Полтавський краєзнавчо-історичний музей своїми багатющими колекціями і вдалим розміщенням експонатів, особливо етнографічних, посідав одне з перших місць в нашій країні і перевершував ряд західноєвропейських музеїв. У перші роки Радянської влади музей пережив період блискучого розквіту. Але в середині 20-х років його вирішили перетворити з наукового в "загальноосвітній, соціальний". Загинуло багато експонатів під час їх перенесення, переміщення; етнографічні матеріали були звалені в одну купу, розмонтовувалися колекції. Мали намір частину їх роздати іншим музеям і школам. На чолі музею були поставлені неосвічені, некваліфіковані люди. Музей припинив видавати наукові праці і вибув з ряду наукових установ. Ненормальний стан Полтавського музею був темою обговорення двох краєзнавчих з'їздів - у Москві та Харкові - і викликав занепокоєння вченого світу Росії та України.
Вернадський вживав енергійних заходів, щоб врятувати музей. До цієї роботи він хотів залучити Академію наук СРСР і Академію наук УРСР. Він звернувся до Агатангела Кримського як до неодмінного секретаря Академії наук УРСР і свого близького друга: "Пишу кілька слів, щоб просити Вас допомогти науковому існуванню Полтавського музею. Що може зробити Українська Академія? Чи можна допомогти як-небудь виступом звідси?" "Це найцінніше зібрання на Україні,- запевняв Вернадський.- Зібрання музею, окрім місцевого значення, має і величезне загальне значення, зокрема зібрання палеолітичних знахідок - частини колишньої Лубенської колекції Скаржинських і нових розкопок". Він попереджав, "що усе може загинути - і безповоротно - не через злий намір, а через невігластво".
Наприкінці 30-х років у Вернадського виникла думка опублікувати свою археологічну роботу молодих років про Гонцівську стоянку. У 1939 році він просив Полтавський музей дати для зняття копії рукописів статті та інших поміток, які він свого часу віддав музею. Він намагався розшукати, щоправда, марно, свою археологічну карту. За деякими відомостями карта була вивезена за кордон.
Слід відзначити, що Вернадський, працюючи у Москві і Петербурзі, виїжджаючи майже щороку за кордон у наукові відрядження, протягом майже 30 років, з 1889 року незмінне проводив хоча б частину літа з родиною в Полтаві, а з 1913 року - на дачі біля Шишаків у Полтавській губернії. Природа Полтавщини завжди чарувала вченого. Він писав у своїх спогадах: "Влітку (1889-1918 рр.), за винятком майже Щорічних поїздок за кордон і польової роботи з мінералогії, ми жили в Полтаві і Полтавській губернії, де жили батьки моєї дружини і де в мене був маленький хутірець на Пслі біля Шишак".
Поселились Вернадські в Шишаках у 1913 році, спочатку наймали дачу, згодом, у травні цього ж року, купили поруч ділянку землі на лівому березі річки Псла, на так званій Бутовій горі, і почали спорудження будинку. Це була дуже мальовнича місцевість: з високого берега відкривався краєвид на ліс, зелені луки, стрімкі урвища із сліпучим білим піском, глибоку річку з чистою водою; проглядалися Великі Сорочинці, що знаходились у 25 верстах. Будинок споруджувався жителем села Шишаки Яковом Сердюком у староукраїнському стилі за проектом видатного українського архітектора Василя Кричевського, у півтора поверхи з закрученими дерев'яними колонами - ідея дружини Вернадського.
Влітку 1914 р. Вернадські в'їхали в дім, хоча будівництво не було завершено. Будинок мав 11 кімнат: три - внизу, сім - на головному поверсі, одна - в мезоніні.
Поблизу дачі знаходились природні могили, які в Шишаках звалися "кобилами". Праворуч від будинку, ближче до річки, стояла могила, поросла травою і мала назву "Бутова кобила". Володимир Вернадський говорив, що ця цілина - рідкість і флористична цінність.
На дачі Вернадських завжди було людно. Приїздили пожити друзі - відомі вчені із Москви і Петербурга з сім'ями. Відвідував Шишаки і видатний письменник Володимир Короленко - троюрідний брат ученого. У Шишаках, як завжди, Володимир Вернадський багато працював. Особливо творче піднесення він пережив влітку 1916 і 1917 років. Перебування у Шишаках влітку 1917 р. було півторамісячним періодом інтенсивної творчої праці на лоні полтавської природи. За свідченням вченого, саме на Полтавщині почали складатися у нього в систему ідеї двох нових наук - геохімії і біогеохімії, а також вчення про живу речовину, творцем яких був Вернадський.
"У Шишаках на Кобилі,- писав Вернадський,- в лісі, як і в минулому році, я працював з великим піднесенням. Я хотів цим часом скористатися, щоб спокійно накидати думки, що склалися в мене про біогеохімію і геохімію. Я з'ясував для себе основні поняття біогеохімії, різку відмінність біосфери від інших оболонок Землі, основне значення в ній розмноження живої речовини.
Я розпочав писати з великим натхненням, з широким планом викладу". Йдеться про книгу, яка оповідала про роль живих істот у теологічній історії Землі. Пізніше цій книжці буде дана назва "Жива речовина" - ("Живое вещество"), а писати він продовжив її у Полтаві, Києві, Криму, Петрограді.
Вернадський повідомляв дружині 19, 21 липня 1917 р.:
"Гуляю, броджу, дуже багато думаю і читаю. Зараз головною роботою є накреслення давніх моїх роздумів і думок про живу речовину з геохімічної точки зору. Мені хочеться зв'язно викласти - скільки зможу без книг, виписок (залишив у Петрограді) і підрахунків - мої думки. Над ними думаю і до них повертаюся десятки років. Викладаю так, що подальша обробка може піти прямо і точно. Зараз вже написав більше 40 сторінок, і, думаю, перед від'їздом закінчу. Безсумнівно, тут у мене багато нового і багато дещо нового відкривається при обробці; підходжу до нових завдань і питань.
Так чи інакше, я ясно відчуваю, що треба було це зробити, оскільки це результат усієї моєї давньої наукової роботи.
Я все ж таки думаю, що я недаремно систематично накидаю свою роботу - ясно, - що коли я її остаточно оброблю і закінчу - буде книга".
Після від'їзду до Петрограду і кількамісячного перебування там з кінця 1917 р. до середини 1918 р. Вернадський знову живе у Полтаві. У складній, важкій і тривожній обстановці громадянської війни він віддає всі сили науці, інтенсивному дослідженню біогеохімічних проблем, написанню книги про живу речовину.
Напружену творчу роботу Вернадський поєднував з дослідженнями на полтавському дослідницькому полі та з науково-організаційною і науково-популяризаторською діяльністю. У Полтаві він заснував Товариство любителів природи, розробив програму Товариства.
Треба, взагалі, відзначити, що Вернадський науково-творчу і науково-організаційну роботу поєднував з науково-громадською, просвітницькою працею. Вченого обрали дійсним і почесним членом багатьох наукових і громадських товариств, зокрема й українських: Українського наукового товариства (Київ), Полтавського товариства "Просвіта", Наукового товариства імені Т. Г. Шевченка (Львів), Товариства дослідних наук при Харківському університеті, Волинського наукового товариства. Він був членом "Комітету по упорядкуванні Шевченківських свят у Москві". Цей Комітет організував до 50-річчя з дня смерті Тараса Шевченка в 1911 р. у Москві виставку мистецьких робіт Кобзаря і урочистий вечір, присвячений його пам'яті.
Володимир Вернадський дуже любив Київ. За все своє життя він кілька разів відвідував місто, а у 1918-1919 роках жив і працював у Києві, що було періодом створення і першого року діяльності Академії наук Української РСР. Вернадський відіграв провідну роль в організації Української Академії наук і був її першим президентом.
Його справедливо називають найбільшим організатором науки нашого часу. Вернадський виявив і проаналізував провідні тенденції розвитку науки, на багато десятиріч вперед визначив найбільш перспективні форми наукової діяльності, а головне - вказав шляхи дальших пошуків. Водночас він був організатором осередків наукової творчості. Його науково-організаторська діяльність особливо активно розвинулась протягом 1918-1941 років, він був ініціатором і - в більшості - керівником понад 20 наукових установ різного типу, які перетворилися у великі дослідницькі центри світового масштабу.
Особливо яскраво науково-організаційний талант Вернадського проявився в період заснування Української Академії наук, яку він створював у складних умовах громадянської війни.
Вернадський очолив Комісію по створенню Української Академії наук. Комісію по вищих наукових закладах і Тимчасовий комітет по заснуванню Бібліотеки при Академії наук у Києві. (Тепер Центральна наукова бібліотека Академії наук України імені В.І. Вернадського).
Поставивши собі за мету об'єднати наукові сили навколо майбутньої Академії наук, Вернадський залучив до роботи комісії визначних українських і російських вчених з різних спеціальностей, котрих він знав по науковій і громадській роботі, передусім професорів Київського та Харківського університетів і Київського політехнічного інституту.
Погоджуючись взяти на себе виконання такого відповідального і складного завдання, "я був дуже захоплений можливістю створення Української Академії наук",- згадував він. Вернадський виходив з принципових переконань. У листі до А. Кримського, в якому він запрошував вченого взяти участь у створенні Української Академії наук, Вернадський писав: "Особисто я вважаю важливою цю установу з точки зору українського відродження, що, як Ви знаєте, завжди було мені дороге, і з точки зору загальнолюдської - створення такого великого науково-дослідницького центру".
Статут Української Академії наук був здобутком великої групи вчених. Однак Вернадському належить головна і керівна роль у створенні його проекту. Міцною теоретичною основою новоствореної Української Академії наук стали сформульовані Вернадським патріотичні, загальнолюдські і гуманістичні ідейні принципи, втілені в статуті. Ці положення про завдання, напрямок роботи та структуру Академії наук України - першої із національних академій нашої країни, визначені Вернадським, стали основоположними для всіх республіканських академій СРСР.