Осенью 1845 г. русские войска и отряды преданных царизму ага султанов начали новые наступления на аулы Кенесары. Неся тяжелые потери, казахи были вынуждены оставить Торгайскую степь и отступить в районы рек Сарысу и Шу.
Отступив на юг, хан не прекращал борьбы с русскими войсками, однако основные силы были брошены на войну с Кокан-дом. Соединившись с батыром Жанкожа Нурмухамедулы, Кенесары начал освобождение казахских родов, находящихся под властью Коканда. В начале 1846 г. союз Бухары с Кокандом и поход карательного отряда генерал-майора Вишневского заставил Кенесары отступить и закрепиться на полуострове Камал в устье реки Или. Зимой 1846 г. отряды кенесаринцев появились в кочевьях Старшего жуза на реке Или и в окрестностях Алатау. Кенесары обратился к кыргызским манапам, призывая их к совместной борьбе против России и Коканда. Однако кыргызы, возглавляемые манапом Ормоном, отвергли его предложение и начали набеги на аулы, подвластные Кенесары. Началась тяжелая война на три фронта - против кокандских войск, кыргызов и отряда Жемчужникова, действовавшего в Жетысу.
Гибель Кенесары.
На протяжении 1846-1847 гг. Кенесары сумел объединить силы казахов всего Старшего жуза, захватить крепость Мерке, начать строительство укрепления на реке Шу. Осенью 1846г. было заключено перемирие с кыргызами, однако вскоре по наущению кокандцев кыргызы убили казахского батыра Саурыка, и война возобновилась.
Отряды Кенесары вошли в 1847 г. в кыргызскиё земли. Здесь казахские войска столкнулись с огромными трудностями. Незнание местности, враждебное отношение со стороны местного населения, совместные действия кыргызов, кокандцев и русских отрядов предопределили поражение. Последнее сражение Кенесары произошло в горах Кеклы, недалеко от Бишкека. Казахи были окружены ко-кандскими и кыргызскими отрядами, в бою погиб брат хана-батыр Наурызбай, сам Кенесары попал в плен. Перед казнью он еще раз обратился к кыргызским манапам с предложением прекратить вражду и объединить силы для совместной борьбы с общим врагом, однако и на этот раз манапы отклонили его предложения.
Западно-Сибирский генерал-губернатор Горчаков наградил всех отличившихся в войне кыргызских манапов, а к убийце Кенесары, манапу Калигулу Алибекову, обратился с благодарственным письмом и наградил его серебряной медалью. Головы погибших в боях казахских жигитов были посланы в качестве подарка кокандскому хану. В отмщение за смерть хана казахи Старшего жуза предприняли ряд походов в Кыргызстан, и несколько манапов были жестоко наказаны.
После смерти хана Кенесары и поражения казахской армии в Кыргызстане почти все земли Казахстана оказались под властью России, однако сопротивление казахов продолжалось. В Младшем жузе действовали отряды батыра Есета, на Сырдарье - Жанкожи Нурмухамедулы, в Южном Казахстане - султана Сыздыка Кене-сарыулы.
Казахи под властью Хивы и Коканда.
После смерти Кенесары и падения Казахского ханства среднеазиатские правители прочно закрепились на юге Казахстана. Непомерный налоговый гнет, грабежи и разбои, творимые хивинскими и кокандскими чиновниками, вызвали сопротивление казахов.
Локальные,.стихийные выступления казахов вылились в 1858 г. во всеобщее открытое восстание. В марте 1858 г. в районе Аулие Аты, затем от Чимкента до крепостей Мерке и Пишпек недовольство казахских и киргизских крестьян переросло в вооруженное восстание. Восставшие разогнали кокандских налогосборщиков и других чиновников. Высланное из Ташкента войско сняло осаду Аулие Аты, но подавить восстание не смогло. Через некоторое время восставшие снова осадили Аулие Ату, были заняты горные перевалы и дороги. Летом повстанцы контролировали всю территорию Южного Казахстана.
В этих условиях кокандцы были вынуждены пойти на уступки казахам и сменили правителя Ташкента. Продолжающееся наступление русских войск также толкало кокандцев на примирение с повстанцами.
Наступление русских войск в Жетысу и на Сырдарье.
Разгром казахской армии и казнь Кенесары предопределили поражение казахов в войне. Однако сопротивление разрозненных отрядов продолжалось очень долго. Пользуясь численным и техническим превосходством, русские войска продвигались со стороны Омска и Оренбурга на юг, в земли Старшего жуза. В 1847 г. большой казачий отряд проник в Жетысу и построил здесь Копальское укрепление. Одновременно колониальная армия занимает низовья Сырдарьи, где основала укрепление Раим, переименованное в 1848г. в Аральское.
Казахи, справедливо полагая, что строительство крепостей приведет к новым земельным ограничениям и поселению казаков, в 1847-48 гг. участили нападения на отдельные русские отряды, погран ич н ые у крепления. Зачастую протест выражался в откочевке казахских аулов в земли, подвластные Хиве и Коканду. Несмотря на сопротивление, наступление русской армии продолжалось. В 1850 г. была взята кокандская крепость Шым-корган, в августе 1852г. - крепости Камыс-корган и Кос-корган. С прибытием русского экспедиционного отряда в низовьях Сырдарьи было заложено укрепление Кармакшы. В 1854 г. из этих укреплений, а также форта Перовск (Ак Мешит), была образована Сырдарьинская военная линия.
Продолжалось и завоевание Жетысу. В 1850 г. казахи долины Или, заключив союз с Кокандом и кыргызами, начали крупномасштабные действия против русских войск. Центром сопротивления было укрепление бия Таишибека при впадении реки Алматы в Каскелен. Для борьбы с объединенным казахско-кокандским войском была сформирована специальная военная экспедиция под командой подполковника Карбышева. В мае 1851г. русские войска разрушили укрепление Таишибека и овладели междуречьем Или и Шу.
В 1853 г. после взятия крепости Ак Мешит русское правительство решило объединить Сибирскую и Сырдарьинскую линию. Для осуществления этого плана в Жетысу вышел отряд под командованием Перемышльского, который в середине ,1853 г. построил Илийский пикет, а весной 1854 г. укрепление Верное в урочище Алматы. С основанием Верного началась активная колонизация его окрестностей. В 1855 г. сюда прибыло 400 семей из Сибири, которые образовали Большую Алма-Атинскую станицу. Тогда же образовались станицы Лепсинская, Урджарская, Малая Алма-Атинская, Талгарская, Иссыкская, укрепления Узун Агачскре и Кастекское. Район Верного становится оплотом колониальных властей в Жетысу.
Восстания Есет батыра и Жанкожи Нурмахамедулы.
В середине 50-х-начале 60-х годов антиколониальная война казахов вспыхнула с новой силой. В районе Приаралья казахскими отрядами руководил батыр Есет, в районе нижнего течения Сырдарьи -Жанкожа Нурмухамедулы. Объединенное кокандско-казахское войско возобновило активные действия против русских в Жетысу.
В мае 1853 г. в связи с походом русских войск на Ак Мешит и переброской грузов и войск на Сырдарье была начата конфискация верблюдов у казахов. Эти действия колониальных властей послужили поводом для выступления казахского рода шекты под руководством Есет батыра. В феврале 1854 г. против казахов был выслан отряд барона Врангеля, которому однако не удалось добиться успеха.
В 1855 г. в казахскую степь проникли слухи о поражении России в Крымской войне, и антирусское движение активизировалось. В июле отряды Есета разгромили войска султана-правителя Жантюрина, сам султан был убит, казачий отряд, сопровождавший его, отступил к пограничной линии.
Колониальные власти, не имея достаточно сил для борьбы с казахами, стали подкупать отдельных старшин и султанов, разжигать вражду между казахскими родами, пытаясь расколоть антирусское движение. Одновременно организовывались карательные экспедиции, грабившие казахские аулы. Особо жестоко действовали отряды Михайлова, Кузьминского и Дерышева. .Летом 1856 г. на казахские кочевья вновь обрушилась карательная экспедиция. В сентябре 1858 г. в урочище Сан отряд Есета потерпел окончательное поражение, а остатки его присоединились к батыру Жанкожа.
Жанкожа Нурмухамедулы, один из соратников Кенесары хана, вначале прекратил борьбу с Россией. Однако после строительства укреплений в низовьях Сырдарьи и начала казачьей колонизации престарелый батыр возобновил военные действия против русских войск. В середине декабря 1856 г. в отряде Жанкожи батыра было уже более 1500 казахов, недовольных колониальной политикой России. В конце декабря казахи осадили Казалинский форт и начали переговоры с Хивой и отрядами Есета о совместных действиях.
В декабре 1858 г. из Ак Мешита вышла карательная экспедиция под командованием генерал-майора Фитингофа. И 9 января 1859 г. в кратком, но кровопролитном сражении казахи потерпели поражение и были вынуждены отступить на территорию Хивы. Казахские аулы были подвергнуты жестоким репрессиям.
Завершение завоевания Казахстана.
Осенью 1860 г. казахи в союзе с Кокандом предприняли последнюю попытку изгнать русских из Жетысу. Кокандский хан направил против Верного 12-тысячное войско, к которому присоединились казахи и кыргызы. Многие бии и старшины, присягнувшие ранее России, стали переходить на сторону кокандцев. Во главе отдельных казахских отрядов встали бии Суранши, Дикамбай, Альдекен, Андос, султан Сыздык. Объединенное войско, насчитывавшее до 22 тыс. человек, 20 октября вышло к реке Кара-Кастек в урочище Узынагаш, где встретилось с русскими отрядами. Ожесточенная кровопролитная битва закончилась поражением союзников. Кокандский военачальник был убит, узбеки начали беспорядочно отступать, многие замерзли при переходе через Шу. Казахи и кыргызы некоторое время продолжали нападать на разъезды и укрепления русских войск.
Царское правительство решило окончательно расправиться с Кокандским ханством и непокорными казахами, и после нескольких разведывательных походов весной 1864 года направила войска против них. Русские отряды заняли Мерке, Аулие Ату, Туркестан, но под Чимкентом потерпели поражение и были вынуждены отступить. В сентябре 1864 г. наступление возобновилось с двух сторон: из Туркестана под командованием полковника Черняева, из Аулие Аты - подполковника Лерха. После непродолжительной осады Чимкент был взят штурмом. Так вся территория Казахстана оказалось под властью России, и освободительная война окончилась поражением казахов.