Четыре месяца, до конца февраля 1989 г., В.Н.Лобов находился вне исполнения служебных обязанностей. В феврале 1989 г. он совместным решением глав государств-участниц Варшавского договора и решением Политбюро ЦК КПСС вновь назначается первым заместителем начальника Генерального штаба Вооруженных Сил СССР и начальником штаба Объединенных вооруженных сил Варшавского договора. В этом качестве он застал уже шедший развал политических структур стран-членов СЭВ, неустойчивое положение их первых руководителей, с которыми ему по штату приходилось постоянно общаться, бесконечную чехарду со сменой и назначениями министров обороны и начальников главных и генеральных штабов вооруженных сил Чехословакии, Венгрии, Румынии, Болгарии, ГДР, Польши.
Стремительный развал Варшавского договора происходил на глазах В.Н.Лобова и завершился в октябре 1990 г. на заседании Политического консультативного совета, состав которого был абсолютно обновленным к этому времени. Президентом Чехословакии В.Гавелом было внесено предложение не обсуждать по Варшавскому договору никаких вопросов и принять лишь одно решение - Варшавский договор ликвидировать. Выступившие затем руководители стран-участниц реагировали на это предложение вяло. Только представитель Румынии был активно против. Выступивший на заседании М.С.Горбачев за 30 минут своей речи ни словом не обмолвился о Варшавском договоре, видимо дав понять, таким образом, что он разделяет позицию В.Гавела.
Уже через три месяца, в марте 1991 г., на заседании Министров обороны и Министров иностранных дел в Будапеште был подписан документ, ликвидирующий военную структуру Варшавского договора, которая долгие годы была единственным противовесом НАТО. От СССР документ подписали Д.Т.Язов и Бессмертных. По прибытии в Москву В.Н.Лобову предстояло расформировать штаб и управление Главкомата Вооруженных Сил Варшавского Договора, отправлять генералов и офицеров с семьями домой в свои государства, притом стараясь сделать все для сохранения дружественных отношений и воинского братства. Все это проходило через души и сердца всех, в том числе и В.Н.Лобова.
Некоторое время В.Н.Лобов провел в госпитале: сказались перегрузки. Однажды прямо из госпиталя он был вызван к М.С.Горбачеву, где ему в присутствии Д.Т.Язова было сделано предложение возглавить Академию им.Фрунзе. Это было в июле 1991 г.
Молчаливо согласившись на это назначение, приняв Академию, В.Н.Лобов отправился в Дом отдыха в Германию на реабилитацию. Именно там по радио он узнал о создании ГКЧП. Немедленно вернувшись в Москву на свое новое рабочее место, он провел несколько суток в здании и в учебном центре Академии, где его застал звонок от маршала авиации Е.И.Шапошникова: "Подъезжай. - Куда? - В министерство обороны". Через несколько часов генерал армии В.Н.Лобов получает официальное распоряжение возглавить Генеральный штаб Вооруженных Сил СССР.
Ситуация, сложившаяся в августе 1991 г., была встречена в войсках весьма напряженно. Требовались немедленные усилия, чтобы не допустить неадекватной реакции армии на эти события. Нужно было принять необходимые меры по обеспечению ядерной безопасности, установить личный контакт с командующими округов, обеспечить все необходимые действия, которые полагаются в экстремальной обстановке на посту начальника Генштаба. М.С.Горбачев напомнил ему о задаче, которую ставил по военной реформе. В конце сентября ее концепция была доложена на Коллегии Министерства обороны. Были подготовлены, а затем согласованы со всеми членами Государственного совета целый ряд шагов по реальному реформированию армии: повышено денежное содержание военнослужащим; для кандидатов и докторов военных наук, профессоров вводились надбавки, которые до сих пор получают почти 15 тысяч военных-ученых; обоснована необходимость сокращения службы в армии до 1,5 лет. Соответствующие документы были подписаны у Президента СССР. Был подготовлен и 12 ноября 1991 г. подписан М.С.Горбачевым Указ о создании Стратегических сил сдерживания. (Из-за безволия и беспринципности некоторых должностных лиц этот Указ не был выполнен, и только в 1998 г. в приказе Министра обороны РФ И.Д.Сергеева воссозданы и исполнены идеи этого Указа).
Однако политическое противостояние в стране усиливалось, оно, конечно, влияло на руководящий состав Вооруженных Сил.
Время шло, события в стране стремительно набирали оборот. К руководству Вооруженными Силами пришли новые люди. Были заменены все заместители Министра обороны и начальника Генерального штаба, менялись главкомы и командующие войсками округов. В.Лобов почувствовал к себе определенную прохладность. Понимал, что то, что должно быть от него взято в это трудное время, уже взято. Сожалел лишь о том, что ушли и уходят из Вооруженных Сил страны достойнейшие и высококвалифицированные люди, что не удалось до конца претворить в жизнь задуманное и отработанное, в том числе и по военной реформе.
В.Н.Лобов уволился из Вооруженных Сил и стал заниматься общественной деятельностью. Ныне он - председатель общественной комиссии "Память народная" Международной Ассоциации Фондов мира, член Правления Российской ассоциации международных связей.
В.Н.Лобов награжден орденами Красного Знамени (1988 г.), Кутузова II степени (1981 г.), Красной Звезды (1969 г.), "За службу Родине в Вооруженных силах" II и III степеней (1975, 1985 гг.), Дружбы, а также двумя Серебряными медалями РАЕН ("Петра Великого" и "Вернадского"). Он - кандидат исторических наук (1985 г.), доктор военных наук (1988 г.), профессор, действительный член Российской Академии естественных наук (с 1991 г.) В.Н.Лобов - автор десятка книг и монографий, в том числе: "Искусство военной хитрости" (1983 г.), "Ставка на хитрость" (1984 г.), "Информация в экономическом противоборстве систем" (1985 г.), "Военная хитрость в истории войн" (1987 г.), "Место и роль информации" (1987 г.), "Воспитание чести и достоинства в Российской армии" (1988 г.), "Военная реформа: связь времен" (1991 г.), "Военная хитрость" (1992 г.), "Военная хитрость и внезапность". Опубликовал более 200 статей и рецензий, наиболее важными из них являются: "О военной реформе" (в журналах "Военная мысль", "Военно-исторический журнал", "Вестник ПВО", "Коммунист"), "О соотношении внезапности и неожиданности" (в журнале "Военная мысль"), "От государственной доктрины к военной" ("Независимая газета", 1998 г.).
В.Н.Лобов женат. Жена - Валентина Федоровна, педагог. Имеет сына, дочь и трех внуков. В свободное время любит читать, слушать классическую и народную музыку. Любит театр, прогулки на природе.
Живет и работает в г.Москве.