К началу XIX века многие постройки сильно обветшали.
Пожар 1825 года довершил разрушения. Сгорели покрытия стен и башен, церквей и собора, трапезной и корпусов, пострадали многие деревянные постройки монастырских дворов. Монастырские власти были вынуждены начать работы по перестройке и ремонту зданий, которые продолжались до 80-х годов XIX века. Следуя требованиям реакционной верхушки духовенства, новые настоятели ревностно насаждали в Иверском монастыре показное благолепие. Под видом ремонта все старые здания перестраивались по образцам царившей тогда моды. Проводились мероприятия и противоаварийного порядка, например устройство контрфорсов у колокольни, Братского корпуса и другие. В основном все строительные работы сводились к изменению планировки, надстройке дополнительных этажей, к добавлению новых незначительных пристроек и удалению с фасадов всего нарядного убранства, которое придавало зданиям неповторимый, запоминающийся образ. Под топорами и молотками новых строителей с благословения «ревнителей благочестия» погибли изразцовые «ковры» на фасадах Настоятельского корпуса, богатый убор колокольни, красивые наличники в окнах трапезной, церкви Якова Боровичского, Казначейского корпуса и других зданий. Исчезли все изразцовые печи, узорные полы, многие своды, черепичные крыши, перекраивались нарядные крыльца, огромные залы перегораживались на отдельные небольшие комнаты, закладывались оконные проемы, и вместо них прорубались новые. Здания получали стандартные покрытия, однообразные фасады.
В Валдае в 20—40-х годах XIX века архитектор Александр Харулин разработал проекты перестроек почти всех монастырских зданий и проекты новых построек в западной части комплекса. Почти все его предложения были воплощены в жизнь.
Во второй половине XIX века в юго-западной части монастыря был возведен большой Странноприимный корпус. Одноэтажное здание в средней части имело обширную светелку, торцовые стены которой были каменными, а боковые — деревянными. Из-за слабых грунтов и плохих фундаментов постройка подверглась сильному разрушению.
В XIX столетии ремонтировалась и достраивалась монастырская ограда. Для возведения новых зданий строительный материал нередко брали из старых построек. Так, окончательно погибла огромная северная часть трапезной, были уничтожены все переходы на стенах с южной стороны монастыря. На северо-западном и юго-западном углах ограды появились две новые каменные башни — плохие копии ранних башен.
После победы Великого Октября удельные, церковные, монастырские и помещичьи земли Валдайского уезда были переданы земельным комитетам для распределения их нуждающимся.
Враждебно относясь к Советской власти, монахи усиленно вели контрреволюционную агитацию среди жителей Валдая. Используя тяжелое положение с продовольствием, они готовили почву к открытому выступлению. 15 июля 1918 года, когда специальный отряд Валдайского исполкома приступил к реквизиции хлебных излишков, монахи ударили в набат. Это был сигнал к контрреволюционному выступлению. Местные купцы, церковники и часть поддавшихся их влиянию горожан начали громить оружейные склады, В городе было объявлено военное положение.
Монахи пытались скрыть драгоценности, хранившиеся в ризнице, наиболее ценные украшения с икон. Среди найденных чекистами вещей оказались серебряные ризы с Иверской и других икон, много золотых крестов, митры, короны, ковчег, золотые кольца, броши, около двух пудов медных и золотых монет, блюда, кружки, кадильницы, кубки Никона, чаши (две из них с бриллиантами) и многое другое.
В ноябре 1918 года рабочие монастырских мастерских — кузнечной, слесарной, сапожной и бондарной — образовали комитет, представители которого конфисковали у монахов ключи от кладовых и хлебного амбара и заставили монастырскую «братию» трудиться. Все доходы монастыря перешли в ведение комитета.
Так прекратил свое существование Иверский монастырь, около трехсот лет эксплуатировавший окрестное население.
В бывшем монастыре в 1918 году был открыт историко-архитектурный музей. В 1922 году его реорганизовали в краеведческий.
В период Великой Отечественной войны в зданиях монастыря размещались госпитали. В настоящее время здесь находится база отдыха трудящихся Новгородского производственного объединения «Планета».
В 1959 году работники Новгородской специальной научно-реставрационной производственной мастерской приступили к работам, целью которых в первую очередь было выведение памятников из аварийного состояния, реставрация их первоначального облика. Сначала реставрировали Успенский собор, укрепили Михайловскую башню и северную часть трапезной, починили кровлю некоторых зданий.
В ближайшие годы предстоит реставрация всех главных зданий монастыря. Отдельные постройки после реставрации станут использоваться для показа музейных экспозиций.
При реставрации (натурные исследования, использование архивных материалов) был выявлен первоначальный характер архитектуры, сильно искаженный в позднее время.
Ушла в предание жизнь монахов Иверской обители. Остался на века комплекс памятников огромной художественной ценности — чудо архитектуры. В монументальных монастырских постройках воплотилось высокое искусство народных мастеров — зодчих, художников, ремесленников.
Гармоничность панорамы архитектурного комплекса Иверского монастыря в любое время года обладает особой силой художественного воздействия. С озера в жаркий, солнечный день, когда белые стаи облаков проплывают над его шпилями, маковицами и шатрами, он кажется сказочным градом. Пасмурным осенним днем, когда небо закрыто серыми тучами, ансамбль похож на суровую крепость, поднявшуюся среди свинцовых вод Валдайского озера. Ясным погожим днем золотой осени, если смотреть с Муравьиного острова, монастырь и его окрестности напоминают проникновенные левитановские пейзажи. Зимой, покрытый снегом, ансамбль издалека манит к себе путешественника, добирающегося к его стенам по скованному льдом озеру.
В планировке Иверского монастыря над строгой симметрией господствует принцип свободного размещения зданий. Приближаясь к острову, вы видите сначала общую картину. Стены, шатры и главки как бы сгрудились, тесно переплелись в причудливый силуэт. Несколько правее, почти в центре этого живописного «хора», сияют главы Успенского собора — основного сооружения монастыря. Вы ступили на берег. Теперь перед вами на переднем плане — главный фасад комплекса. Слева и справа — две угловые башни, между ними — спокойные глади низких корпусов, и в центре — надвратная церковь Филиппа. Постройки симметричны, уравновешенны. Можно хорошо рассмотреть каждое здание и его декор.
Вы проходите в первые ворота, и здесь неожиданно вас встречает новая группа зданий. Слева — вертикаль Михайловской башни и стена Казначейского корпуса, справа — Братский корпус, и в центре вторая надвратная церковь — Михаила Архангела.
Минуете ворота. Стены расступились. Прямо перед вами — обширная удлиненная площадь, в глубине которой на возвышении (чуть смещенная вправо) предстает громада Успенского собора. Тут же замечаете слева обширный фасад трапезной, справа — сомкнувшиеся корпуса наместнических и настоятельских келий и среди них — противостоящие друг другу вертикали Богоявленской церкви и колокольни. Главные фасады этих построек развернуты вдоль площади и, как пропилеи, сопровождают вас почти до самого собора. Поднимаетесь по аллее, ведущей к зданию. Над вами мощные стены собора, полушария куполов. Слева, между трапезной и собором, на холме видны церковь Якова, часть монастырской стены и башня. Взгляд скользит но галерее собора — крыльцо, узкий проход между собором и Настоятельским корпусом, а в глубине еще одна башня с участком монастырской ограды. Входите на паперть собора. Низкие своды, устремленные в стороны галереи, богатые порталы, резные двери, витиеватые поковки металлических ворот. Из окон льются потоки света...
Более двухсот лет создавался архитектурный комплекс Иверского монастыря. На каждом его здании лежит печать эпохи, таланта многих поколений их создателей. Ставший достоянием народа, памятник дорог всем, кто ценит прекрасное, кто дорожит славой своих предков.