Союзники не простили Колчаку его твердости и неуступчивости в отстаивании русских национальных интересов. Только с согласия Жанена чехословацкий корпус мог в самый отчаянный момент перекрыть железнодорожную магистраль Новониколаевск — Иркутск, единственную артерию, связывавшую тыл с фронтом. И в руки иркутского эсеровского Политцентра (место которого вскоре занял большевистский ревком) чехословацкий конвой передал сложившего с себя 6 января 1920 года все полномочия адмирала тоже не без их интриг.
Он был расстрелян в 4 часа утра 7 февраля 1920 года, на берегу притока Ангары реки Ушаковки. По приговору ревкома, но без суда.
Участь его решило архисекретное распоряжение Ленина: «Не распространяйте никаких вестей о Колчаке, не печатайте ровно ничего, а после занятия нами Иркутска пришлите строго официальную телеграмму с разъяснениями, что местные власти поступили так (убили адмирала. — А. П.) под влиянием угрозы Каппеля и опасности белогвардейских заговоров в Иркутске».
Он отказался завязать глаза повязкой и перед смертью подарил свой серебряный портсигар одному из бойцов расстрельной команды.