Казаки бежали из Сибири. Все завоеванные города были снова заняты татарскими князьями, и в Искер явился князь Сейдяк. В Москве еще ничего не знали об этом и послали в Сибирь новые войска для продолжения и укрепления завоевания. Поэтому казаки не успели еще дойти до Урала, как встретили идущего в Сибирь воеводу Мансурова с войсками и пушками. Мансуров не остановился в Сибири, проплыл вниз по Иртышу, до впадения его в Обь, и тут основал городок Самарово, в стране пустынной, занятой невоинственными остяками. Только следующие воеводы стали строить города в более важных местах, занятых татарами.
В течение нескольких лет, русские не были единственными хозяевами в крае. Рядом с ними жили татарские князья и собирали ясак на себя. Татарские крепости перемежались с русскими. Воевода Чулков в 1587 г. основал город Тобольск, в нескольких верстах от Сибири, следы которой сохраняются и до сих пор около Тобольска. Взять татарский город силой, как сделал Ермак, воевода не решился. Однажды, рассказывает летопись, татарский князь Сейдяк, с двумя другими князьями: Салтаном и Карачей, и со свитой в 400 человек, выехал из татарского города на ястребиную охоту и подъехал под стены русского города. Воевода Чулков пригласил их в свой город. Когда Татары хотели войти с оружием в руках, – воевода остановил их словами, что «так в гости не ходят». Князья оставили оружие и с немногочисленной свитой вошли в русский город. Гостей привели в дом к воеводе, где были уже готовы столы.
Начался длинный разговор о «мирном поставлении», т.е. миролюбивом разделении власти над Сибирью и о заключении вечного мира. Князь Сейдяк сидел, задумавшись, и ничего не ел; тяжелые мысли и подозрения приходили ему в голову. Воевода Данило Чулков заметил смущение и сказал ему: «Княже Сейдяк! Что зло мыслиши на православных христиан, ни пития, ни брашна вкуси». Сейдяк ответил: «Аз не мыслю на вас никакого зла». Тогда московский воевода взял чашу с вином и сказал: «Княже Сейдяк, аще не мыслиши зла ты и царевич Салтан и Карача на нас, православных христиан, и вы выпейте сие за здравие». Взял Сейдяк чашу, начал пить – и поперхнулся. Стали пить после него царевичи Салтан и Карача – и тоже поперхнулись, – Бог об обличающе их. Видевшие же сие, воевода и воинстии людие, яко зло мыслиша на них князь Сейдяк и прочие, хотят их смерти – и помахав рукою воевода Данило Чулков, воинстии же люди начаша побивати поганых». Сейдяк с лучшими людьми был схвачен и отправлен в Москву. Это произошло в 1588 году. С этого времени власть московского воеводы утвердилась в Сибири.
До открытия Сибири, Волга была каналом, через который выходили из государства, так называемые опасные элементы. Сюда бежали и неплательщик податей, и преступник; сюда же уходил энергический человек, который искал широкой деятельности; сюда бежали не только крепостные крестьяне, бродяги и гулящие люди, но и личности из простого народа, выдающиеся умом и характером, которым не было должного хода в жизни. Когда Ермак вывел часть волжской вольницы за Уральский хребет, все, что прежде бежало на Волгу, бросилось в Сибирь. Вместо грабежа торговых караванов на Волге, эмиграция на новой почве принялась завоевывать бродячие племена и облагать их ясаком из соболей в пользу московского государя, причем, конечно, значительная доля перепадала самим завоевателям. Но чтобы отнять соболя у инородца, надо иметь перевес в силе, надо обладать храбростью и другими условиями. Поэтому часть эмиграции обратилась непосредственно к промыслу за соболями. Слухи о несметном количестве соболей в Сибири, рассказы, быть может, преувеличенные, о том, что инородцы за железный котел дают столько собольих шкур, сколько в котел вместится, вызвали усиленную эмиграцию не только из крепостной Москвы, но и из свободного населения древней Новгородской области. Жители нынешних Олонецкой, Вологодской и Архангельской губерний, издавна знакомые с звериными промыслами, пустились в Сибирь добывать дорогого зверя. Все эти эмигранты, начиная с военной дружины Ермака, шли в Сибирь или на лодках, или пешком. Поэтому и первый разлив эмиграции по новой стране совершился по лесной полосе, путем речных сообщений. В южные степи эмиграции не шла, потому что у нее не было лошадей, чтобы делать набеги на живущих в степях кочевников; да притом у кочевников ничего не было, кроме скота, а эмигрантам нужны были дорогие собольи шкуры, – и эмиграция забиралась далеко на север, ближе к Ледовитому океану. В виду этого, в XVII и начале XVIII столетия, север Сибири был гораздо оживленнее, чем теперь. Северные города Сибири основаны раньше южных. Особенно славился в старой Сибири город Мангазея (песни придают ему эпитет «богатея»), лежавший чуть не у берегов Ледовитого океана и теперь вовсе не существующий. География северной Сибири и даже Таймырского полуострова была известна русским XVII столетия лучше, чем в позднейшее время. Но когда соболь и другие дорогие звери были истреблены на севере, народонаселение начало подниматься вверх по рекам и основывать южные города.
Распространение русской власти в крае шло таким порядком. Укрепившись на Тоболе и его притоках, русские стали распространять свои владения в Сибири вниз по Иртышу и Оби. В 1593 году, был основан город Березов на нижнем течении Оби. В том же году Русские поднялись по Оби вверх от устья Иртыша и основали другой город, Сургут. Через год, в 1594 г., отряд из полутора тысяч военных людей поднялся по Иртышу выше устья Тобола и основал город Тару. У Тары военные предприятия вверх по Иртышу прекратились и начались вновь в этом направлении только после того уже, как вся Сибирь, вплоть до Тихого океана, и были завоеваны Камчатка и Амур. Омская крепость, лежащая всего в 400 верстах к югу от Тары, основана была только в 1817 г., следовательно, через 224 года после основания Тары.
Единственное завоевание, сделанное при помощи Тары, заключается в земле Барабинских татар. Напротив, партии из северных городов заходили гораздо дальше на восток. Березовцы в 1600 году основали город, почти у самого Ледовитого моря, на реке Тазе, и назвали его Мангазеею; сургутские казаки пошли вверх по Оби и основали, на ее притоке, реке Кети, Кетский острог; поднявшись еще выше по Оби, встретили реку Томь, и на ней, в 60 верстах выше устья, был основан в 1604 году город Томск; четырнадцать лет позже, т.е. в 1618 году, был основан город Кузнецк на той же реке Томи, но выше Томска.
Тут завоеватели Сибири впервые дошли до южно-сибирских гор, которые отделяют ее от Монголии. Основанием Кузнецка закончилось занятие обширной системы реки Оби; треть Сибири была занята; далее на восток оставались еще две такие же большие речные системы: Енисейская, в занятию которой тотчас же после завоевания Обской системы, и было притуплено, и Ленская, лежащая восточнее Енисейской.
Занятие Енисейской системы началось с крайнего севера. В один год с тем, как в Обской системе был основан город Томск, мангазейские казаки, или промышленные люди, завели на Енисее зимовье, где ныне стоит город Туруханск. К 1607 году самоеды и остяки, жившие на Енисее и реке Пясиде, были обложены ясаком; а в 1610 году русские, спускаясь вниз по Енисею на судах, достигли до его устья, т.е. вышли в Ледовитое море. Средние части Енисейской системы были открыты кетскими казаками, которые облагая остяков вверх по Кети, 1608 году дошли до Енисея в том месте, где ныне стоит горок Енисейск, и оттуда поднялись до окрестностей нынешнего Красноярска. Около Енисейска они нашли остяков, которых за то, что они знали кузнечное дело, прозвали кузнецами. Вскоре после обложения ясаком, остяки кузнечной волости подверглись нападению тунгусов, пришедших с реки Тунгуски. Русские, находившиеся в волости за сбором ясака, были также побиты. Это была первая встреча русских с новым племенем – тунгусами. Неприязненные действия последних против обложенных ясаком остяков вызвали построение, около 1620 года, города Енисейска, на берегу реки Енисея. После этого, в течение двух лет, были приведены в покорность как Тунгусы, жившие по реке Тунгуске, так и Татары, обитавшие вверх по Енисею, и обложены ясаком. В 1622 году было получено первое известие еще о новом народе – бурятах.
Именно Енисейцы услышали, что на реку Кан, впадающую в Енисей справа, пришли буряты в числе 3000 человек. Это извести заставило русских подумать о более прочном положении на верхнем Енисее, против Кана. С этой целью, в 1623 году, был заложен на Енисее, в землях, принадлежащих татарам-Аринам, при устье Качи, в 300 верст выше Енисейска, новый город – Красноярск. Сфера действия Красноярцев обращена была преимущественно на юг, где они встретили кочевое татарское племя киргизов, с которым уже ранее вели упорную борьбу томские казаки. На востоке красноярцы ограничились только исследованием долин рек Кана и Маны, в которых они нашли звероловные самоедо-остяцкие племена: Камашей, Котовцев, Мозоров и Тубинцев.