Прошло несколько лет, и отцу Иоанну была дарована исцеляющая молитва, молитва по которой исцелялись тысячи православных людей, отступали даже самые тяжелые болезни, против которых медицина была бессильной.
Из воспоминаний Н.А. Гуляева: «В 1903 году в местечке Эмба Сырдарьянской области была тяжелая эпидемия гриппа, заболел и я, был перевезён в заразный барак... Помню, как очнулся я и почувствовал, что умираю... Я беспомощно заплакал и в слезах стал напевать, как мог «Царю Небесный»... Вдруг, появился, как бы в тумане, в золотом обличении священник...
Он приблизился, наклонился ко мне.
- Не надо плакать, давай помолимся.
И тут же начал служить молебен. Служил он не тихо и не громко, но необыкновенно истово и проникновенно... Я понял, что ко мне пришёл отец Иоанн Кронштадтский... Отец Иоанн сказал мне, что я поправлюсь, но чтобы никогда не забывал молиться и благодарить Бога. Удаляясь, батюшка тоже как бы отступил к дверям, в белый туман... С этого момента началось моё быстрое, ни для кого не понятное выздоровление. Когда пришёл меня навестить отец, я рассказал о чуде, виденном мною, и отец, знавший батюшку лично, был поражён, что я описал ему в такой подробности весь облик батюшки, никогда не видя его в жизни... Отец мой тут же объяснил мне: оказывается, он послал в самый безнадёжный момент телеграмму в Кронштадт отцу Иоанну и просил его помолиться. В тот самый день, когда отец Иоанн явился мне, он и служил молебен о моём выздоровлении».
Однажды в г. Вознесенске Херсонской губернии в немецкой семье, исповедующей лютеранство, умирала от дифтерита восьмилетняя девочка. По совету православных знакомых родители послали телеграмму отцу Иоанну. Девочка, проснувшись утром, рассказала, что к ней приходил некий священник, и описала его наружность. Вскоре она совершенно выздоровела. Когда ей показали портрет отца Иоанна, она воскликнула: «Вот этот самый приходил ко мне, подошел к моей кровати и сказал: «Будешь здорова!».
Капитан 1 ранга С.П. Бурачок рассказывал: «Помню случай, когда был болен мой брат. Отец Иоанн благословил яблоко и приказал брату съесть, и к вечеру, к удивлению всех, брат оказался совершенно здоров... А вот случай исцеления бесноватой, которая ужасно поносила батюшку (ее держали несколько человек): Когда отец Иоанн стал на колени перед святыми иконами и весь, согнувшись, ушёл в молитву, больная забилась в судорогах, но потом затихла и потеряла сознание. Когда отец Иоанн встал с молитвы, всё его лицо и голова были покрыты потом, подошёл к больной, благословляя её, больная открыла глаза и, разрыдавшись, приникла к ногам батюшки, она была сильно ослаблена, но совершенно здорова. На присутствующих это ясное для всех исцеление произвело потрясающее впечатление».
Иоанн Кронштадтский писал: «Господь, как искусный врач подвергает нас разным искушениям, скорбям, болезням и бедам, чтобы очистить нас, как золото в горниле. Душа, закостенелая во грехах всякого рода, не легко поддаётся чистке и врачеванию... и только через долгий опыт терпения и страданий осваивается с добродетелью и начинает горячо любить Бога».
Неустанный проповедник покаяния, отец Иоанн, физически не мог исповедать отдельно всех людей желающих исповедоваться именно у него, поэтому он был вынужден обратиться к духовным властям с просьбой о разрешении проведения общей исповеди.
Из воспоминаний игумена Константина, присутствовавшего на общей исповеди:
«Перед началом исповеди отец Иоанн обращался к кающимся с призывом: Грешники и грешницы, подобные мне! Вы пришли в храм сей, чтобы принести Господу Иисусу Христу, Спасителю нашему покаяние в грехах и потом приступить к Тайнам. Приготовились ли вы к восприятию столь великого Таинства? Знаете ли, что великий ответ несу я пред Престолом Всевышнего, если вы приступите не приготовившись? Знаете ли, что вы каетесь не мне, а Самому Господу, Который невидимо присутствует здесь? Тело и Кровь Которого в настоящую минуту находится на Престоле?
Приготовив так молящихся, отец Иоанн начинал сам от лица народа и к нему, обратившись лицом, читать покаянные молитвы... Должным образом подготовив народ, отец Иоанн возглашал громким голосом: кайтесь!
Тут стало твориться что-то невероятное. Вопли, крики, устное исповедание тайных грехов... Никто не замечал соседа, каждый думал только о себе...
Отец Иоанн в это время стоял, облокотившись на аналой, и молился. Молился и плакал - так плакал, что слёзы лились градом.
- Там, в том углу, вы должны ещё покаяться! - неожиданно восклицал он, выпрямившись и указывая пальцем в западную сторону собора. И в ответ начинают литься оттуда с необыкновенной страстью вопли покаяния...
Иногда отец Иоанн уходил в алтарь и там молился, склонившись пред престолом и положив на него голову... Батюшка, наконец, выходит снова на амвон. Пот катится по его лицу...
Отец Иоанн простирает епитрахиль над народом и читает разрешительную молитву...
Исповедь кончена. Со всех сторон слышны ещё сдержанные вздохи, рыдания и стоны - зарницы после разрешившейся и пронесшейся очистительной грозы...»
Отец Иоанн находил время вести духовный дневник, записывая ежедневно мысли, приходившие ему во время молитвы. Эти записи вошли в книгу, изданную под заглавием «Моя жизнь во Христе».
По свидетельству духовных чад великий пастор «глубоко верил от всего сердца в благодать, данную ему как священнику от Бога, - молиться за людей Божиих... Если видел в человеке недостатки или какие-нибудь страсти, то всегда молился тайно за него, где бы то ни было; во время служения литургии, в пути ли, в беседе ли. Проезжая по улице и видя порочных людей, он тотчас возносил ко Господу свою сердечную молитву и взывал: «Господи, просвети ум и сердце раба Твоего, очисти его от скверны!» - или иным, более подходящим к данному лицу словами из псалмов. Он не пропускал случая помолиться за человека по чьей-то просьбе, радовался такой просьбе, считая, что молитвы за других есть благо и для него самого, потому что она очищает сердце, утверждает веру и надежду на Бога, взгревает любовь ко Христу и ближнему. Отец Иоанн молился «по вере в его молитву просящих».
Святой Иоанн писал:
- У людей мало молящихся слабо сердце; когда они хотят молиться, сердце их расслабляется и расслабляет их руки, тело и мысли, и трудно им молиться. Надо преодолеть себя: постараться молиться всем сердцем, потому что хорошо, легко молиться всем сердцем.
- Чтобы провести день весь совершенно свято, мирно и безгрешно, для этого единственное средство самая искренняя, горячая молитва утром по восстании от сна. Она введет в сердце Христа со Отцом и Духом Святым и таким образом даст силу и крепость душе ...
- С твердостью сердечной выговаривайте слова молитвы. Молясь вечером, не забудьте высказать в молитве к Духу Святому со всей искренностью и сокрушением сердца те грехи, в которые вы впали в прошедший день, несколько мгновений покаяния теплого, и вы очищены Духом Святым от всякой скверны, паче снега убелены, и слезы, очищающие сердце, потекут из очей ваших...
- Если согрешишь в чем пред Богом, а мы грешим премного каждый день, тотчас же говори в сердце своем, с верою в Господа, внимающего воплю твоего сердца, с смиренным сознанием и чувством своих грехов, псалом «Помилуй мя, Боже, по Велицей милости Твоей...», и прочитай сердечно весь псалом; если не подействовал он один раз, сделай другой прием, только прочитай еще сердечнее, еще чувствительнее и тогда тебе немедленно воссияет от Господа спасение и мир в душе твоей. Так всегда сокрушайся: это верное, испытанное средство против грехов.
- Надо нудить себя и против воли делать усердные поклоны; это нужно против гордости нашей, гнездящейся в глубине сердца. Гордость не любит кланяться.
- В молитве главное, о чем нужно прежде всего позаботиться, - это живая, ясновидящая вера в Господа: представь Его живо перед собой и в себе самом, - и тогда, если хочешь, проси о Христе Иисусе в Духе Святом, и будет тебе. Проси просто, ничтоже сумняся, - и тогда Бог твой будет все для тебя, во мгновение совершающий великие и чудные дела, подобно тому, как крестное знамение совершает великие силы.
Прозорливому старцу было открыто прошлое, настоящее и будущее людей, которых он видел впервые.
Однажды, когда отец Иоанн служил литургию в церкви московского военного учреждения, в алтарь вошёл молодой офицер Павел Плиханков, отец Иоанн неожиданно подошел к офицеру, поцеловал его руку, не сказав ни слова, вернулся к престолу. Присутствующие при этом решили, что молодой человек будет священником. А спустя несколько лет, тяжело больной Павел в чудесном видение получил указание свыше «идти в Оптину Пустынь».
К удивлению всех, больной полковник стал быстро поправляться, выздоровел и уехал в Оптину Пустынь.
(из жития преподобного старца оптинского Варсонофия (1845-1913 гг.))
Задолго до этих событий Отцу Иоанну, было открыто, что перед ним в алтаре стоял будущий подвижник.
Ежегодно Кронштадт посещало более 20 тысяч паломников, а позднее их число достигло 80 тысяч.
9 декабря 1908 года отец Иоанн отслужил последнюю литургию в Андреевском соборе. Угоднику Божию был открыт день его кончины. Когда вечером 17 декабря приехала монахиня Ангелина, игуменья основанного им Иоанновского монастыря в Петербурге, он спросил: «Какое число сегодня?» «Семнадцатое», ответила она. «Значит, еще три дня», сказал отец Иоанн, как будто про себя. Утром 20 декабря он последний раз причастился. Отец Иоанн Орнатский начал читать канон на исход души, когда он окончил, отец Иоанн лежал неподвижно, руки были сложены на груди. 21 декабря в доме усопшего состоялась панихида, позже тело отца Иоанна под звон колоколов всех городских церквей было перенесено в кафедральный собор, через сутки в Петербург, в Иоанновский монастырь. Несколько дней и ночей народ непрерывным потоком шел прощаться с добрым пастырем. 23 декабря литургию отпевания отслужил митрополит Петербургский Антоний, в ней приняли участие около 60 священников и 20 диаконов, после последнего прощания состоялось торжественное погребение в подземном храме усыпальнице.