В начале 1900 гг. Святейшим Синодом Толстой был отлучен его от православной церкви.
В последнее десятилетие жизни писатель работал над повестью "Хаджи-Мурат" (1896— 1904), в которой стремился сопоставить "два полюса властного абсолютизма" — европейский, олицетворяемый Николаем I, и азиатский, олицетворяемый Шамилем. В это же время Толстой создает одну из лучших своих пьес — "Живой труп". Ее герой — добрейшей души, мягкий, совестливый Федя Протасов уходит из семьи, рвет отношения с привычной ему средой, попадает на "дно" и в здании суда, не вынеся лжи, притворства, фарисейства "добропорядочных" людей, выстрелом в себя из пистолета сводит счеты с жизнью. Остро прозвучала написанная в 1908 г. статья "Не могу молчать", в которой он протестовал против репрессий над участниками событий 1905–1907 гг. К этому же периоду относятся рассказы писателя "После бала", "За что?".
Тяготясь укладом жизни в Ясной Поляне, Толстой не раз собирался и долго не решался ее покинуть. Но жить по принципу "вместе-врозь" уже не мог и в ночь на 28 октября (10 ноября) тайно покинул Ясную Поляну. По дороге он заболел воспалением легких и вынужден был сделать остановку на маленькой станции Астапово (ныне Лев Толстой), где и умер. 10(23) ноября 1910 г. писателя похоронили в Ясной Поляне, в лесу, на краю оврага, где в детстве он вместе с братом искал "зеленую палочку", хранившую "секрет", как сделать всех людей счастливыми.