации таможенной службы. Был сопредседателем Российско-китайской комиссии по определению пунктов пропуска на российско-китайской границе. За эти годы под руководством С.М. Бекова была создана современная система пунктов пропуска на российской границе (в том числе на границе с Китаем, Украиной, Эстонией, Азербайджаном, Грузией, Казахстаном и на Сахалине), сеть таможенных постов и таможен в различных городах и регионах страны (в Красноярске, Иваново, Костроме, Республике Коми, Кировской области и многих других). Были сформированы также многие имеющиеся в настоящее время управления таможенной службы.
Работая в Государственном Таможенном Комитете РФ, С.М. Беков широко использовал опыт, накопленный им за время работы председателем Совета Министров Чечено-Ингушской АССР. "Создавая практически с нуля таможенную систему страны, - говорит Сергей Мажитович, - надо было быть и экономистом, и политиком, и общественным деятелем, и дипломатом, так как требовалось учитывать целый комплекс хозяйственных, политических, национальных и исторических проблем".
Большой заслугой С.М. Бекова является оснащение российской таможенной службы новой системой оперативной передачи информации, которая во многом способствовала усилению таможенного контроля. При нем активно изучался и внедрялся опыт зарубежных стран (США, Японии, Китая и других) в этой области.
В последние годы генерал-полковник таможенной службы С.М. Беков продолжает активную политическую и общественную деятельность, часто выступает на различных международных форумах по проблемам экономики и таможенного регулирования в нашей стране. В 1999 году он принимал участие в выборах в Государственную Думу по федеральному списку движения "Отечество - Вся Россия". После ухода в отставку был избран вице-президентом Российского Союза промышленников и предпринимателей, курируя вопросы таможенного регулирования и налогового законодательства в России, а также вопросы Ассоциации "Северный Кавказ" и Черноморского экономического сообщества. В апреле 2001 года он избран членом Совета Федерации Федерального Собрания РФ от Республики Ингушетия. В настоящее время является председателем подкомитета по таможенно-тарифному регулированию и внешнеэкономической деятельности Комитета по бюджету Совета Федерации.
С.М. Беков награжден орденом Трудового Красного Знамени, двумя орденами "Знак Почета", орденами Красной Звезды, Дружбы, афганскими орденами Красного Знамени и Дружбы, а также 8 медалями. Он отмечен званием "Почетный таможенник Российской Федерации", Благодарностью Президента России (1996), а также Почетными Грамотами Правительства России (1994) и Государственной Думы Федерального Собрания РФ (1995).
Живет и работает в Москве.