По завершении маневров в конце октября 1981 г. В.Н.Лобов получил приказ: срочно убыть в город Ленинград, прибыть к командующему войсками ЛенВО и ждать звонка от Министра обороны. Когда он явился в кабинет генерала армии М.И.Сорокина и доложил о прибытии, услышал в ответ: "Ты зачем приехал?" У военных бывает всякое, но обстановка была более чем своеобразная. Вскоре раздался звонок Министра обороны, который переговорив с М.И.Сорокиным, объявил генерал-лейтенанту В.Н.Лобову: "Вы назначаетесь первым заместителем командующего войсками Ленинградского военного округа. Имейте в виду, что 7 ноября состоится парад войск округа. Вам этим парадом командовать". Это было 29 октября. Командующий к тому же вызывался в Москву, и нужно было оставаться и за него. Ночью того же дня В.Н.Лобов уже проводил тренировку парадорасчета на Дворцовой площади. 7 ноября состоялся парад войск Ленинградского гарнизона. Поистине, неисповедимы пути Господни. Оказалось, что службу на новой должности на новом месте можно начинать и с парадов!
Затем начались будни, а значит исключительно напряженная работа, связанная прежде всего с перевооружением соединений на новейшие виды техники и вооружения. Приходилось дневать и ночевать в дивизиях, многократно бывать на заводах, которые производили военную технику. Две трети времени генерал проводил в войсках. Он должен был обеспечить высокий уровень подготовки войск, боеготовность гарнизонов, стоящих в Мурманске, Архангельске, Печенге и т.д. На его долю выпало строительство и обустройство общевойсковых полигонов, масса других хлопот, порой казалось бы далеких от военной специфики, например, строительство спортивных сооружений, курирование спорта и хоккейной команды, которой руководили тогда знаменитые советские хоккеисты Б.Михайлов и В.Петров.
В трудах и заботах пролетело три с лишним года. В июне 1984 г. В.Н.Лобова вызывают в Москву, где он получает новое назначение - принять командование войсками Среднеазиатского военного округа. Ему было подчеркнуто особое значение округа для обороноспособности страны, его соседство с Афганистаном, где в то время шли боевые действия. Войска округа дислоцировались на территории трех республик - Казахской, Киргизской и Таджикской, - необходимо было учитывать определенные, специфические особенности каждой из них, а также особое отношение руководителя Казахстана - Кунаева, - как члена Политбюро ЦК КПСС, с высшим политическим руководством Кремля.
Округ, которым предстояло командовать В.Н.Лобову, был особым на территории Советского Союза. На его долю приходилось около 5 тысяч км границы с Афганистаном и Китаем. В нем сочетались диаметрально противоположные климатические условия: от субтропиков в Таджикистане до лютых холодов Северного Казахстана, горные хребты Памира, Тянь-Шаня, Алатау и пустыня Кара-Кум. На территории округа находились сложнейшие военные объекты: Семипалатинский атомный полигон, Байконур, ряд других центров, где испытывались новейшее оружие и техника, проводились серьезные научные исследования. Здесь проходили подготовку солдаты и офицеры, которым нужно было принять участие в военных действиях в Афганистане, что оказывало не малое влияние на деятельность командующего войсками. В те годы школу округа прошли генералы Богданов, Дубынин, Барынкин, Квашнин, ставшие видными военачальниками.
Значительная специфика работы командующего определялась тем, что ему в своей практической работе приходилось постоянно сталкиваться и взаимодействовать с политическим руководством Казахской, Киргизской и Таджикской республик. Так, в 1986 г. в его жизнь вошли драматические алма-атинские события. Происходила смена руководства в республиках. С уходом члена Политбюро ЦК КПСС Кунаева и назначением на должность первого секретаря ЦК Компартии Г.Н.Колбина возникла весьма острая ситуация, которая могла перерасти в серьезный региональный кризис. В период этих событий у В.Н.Лобова сработало сформированное жизнью и службой железное правило: несмотря ни на какие трудности, сложности и нажим, какими бы они не были, принимать решения самостоятельно. За свое собственное решение должен отвечать сам, без ссылки на авторитеты, руководство, тем более, что под твоим началом десятки тысяч вооруженных людей, современная техника.
Случилось так, что в тот момент, когда события в Алма-Ате стали стремительно развиваться, В.Н.Лобов был в одном из дальних гарнизонов. Раздался звонок от имени первого секретаря ЦК компартии республики с просьбой срочно прибыть в Алма-Ату. Такая просьба встревожила командующего, и 170 км по отнюдь не простым дорогам В.Н.Лобов проскочил за неполных полтора часа. Когда он въехал в Алма-Ату, ничто не предвещало каких-либо чрезвычайных событий. Проехав через весь город, а это было позднее вечернее время, командующий увидел на центральной площади города толпу, в которой было примерно от 7 до 10 тысяч человек. Здание ЦК Компартии республики было абсолютно темным. Свет был выключен, и, когда генерал поднялся в кабинет, где заседало руководство Казахстана, он обнаружил в заметном волнении, его сидящим при свечах. Лишь двое высших руководителей республики, председатель Совета министров Назарбаев и секретарь ЦК Н.А.Давлетова, находились на площади.
В Алма-Ату прилетела делегация из Москвы, которую возглавлял член Политбюро ЦК КПСС Соломенцев. Статус делегации был весьма высок, в нее входили секретари ЦК КПСС и первые заместители руководителей всех силовых ведомств страны. Когда В.Н.Лобов прибыл в кабинет первого секретаря, в котором он неоднократно бывал у Кунаева, оказалось, что в этом кабинете сидит комиссия в полном составе и Н.Г.Колбин. Один из прибывших, не смущаясь в выражениях, с лету набросился на В.Н.Лобова, призывая его немедленно поднять войска, чтобы подавить беспорядки. Это же требование в весьма категоричной форме подтвердил и Н.Г.Колбин. В.Н.Лобов, стараясь сохранить спокойствие, сказал, что не видит оснований для использования войск. Н.Г.Колбин, как ни в чем не бывало, набрал телефон М.С.Горбачева и практически сразу отдал трубку командующему округом. В ответ на вопрос Генерального секретаря - "Что у вас происходит?" - спокойно доложил, что на границах с Афганистаном и Китаем обстановка спокойная, внешней угрозы нет, войска округа находятся в повседневной готовности. Он также доложил, что на площади собралась толпа молодежи, но он не видит необходимости вмешиваться военным в эти события, да к тому же, другими ведомствами пока еще ничего не предпринято. Доложил также, что усилил, на всякий случай, охрану оружия, техники и военных городков.
После этого доклада, который завершился словами М.С.Горбачева "Вам на месте виднее", позицию В.Н.Лобова активно поддержал первый заместитель председателя КГБ СССР Генерал армии Ф.Д.Бобков. Все другие члены комиссии промолчали. В.Н.Лобов отправился на площадь, где принял участие в дискуссиях с демонстрантами и понял главное - они, демонстранты, не хотят, чтобы республикой руководил "присланный", а хотят своего, казахстанского. События завершились в целом миром, однако командующему войсками округа пришлось испытать на себе предвзятость сверху и домыслы со стороны. Жизнь расставила все по свои местам, и все это теперь уже история...
В январе 1987 г. В.Н.Лобов получил очередной срочный вызов в Москву. Оказалось, что его вызывают к М.С.Горбачеву. По прибытии, он был незамедлительно принят. Генеральный секретарь был весьма раздражен, подчеркивая мысль о том, что страна перестраивается, а армия нет, что начальник Генерального штаба Маршал Советского Союза Ахромеев болеет и что нужно укреплять руководство Генштаба. "Вы человек молодой, у вас есть войсковой опыт, мы будем рекомендовать вас первым заместителем начальника Генерального штаба. Осматривайтесь, входите в курс дела. Работа будет большая и трудная. Пришла пора пересматривать военную доктрину и реформировать военную систему.Займитесь подготовкой всего этого, помня, что время торопит. Сейчас мы вас утвердим на Политбюро, потом назначим начальником Генштаба". Через час В.Н.Лобов был утвержден на Политбюро.
После сдачи дел в Алма-Ате, В.Н.Лобов приступил к исполнению своих новых обязанностей. Через некоторое время, когда он окунулся вглубь сложнейших хитросплетений, задач, которые ставились и решались в Генштабе, ему показалось, что его округ, который совсем недавно казался огромным, вдруг оказался почти песчинкой на фоне тех стратегических, геополитических проблем, которые встали перед ним в новой должности. А задачи были чрезвычайно сложные. Так, генерал в полном объеме столкнулся с ликвидации последствий Чернобыльской катастрофой. Ему пришлось возглавлять рабочую группу так называемой "пятерки", которая готовила предложения по принятию государственных и международных решений, в организации вывода войск из Афганистана и многое другое. В то же время, в 1987-1988 гг., он, памятуя наказ М.С.Горбачева, готовил предложения по военной реформе. В 1988 г. произошло назначение на должность Министра обороны СССР Д.Т.Язова. Новое руководство Минобороны при молчаливом согласии руководства ЦК КПСС приняло решение вывести В.Н.Лобова за штат.