Еще до его второй, царицынской, катастрофы у архитектора появились новые друзья, помогавшие преодолевать душевную смуту и отчаяние. Это были масоны, члены религиозно-нравственного общества, проповедовавшие духовное самосовершенствование и благотворительность, склонные к мистике и таинственным обрядам. ''Баженов был издавна знаком с наследником престола Павлом Петровичем и, приезжая в Петербург, передавал ему напечатанные в Москве масонские книги. Подозрительная Екатерина обвинила масонов в том, что они хотят "уловить" наследника в свою секту, подчинить себе. Это было государственное преступление. Больше всех пострадал Николай Новиков, журналист и издатель, принявший когда-то Баженова в масонский орден. Самого архитектора не тронули, но работы для него у царицы больше не нашлось.
Конечно, Василий Иванович выполнял не только царские заказы, но о них мы, к сожалению, знаем гораздо меньше: бумаги зодчего и большинства его заказчиков не сохранились. Достаточно достоверно известно, что в 1780-х годах Баженов построил дом для богача П.Е. Пашкова. Дворец красуется на высоком холме против Московского Кремля (теперь это старое здание Российской государственной библиотеки). Между тем задача у архитектора была сложная: участок неровный, с одной стороны круто уходящий под гору, а с другой — резко сужающийся. Однако его неудобства Баженов сумел превратить в достоинства: поставил в узком конце нарядные ворота, сквозь которые открывается вид на дом, фасад же широко развернул на кромке холма над спускающимся к городу садом — решение, не случайно перекликающееся с проектом перестройки Кремля.
В 1792 году Баженову пришлось перебраться в Петербург, на скромную должность архитектора при Адмиралтействе. Он строит теперь, главным образом в Кронштадте, казармы, сухарный завод, лесные сараи, причем часто не по своим, а по старым, много раз использованным чертежам — следовало пуще всего беречь казенные деньги, а художественные качества таких построек адмиралтейских чиновников вовсе не интересовали. Потому они и не приняли последний большой проект архитектора — реконструкцию после пожара галерной гавани на Васильевском острове в Петербурге: он был "весьма обширен и великолепен", значит, дорог...
В 1796 году умерла Екатерина II. Давний покровитель Баженова Павел стал императором. Василий Иванович тут же получил от него важный чин и деревню с крепостными — тысячу душ. Перед ним вновь открывались обширные творческие возможности... Не поздно ли? Есть ли у него прежние силы для великих замыслов? Ничего подобного кремлевской перестройке или Царицыну он уже не создаст.
В начале 1799 года император сделал архитектору еще один подарок: назначил его вицепрезидентом Академии художеств — на должность, которую ввели специально для Баженова. Так победителем возвратился он в свою Академию, которая отвергла его более 30 лет назад.
И силы вернулись! Шестидесятилетний вицепрезидент горел желанием обновить одряхлевшую Академию, улучшить воспитание молодых художников, отыскать таланты. Но времени для этого у него, как оказалось, уже не было. Летом 1799 года Баженова разбил паралич, и 2 августа он умер.
Остались дом Пашкова, недостроенные здания в Царицыне, кронштадтские сараи, еще кое-какие усадьбы, но кто их автор, уже вскоре будет забыто и впоследствии станет предметом догадок и поисков. Сохранились разрозненные чертежи неосуществленных проектов. Уцелела и громадная модель Кремлевского дворца, величественная, хоть и уменьшенная почти в 50 раз... Немного. Но все равно имя Баженова — одно из самых ярких в русской архитектуре, благодаря размаху замыслов, свободе, силе и своеобразию его творческой фантазии.