Після відкриття Гарвея ще залишалося неясним, як кров переходить яз артерій у вени, але Гарвей пророчив існування між ними невидимих оком анастомозів, що і було підтверджено пізніше Марчелло Мальпігії (1628-1694), коли був винайдений мікроскоп і виникла мікроскопічна анатомія. Мальпигии зробив багато відкриттів в області мікроскопічної будівлі шкіри, селезінки, бруньки і ряду інших органів. Вивчивши анатомію рослин, Мальпигии розширив положення Гарвея «усяка тварина з яйця» у положення «усе живе з яйця». Мальпигии з'явився тим, хто відкрив передвіщені Гарвеем капіляри. Однак він думав, що кров з артеріальних капілярів попадає спочатку в «проміжні простори» і лише потім у капіляри венозні. Тільки А.М.Шумлянский (1748-1795), що вивчив будівлю бруньок, довів відсутність міфічних «проміжних просторів» і наявність прямого зв'язку між артеріальними і венозними капілярами. Таким чином, А.М.Шумлянский уперше довів, що кровоносна система замкнута, і цим остаточно «замкнув» коло кровообігу. Тому відкриття кровообігу мало значення не тільки для анатомії і фізіології, але і для всієї біології і медицини. Воно ознаменувало нову еру: кінець схоластичної медицини і початок наукової медицини.
У XIX столітті стала зміцнюватися діалектична ідея розвитку, роблячи переворот у біології і медицині і ставшая цілому навчанні, що поклало початок еволюційної морфології. Так, член Російської Академії наук К.Ф.Вольф (1733-1794) довів, що в процесі ембриогенеза, органи виникають і розвиваються заново. Тому в противагу теорії преформізму, відповідно до якого всі органи існують у зменшеному виді в половій клітці, він висунув теорію епигенеза. Французький натураліст Ж.Б.Ламарк (1774-1828) у своєму творі «Філософія зоології» (1809) одним з перших висловив ідею еволюції організму під впливом навколишнього середовища. Продовжувач ембріологічних досліджень К.Ф.Вольфа російський академік К.М.Бер (1792-1876) відкрив яйцеклітину ссавців і людини, установив головні закони індивідуального розвитку організмів (онтогенезу), що лежать в основі сучасної ембріології, і створив навчання про зародкові листки. Ця дослідження створили йому славу батька ембріології. Англійський учений Чарльз Дарвін (1809-1882) у своєму добутку «Походження видів»» (1859) довів єдність тваринного світу.
Ембріологічні дослідження А.О.Ковалевського, а також К.М.Бера, Мюллера, Ч.Дарвіна і Геккеля знайшли своє вираження в так називаному біогенетичному законі («онтогенез повторює філогенез»). Останній був заглиблений і виправлений А.Н.Северцовим, що довів вплив факторів зовнішнього середовища на будову тіла тварин і, застосувавши еволюційне навчання до анатомії, з'явився творцем еволюційної морфології.
Після Водохрещення Русі й в епоху феодалізму, разом із православ'ям поширилася і візантійська культура, медицина розвивалася в монастирях, при яких духівництво засновувало лікарні (монастирська медицина). Знання, якими користалися медики того часу – це відкриття античної науки. Анатомія і фізіологія для перших російських лікарів були викладені в трактаті невідомого автора під заголовком «Арістотелеві проблеми», а також у коментарях ігумена Бєлозерського монастиря Кирила за назвою «Галиново на Иппократа», а анатомічна термінологія — у творі Іоанна Болгарського «Шестоднев».
У феодальній Росії В 1620 р. було засновано медичне управління - Аптекарський Наказ, а при ньому в 1654 р. перша медична школа. Анатомія в цій школі викладалася по керівництву Везалія «Про будову людського тіла».
На початку XVIII ст. у Росії почалася епоха Петра I. Він сам дуже цікавився анатомією, який навчався під час своїх поїздок у Голландію, у знаменитого анатома Рюиша. У нього ж він придбав колекцію анатомічних препаратів, що, разом із зібраними по указі Петра виродками («монстрами») послужило підставою для створення в Петербурзі першого природничонаукового музею - «Кунсткамери натуральних речей» (музей природних рідкостей). Частина цих препаратів збереглася і дотепер. У 1706 р. у Москві була створена перша лікарська школа, який керував доктор Микола Бидлоо. Його праця «Наставляння для вивчаючих хірургію в анатомічному театрі», був основним підручником для вивчення анатомії в подібних школах.
У 1725 р. у Петербурзі була створена Російська академія наук, у якій був закладений міцний фундамент для розвитку анатомії. В Академії наук працювали геніальний росіяни вчений і основоположник природознавства в Росії М.В.Ломоносов. Він призивав до вивчення анатомії шляхом спостереження і тим самим указав правильну перспективу її розвитку. Він оцінив також значення мікроскопа для вивчення невидимих оком структур.
Учень і вихованець М.В.Ломоносова А.П.Протасов був першим російським академіком-анатомом, після якого і почався бурхливий розвиток цієї науки в Росії. Розвитку анатомії сприяли й інші послідовники М.В.Ломоно-сова: К.И.Щепин, що першим стала викладати анатомію російською мовою, М.И.Шеин - автор першого російського анатомічного атласу «Syllabus» (1744) і один із творців російської анатомічної номенклатури Н.М.Максимович-Амбодик, що склав перший російський словник анатомічних термінів за назвою «Анатомо-фізіологічний словник на російській, латинській і французькій мовах» (1783), С.Г.Зібелін і його праця «Слово про будову тіла людського».
У XVIII ст. почали закладатися основи мікроскопічної анатомії, що зв'язано в Росії з ім'ям А.М.Шумлянського (1748-1795). А.М.Шумлянський завершив правильне представлення про кровообіг, тому його ім'я повинне стояти в одному ряді з іменами Гарвея і Мальпігі.
На рубежі ХVІІІ і XIX ст..., 1798 р., була заснована Санкт-Петербурзька медико-хірургічна академія. Створену в Академії єдину кафедру анатомії і фізіології, очолив П.А.Загорський (1764-1846), що написав перший підручник анатомії російською мовою «Скорочена чи анатомія керівництво до дізнання будівлі людського тіла на користь тих, хто навчався лікарській науці» (1802) і створив першу російську анатомічну школу. На честь його була вибита золота медаль і заснована премія його імені.
Завдяки діяльності Н.І.Пирогова, медицина взагалі й анатомія зокрема, зробили гігантський стрибок у своєму розвитку. Н.И.Пирогов (1810-1881) домігся величезних успіхів у розвитку хірургічної анатомії. Світову славу йому створило твір «Хірургічна анатомія артеріальних стовбурів і фасций» (1837). Він ввів в анатомію новий метод дослідження — послідовні розпили заморожених трупів («крижана анатомія») і на підставі цього методу написала «Повний курс прикладної анатомії людського тіла» (1843-1848) і атлас «Топографічна анатомія, ілюстрована розрізами, проведеними через заморожене тіло людини в трьох напрямках» (1851-1859). Це були перші посібники з топографічній анатомії. Уся діяльність Н. И. Пирогова склала епоху в розвитку медицини й анатомії.