работа по биоинформатике на тему Поиск белков-мишеней циклопентеноновых простагландинов (стр. 4 из 4)
| PPARa | PPARb/d | PPARg | |
| высокоаффинные агонисты (< 1 mM) high affinity agonists | 8-HETE 8-HEPE LTB4 LG100268 BM17.0744 GW7647 GW9578 | L-165,041 (13) GW501516 (14) Compound F (15) | rosiglitazone pioglitazone troglitazone GW1929, GW7845 LY171833, LG100268* CDDO, KRP-297 SB-219994, GI262570 JTT-501,GW0207, Az-PC |
| высокоаффинные парные агонисты high affinity dual agonists | L-783б483 compound 8 DRF2725 AZ242 LY465608 GW6471 GW9544 | L-783б483 | compound 8 DRF2725 AZ242 LY465608 GW6471 GW9544 |
| Агонисты средней эффективности (low mM) | 15d-PGJ2 PGA1 12-HETE WY-14,643 | 15d-PGJ2 PGA1 PGI2 (12) cPGI2 (?) | 15d-PGJ2 PGA1 А2(?) D2(?) 9-HODE 13-HODE 15-HETE oxLDL |
| Low affinity agonsists (high mM-mM) | NSAIDs, Fibrates ETYA DA LA AA | ETYA DA LA AA EPA | NSAIDs ETYA DA LA AA BADGE |
| SPARMs (selective PPAR modulators) | F-L-Leu LG100641 Rosiglitazone** | ||
| partial agonists | GW0000072 L-764406 MCC-555 | ||
| Antagonists | GW6471 MK886 | Sulindac (16) | BADGE Diclofenac *** GW9662 SR-202 T0070907 PD068235 CDDO-Me |
*LG100268 is a combined PPARa, PPARg and RXR agonist
**Rosiglitazone [141: Bishop-Bailey D 2002, Circ Res 91:210]
***Diclofenac [Adamson DJ 2002 Mol Pharm 61(1)7]
Рисунок 10. Синтез циклопентеноновых простагландинов.Источник: . Straus D. and Glass C.K. (2001) Med. Res. Rev. 21, 185.
Рисунок 6. Возможные пути реализации эффектов циклопентеноновых простагландинов.
Провоспалительные стимулы ( липополисахарид (LPS), интерлейкин 1-бета ( IL-1-beta) и другие факторы) активируют фактор транскрипции (NF-kB), который приводит к активации различных генов, участвующих в развитии воспалительных ответов. В их числе COX-2 (циклооксиназа- 2), которая синтезирует простагландины из арахидоновой кислоты (АА). Простагландины групп E и D превращаются в циклопентеноновые простагландины А и Y соответственно. Циклопентеноновые простагландины ингибируют активацию NF-kB через действие на соответствующую киназу (IKK) или PPAR, активация которых приводит к супрессии воспалительных ответов.
?- означает гипотетические пути.
Erk- активация MAPкаскада. MAP- митоген- активированные белки.
Схема составлена по материалам работ [2, 5, 7, 8, 14].
Приложение 2.
Таблица 2. Обозначения, принятые в рисунках 3 и 4.
| № | Обозначение | ID | Размер белка, kDa/а.о. | Название |
| 1. | ESR1_HUMAN | P03372 | 66.2/595 | Estrogen receptor |
| 2. | ESR2_HUMAN | Q92731 | 59.2/530 | Estrogen receptor, beta |
| 3. | ERR1_HUMAN | P11474 | 55.4/519 | Estrogen-related receptor, alpha |
| 4. | ERR2_HUMAN | O95718 | 55.6/500 | Estrogen-related receptor, beta |
| 5. | RXRA_HUMAN | P19793 | 50.8/462 | Retinoic acid receptor RXR-alpha |
| 6. | RXRB_HUMAN | P28702 | 56.9/533 | Retinoic acid receptor RXR-beta |
| 7. | RXRG_HUMAN | P48443 | 50.9/463 | Retinoic acid receptor RXR-gamma |
| 8. | VDR_HUMAN | P11473 | 48.3/427 | Vitamin D3 receptor |
| 9. | PPAR_HUMAN | Q07869 | 52.2/468 | Peroxisome proliferator activated receptor alpha |
| 10. | PPAS_HUMAN | Q03181 | 49.9/441 | Peroxisome proliferator activated receptor delta |
| 11. | PPAT_HUMAN | P37231 | 57.6/505 | Peroxisome proliferator activated receptor gamma |
| 12. | THA_HUMAN | P10827 | 54.8/490 | Thyroid hormone receptor alpha |
| 13. | THB1_HUMAN | P10828 | 52.8/461 | Thyroid hormone receptor beta-1 |
| 14. | THB2_HUMAN | P37243 | 54.3/476 | Thyroid hormone receptor beta-2 |
| 15. | RRA_HUMAN | P10276 | 50.8/462 | Retinoic acid receptor alpha |
| 16. | RRB_HUMAN | P10826 | 50.5/455 | Retinoic acid receptor beta |
| 17. | RRG1_HUMAN | P13631 | 50.3/454 | Retinoic acid receptor gamma-1 |
| 18. | RRG2_HUMAN | P22932 | 49.3/443 | Retinoic acid receptor gamma-2 |
| 19. | ANDR_HUMAN | P10275 | 99/919 | Androgen receptor |
| 20. | PRGR_HUMAN | P06401 | 99/933 | Progesterone receptor |
| 21. | MCR_HUMAN | P08235 | 107/984 | Mineralocorticoid receptor |
| 22. | GCR_HUMAN | P04150 | 85.6/777 | Glucocorticoid receptor |
