Строительство фонтана на Пулковой горе предполагалось закончить в том же 1807 г. Эту дату можно видеть на главном фасаде. Однако окончание строительства произошло двумя годами позже. Согласно архивным документам 18 июня 1809 г. "архитекторам Воронихину и Томону за сооружение на горе Пулковой фонтана" были "пожалованы перстни ценою каждый по семьсот рублей".
В фондах Государственного музея истории Санкт-Петербурга хранится картина неизвестного художника, на которой представлена Царскосельская дорога и фонтан-грот вскоре после его сооружения.
Из неосуществленных градостроительных замыслов Воронихина значительный интерес представляет проект татарского подворья. В сущности это архитектурный ансамбль, задуманный с большим размахом на достаточно обширной территории.
Наряду со свойственными классицизму принципами построения фасада Воронихин широко использовал национальные мотивы, что заметно выделило бы весь ансамбль на фоне прилегающей застройки. В центре композиции, построенной на игре разновеликих архитектурных объемов, предполагалось, видимо, поместить мечеть, а по сторонам — службы и комнаты для приезжих. Татарское подворье должны были соорудить в Петербурге на углу набережной реки Фонтанки и Измайловского проспекта, близ усадьбы поэта Державина. Этот факт был установлен архитектором Л. Г. Ивановой в результате архивных изысканий.
В начале XIX в. Воронихин выполнял работы в Фонтанном доме графа Шереметева (наб. р. Фонтанки, 34). Построен он был еще в середине XVIII в. и связан с именами выдающихся архитекторов прошлого — С. И. Чевакинского и Федора Аргунова — крепостного архитектора графов Шереметевых. Дворец со времени его строительства до 1918 г. находился во владении представителей того же графского рода, поэтому государственные архивы содержат о нем очень скупые сведения. Основным документом, подтверждающим участие Воронихина в его перестройке, является план, по которому можно судить, что архитектор в незначительной степени перепланировал интерьеры и установил новые печи и камины. В наибольшей степени реконструкция коснулась центральной части: колонный портик он предлагал застроить, превратив его в вестибюль частично реконструированной им парадной лестницы.
Еще выше, на Фонтанке, 18, сохранился дом князя А. Н. Голицына — сравнительно небольшое трехэтажное здание, отмеченное со стороны реки четырехколонным портиком. Среди чертежей Воронихина, хранящихся в фондах Научно-исследовательского музея Академии художеств, имеются чертежи фасада и плана дома Голицына. Однако изучавший их профессор Г. Г. Гримм предполагал, что они копийные, а Воронихину принадлежит лишь проект устройства церкви в этом доме, что, впрочем, спорно,— не исключено и его авторство в самом доме.
Церковь представляла собой небольшое прямоугольное в плане и крытое кирпичным коробовым сводом помещение, расположенное в верхнем этаже. Оно не имело окон, и свет в него попадал через расположенный вверху световой фонарь. В центре одной из поперечных стен помещалась дверь, а напротив находился иконостас. Церковь, устроенная в 1812 г., была посвящена Святой Троице.
Выдающимся произведением Воронихина явилось здание Горного кадетского корпуса — первого высшего инженерного учебного заведения Петербурга. Его сооружение велось параллельно со строительством Казанского собора, но в более короткие сроки — с 1806 по 1809 г.
Многочисленны работы Воронихина в пригородах Петербурга. Кроме Петергофа и Пулкова он выполнял проекты для Стрельны, Павловска и Гатчины, особенно же много — для Павловска.
В начале 1803 г. во время пожара выгорели интерьеры центрального корпуса Павловского дворца. Его владелица императрица Мария Федоровна поручила восстановление здания Воронихину, назначенному главным архитектором Павловска. Выбор ее не был случайным: в 1802 г. Воронихин отделывал в Зимнем дворце, на половине Марии Федоровны, интерьеры, располагавшиеся на втором этаже центральной части южного корпуса, выходящего на Дворцовую площадь.
При восстановлении Павловского дворца Воронихин вносит изменения в отделку основных парадных помещений. В центральном Итальянском зале по рисункам архитектора были выполнены кариатиды второго яруса, фигуры орлов на верхнем карнизе, обработка купольного перекрытия кессонами с лепными розетками. В Греческом зале по замыслу Воронихина на перекрытии появилась орнаментальная роспись, имитирующая купол. В залах Войны и Мира по проекту Андрея Никифоровича вместо прежних живописных плафонов были устроены кессонированные своды, а в люнетах размещены барельефы. В первом этаже Воронихин создал, пожалуй, самый поэтичный интерьер дворца — кабинет "Фонарик" с двумя кариатидами, поддерживающими арку, которая отделяет светлую часть помещения, раскрытую в Собственный садик.
Рисунки и акварели архитектора с изображением мебели, драпировок, осветительных приборов, ваз, курильниц свидетельствуют о высоком мастерстве Воронихина-рисовальщика. Выполнены они в свободной живописной манере и с удивительной точностью передают формы предметов и свойства материала, из которого предполагалось изготовить то или иное произведение. Так, в 1803 г. по его рисункам был выполнен туалетный прибор с большим красивым зеркалом "в число подарков для Ея Величества королевы прусской".
До последних лет жизни Воронихин работал в области прикладного искусства. В архивных документах содержатся сведения о том, что в 1812 г. ему были выплачены деньги "за сделанные им для Е.ГО Величества два походных иконостаса и за модели для серебряного туалета".
Андрей Никифорович являлся также превосходным мастером садово-парковой архитектуры. Эта грань его таланта с особой силой раскрылась в Павловском парке, где он продолжал трудиться почти до конца своих дней. Для Павловского парка Воронихин проектировал мосты, беседки, павильоны, памятники, ворота.
Из осуществленных работ Воронихина наибольший интерес представлял перестроенный им в 1807—1812 гг. Розовый павильон, для которого он спроектировал также мебель. Павильон был выстроен деревянным с имитацией фасадов под каменную кладку и живописными панно, выполненными однотонной живописью в технике гризайль, создававшей иллюзию скульптурных барельефов. Завершенный небольшим куполом легкий и изящный Розовый павильон стоял на берегу пруда в искусственно созданном окружении из розовых кустов.
Во время второй мировой войны павильон сгорел. В настоящее время он восстановлен, правда не в дереве, а в камне.
Воронихин являлся участником конкурса на проект памятника-мавзолея Павлу I в Павловске. Кроме Воронихина свои проекты представили архитекторы А. Д. Захаров, Ж. Ф. Тома де Томон и Пьетро Гонзага, более известный как художник-декоратор. Победителем оказался Тома де Томон. По его проекту в Павловском парке был сооружен мавзолей в виде небольшого греческого античного храма с четырехколонным портиком со стороны главного фасада. Воронихин, как главный архитектор Павловска, принимал деятельное участие в его создании.
В отличие от Тома де Томона Воронихин предлагал иную композицию — в виде круглого в плане храма, наподобие римского Пантеона, но не с одним, а с четырьмя портиками. Наиболее развитый главный портик должен был отмечать вход в интерьер с символическим каменным надгробием.
Из утилитарных построек для Павловска интересен проект оранжереи с центрально расположенным остекленным купольным павильоном, такими же прозрачными крыльями и фланкирующими их небольшими боковыми пристройками.
Среди других работ, выполненных Воронихиным для Павловского парка, следует отметить мост через реку Славянку около Пиль-башни. Небольшой пологий арочный мост хорошо вписался в уже сложившийся архитектурно-художественный ансамбль.
Известно, что Воронихин принимал участие в работах по переделке интерьеров Гатчинского дворца, однако документы, конкретизирующие эти работы, до сих пор не найдены. По сохранившемуся проекту перестройки угловой части Конюшенного каре, где находились комнаты императрицы, можно заключить, что Воронихин в незначительной степени касался их перепланировки и в основном перекладывал печи и камины.
Наряду с А. Д. Захаровым Воронихин разрабатывал проекты Гатчинского сельского воспитательного дома, предложив несколько вариантов. При этом Воронихин исходил из одной и той же архитектурной схемы: центрально расположенное здание церкви объединено с диагонально ориентированными жилыми и учебными корпусами, образующими два симметричных относительно церкви каре. В одном случае центр композиции Воронихин акцентировал изогнутой по дуге колоннадой и спроектированным на всю ширину церкви куполом, в другом — скромно отметил шестиколонным портиком, чем добился большей слитности всех архитектурных объемов.
Малоизученной стороной деятельности архитектора остаются его работы в качестве реставратора. Сохранился документ 1809 г., согласно которому Воронихин реставрировал Румянцевский обелиск, воздвигнутый по проекту В. Бренны в 1799 г. на Марсовом поле у Невы, и памятник А. В. Суворову работы скульптора М. И. Козловского, сооруженный там же, но ближе к Мойке.
Ко времени реставрации памятников многие бронзовые детали исчезли или были повреждены. Воронихин выполнил рисунки "повредившихся или утратившихся бронзовых украшений", а мастер Академии художеств В. П. Екимов, отливавший ранее статую Суворова, изготовил в бронзе недостающие детали.
Свою проектную и строительную деятельность Воронихин сочетал с педагогической работой. Воспитанники Академии художеств проходили практику на строительстве Казанского собора и Торного кадетского корпуса. С 11 декабря 1802 г. Андрей Никифорович профессор, а 23 сентября 1811 г. определен старшим профессором архитектуры, сменив на этом посту автора Адмиралтейства А. Д. Захарова.
Став профессором Академии художеств, Воронихин получил право на академическую квартиру. Предоставленный ему небольшой деревянный дом, располагавшийся когда-то в академическом садике со стороны 3й линии Васильевского острова, на месте мозаичной мастерской, архитектор полностью перестроил по собственному проекту, оборудовав в нем свою мастерскую. Работы начались в 1808 г. и были закончены в следующем году. В академическом доме Воронихин жил до конца своих дней.
Движимый патриотическими чувствами, вызванными событиями 1812—1814 гг., он создает проекты храма-памятника и триумфальной колонны из трофейных французских пушек. Но они так и остались на бумаге. 21 февраля 1814 г. Андрей Никифорович внезапно скончался. Похоронили его на Старолазаревском кладбище Александро-Невской лавры. На могиле был поставлен памятник в виде колонны. Ствол ее пересекает каменный руст, на котором высечен барельеф с изображением Казанского собора.
Воронихин навсегда остался в памяти народной не только как выдающийся зодчий и талантливый строитель-практик, прокладывавший новые пути в развитии русской архитектуры. Его произведения помогают воспитанию чувств высокой гражданственности, патриотизма и любви к Родине, которой Андрей Никифорович отдал все свои силы и незаурядный талант.