Так или иначе, именно Голицын явился инициатором первой беспрецедентной аудиенции Фотия с Александром I. Она произошла 5 июня 1822 г. Аудиенции этой придавали большое значение, как Голицын, так и митрополит Серафим. Беседа шла "о делах веры и церкви", «злых тайных обществах». 1 августа 1822 г. в Александр I издал рескрипт министру внутренних дел В.П. Кочубею о запрещении масонских лож и тайных обществ на территории Российской империи. Эту меру традиционно связывают с внушениями, сделанными Фотием Александру I во время аудиенции.
21 августа 1822 г. Фотий был назначен архимандритом древнейшего в России первоклассного Юрьева монастыря, который был одной из древнейших русских обителей, основанных в 1030 г. Однако, к 1822 г. он находился в ветхом состоянии, братия его была малочисленна. С приходом Фотия все изменилось, монастырь стремительно обновлялся, поскольку А.А. Орлова-Чесменская жертвовала на монастырь гигантские деньги. Кроме того, Фотию удалось добиться значительной правительственной субсидии на восстановление монастыря. В этот период про Фотия и Орлову распространяют грязные сплетни, которые, к сожалению, нашли свое отражение в непристойных эпиграммах Пушкина.
В 1823 г. происходит знакомство Фотия с М.Л. Магницким, который к тому времени окончательно утвердился в Православии и стал активным участником православной оппозиции. В следующем году ее участники «переходят в наступление», что нашло выражение в «деле Госснера», которое послужило одним из поводов к отставке Голицына. Пастор И.-Е. Госнер был активным деятелем Библейского общества, вызывавшим особенное отторжение у православной оппозиции. Его книга «Евангелие от Матфея» была при попустительстве Голицына пропущена цензурой в мае 1823 г. В ней он обрушивался на обряды Христианской Церкви, объявлял их греховными, критиковал духовенство, как посредника между Богом и человеком. Главное же - в книге содержался открытый призыв к христианам не повиноваться властям, преследующим «истинных» христиан. В марте 1824 г. листы книги Госснера были выкрадены из типографии по распоряжению обер-полицмейстера и переданы Серафиму, написавшему опровержение на нее, которое было отправлено Александру I.
12 апреля 1824 г. Фотий, который был вызван еще в феврале митрополитом Серафимом в Петербург, посылает императору письма, под названием «Пароль тайных обществ или тайные замыслы в книге «Воззвание к человекам о поледовании внутреннему влечению Духа Христова» и «О революции через Госнера, проповедываемой среди столицы всем в слуху явно уже», в которых содержался разбор книги Госснера и некоторых других мистических изданий. Архимандрит писал царю: ІБог любит церковь нашу, тебя - царя и народ<...>а поэтому<...>открываю: можно весь план (составленный для свержения самодержавия и уничтожения православной церкви - ред.) разрушить.<...>Граф Аракчеев все может исполнить, он верен, - и об нем мне открыто в виденииІ. Фотий настаивал на том, чтобы Александр I отдалил от себя Р. А. Кошелева и А.Н. Голицына, ликвидировал Библейское общество и министерство духовных дел и народного просвещения, передал Св. Синоду надзор за просвещением, запретил все секты и прекратил издание мистической литературы. Слова об А.А. Аракчееве были не случайны, к этому моменту он направлял действия православной оппозиции в нужное русло.
Таким образом, Фотий первым отправил царю послания, в котором обличалась вся та политика в религиозной сфере, которую Александр I проводил в течение почти всего своего царствования. Для этого требовалась горячая вера и незаурядное мужество, поскольку такого рода обличения могли закончиться для обличителя опалой и ссылкой. Однако царь прислушался к Фотию и отказал во встречах Р.А. Кошелеву. 17 апреля 1824 г. состоялась многочасовая встреча Александра I c митрополитом Серафимом, в ходе которой владыка повторил основные требования православной оппозиции, уже сформулированные в вышеупомянутом письме Фотия. 20 апреля Фотий был тайно вызван к императору и еще раз повторил свои обличения. Очевидно, что увещевания Фотия и Серафима сыграли определяющую роль в дальнейших событиях. 22 апреля Комитет Министров по докладу А.С. Шишкова, который действовал «параллельно» с деятелями Церкви, осудил книгу Госснера и отдал распоряжение о начале следствия над теми лицами, которые были виновны в ее издании. 25 апреля были изданы два указа: о высылке Госснера из России и о новом порядке цензуры, согласно которому не Голицын, а митрополит Серафим определял судьбу книг духовного содержания.
Попытка Голицына запугать Фотия, которому он направил угрожающее письмо, привели к тому, что 25 апреля 1825 г. в доме Орловой-Чесменской, Фотий предал анафеме князя, за оскорбление Церкви и Государя. Фотий вторично сильно рисковал, посколько право предавать кого-либо анафеме принадлежало лишь св. Синоду и он, таким образом, мог стать жертвой уголовного преследования. Однако Фотий лишь получил высочайший выговор, который последовал спустя почти два месяца, 14 июня, во время личной аудиенции у Александра I, когда Голицын уже потерял важнейшие посты.
Став главным действующим лицом православной оппозиции, Фотий направил Александру I еще несколько посланий, в которых обвинял в разрушительной деятельности тайные общества, прежде всего иллюминатов, и настаивал на осуществлении ранее сформулированных требований православной оппозиции («План разорения России и способ оный план уничтожить тихо и счастливо» [29 апреля 1824 г.], “План революции, обнародованный тайно, или тайна беззакония в книге “Победная повесть” [7 мая 1824 г.], “Обозрение плана революции, или тайны беззакония, деемой ныне в России и везде”, “ Число зверино в Апокалипсисе 666”, “О действиях тайных обществ на Россию через Библейское общество”[14 июня 1824 г.], “Открытие заговора под звериным апокалипсическим числом 666 и о влиянии Англии под тем предлогом на Россию”, “О революции под именем тысячелетнего царствия Христова, готовой в 1836 году в России через влияние тайных обществ” [6 августа 1824 г.], “Дабы взять решительные меры к прекращению революции, готовимой в тайне” [7 августа 1824 г.] ).
15 мая 1824 г. князь Голицын был отстранен от должности министра духовных дел и народного просвещения, а само министерство было упразднено. Руководители Библейского общества лишились своих постов. Во главе министерства народного просвещения и главноуправляющим духовными делами иностранных вероисповеданий стал А.С. Шишков, православная часть отошла к синодальному обер-прокурору, а доклады Синода теперь должны были представляться через Аракчеева. 17 мая 1824 г. Александр I подписал рескрипт о сложении Голицыным звания президента Библейского Общества, на этом посту его сменил митрополит Серафим, который был назначен главным цензором всех сочинений и переводов, издаваемых на русском языке. За Голицыным оставался лишь пост главноуправляющего над почтовым департаментом.
Таким образом, реальная власть в сфере конфессиональных отношений, просвещения и цензуры перешла к представителям православной оппозиции. В дальнейшем именно их позиция оказала определяющее влияние на выбор политики в сфере образования и религии в царствование Николая I. Решающую роль в этих событиях сыграл архимандрит Фотий.
Последним деянием Фотия в последние годы царствования Александра I было участие, наряду с А.А. Аракчеевым, А.С.Шишковым и митрополитом Серафимом, в следствии по делу секты донского есаула Е.Н. Котельникова, появление которой было вызвано пропагандой Библейского общества. Секта была ликвидирована, а ее создатель закончил свои дни в Соловецком монастыре.
В царствование Николая I Фотий, выполнив свою миссию по защите Православия и Православной Церкви, сходит с общественной сцены и уединяется в Юрьевом монастыре. На первых порах новый монарх оказывал Фотию свое расположение. 6 февраля 1826 г. он объявил благодарность Фотию и разрешил ему писать лично государю обо всем в любое время. 12 апреля 1826 г. Николай I ликвидировал Российское Библейское Общество по представлению митрополитов Серафима и Евгения. Однако по его же повелению, «дело Госснера» было прекращено а его участники оправданы. Кроме того, с политической сцены были удалены ведущие фигуры православной оппозиции – А.А. Аракчеев, М.Л. Магницкий и др.
В 1827 г. император дал согласие на то, чтобы архимандрит Фотий пожизненно оставался настоятелем Юрьева монастыря. После утраты влияния Фотия на царя, после его сошествия с вынужденной для него политической сцены, его противники взяли над ним своего рода реванш, распространяя потоки клеветы, представляя его развратником, лжецом и лицемером, исказили и «демонизировали» в глазах большинства современников образ архимандрита. В глазах власти и общества Фотий был скомпрометирован. Сам Фотий не придавал грязным сплетням значения, положив все свои силы на восстановление Юрьева монастыря и введние монастырских правил по образцам древнего благочестия. Он ввел в монастыре общежитийный устав, предполагавший у братии общую трапезу и одежду, возродил древнее «столповое» пение, исцелял бесноватых, ввел хитоны в качестве монашеского одеяния. При этом Фотий еще более ужесточил к себе требования монашеской аскезы: наряду с ношением власяницы и вериг он подолгу уединялся в особом скиту, где проводил время в молитвенных подвигах рядом с приготовленным гробом, юродствовал, накладывал на себя обет молчания, не принимал пищи во время поста и т.д. Такого рода подвиги были необычными уже в то время.