3-й Башкирский пехотный полк комплектовался в Златоусте. Командиром полка был назначен подполковник Терегулов. В Оренбурге подготавливался 4-й Башкирский пехотный полк под руководством штабс-капитана Еникеева. Кроме того, из башкирского населения Верхнеуральского и северной части Орского уездов планировалось набрать призывников для 5-го пехотного (временный командир — прапорщик Г. Таганов) и 1-го кавалерийского (командир—корнет А. Карамышев) полков. Все вышеупомянутые подразделения объединялись в 1-ю Башкирскую дивизию, командиром которой назначался генерал-майор Х.-А. Ишбулатов.
Создание полков вокруг Башкирского правительства требовало скорейшего оформления правовой базы. Было решено начать переговоры по данному вопросу с Сибирским правительством, в зоне деятельности которого разворачивались башкирские подразделения. В ходе переговоров башкирское руководство однозначно заявило, что "все ... войска, как регулярные части, так и иррегулярные, должны быть подчинены исключительно самому башкирскому народу в лице его правительства". Были выдвинуты следующие условия:
1) признать Башкирское войско как особую военную единицу;
2) организовать в Оренбурге Главный штаб башкирских войск со всеми необходимыми отделами;
3) обеспечить всем необходимым одну башкирскую дивизию;
4) сибирские власти не вмешиваются во внутренние дела башкирских военно-государственных структур.
Сибирское руководство, в целом, не отвергло эти условия, хотя внесло в них несколько существенных дополнений. Главным из них было то, что башкирские войска могут быть отправлены на любой участок фронта (включая иные регионы).
Предварительное соглашение между Башкирским и Сибирским правительствами сильно насторожило самарские власти (Комуч), имевшие свои интересы в данном регионе. Командование "Народной армии" настоятельно просило А.-З. Валидова пересмотреть свои политические позиции в пользу Комуча, пообещав при этом санкционировать образование Башкирского корпуса в составе двух дивизий. В конце июля 1918 года А. З. Валидов сообщал, что Самарское правительство обязалось предоставить башкирским частям комплексное военное снаряжение. В последующие месяцы Башкирское правительство неоднократно прибегало к помощи Комуча, хотя официально башкирские полки находились в подчинении Омска, а затем Оренбурга. Такие действия были мотивированы желанием ВВС сохранить и умножить свои войсковые части с последующим преобразованием их в корпус. Однако перебои с военным и денежным снабжением не позволяли максимально быстро формировать новые подразделения. Кроме того, во второй половине июля 1918 года ВВС был вынужден акцентировать свое внимание на создании специальных партизанских команд с целью уничтожения красных войск, расположенных в горах Южного Урала. По этому поводу А.-З. Валидов с сожалением говорил, что выделенные Сибирским правительством 500 тысяч рублей будут направлены не в регулярные части, а в добровольческие партизанские отряды.2
После ухода красных войск под общим командованием В. Блюхера с территории Южного Урала в первой половине августа задача по формированию башкирских войск значительно облегчается. Мобилизация башкирского населения Златоустовского уезда позволила ВВС скомплектовать из 1500 призывников 3-й пехотный полк и восполнить боевые потери 2-го пехотного полка. Башкирское военное командование очень спешило оформить 2-ю Дивизию, чтобы ускорить момент образования корпуса. В этой связи БВС выпустил приказ № 17 от 13 августа 1918 года, в котором оглашался следующий состав башкирских войск: в 1-ю дивизию входили 2, 3, и 5-й пехотные полки, во 2-ю дивизию — 1-й и 4-й
пехотные полки. При этом следует учитывать, что 3-й полк только проходил боевую подготовку, а 5-й полк практически еще не существовал. Таким образом, обе дивизии были сильно недоукомплектованы и в боевом отношении лишь условно соответствовали означенным военным единицам. В этом же приказе БВС назначил комиссию «для выработки формы Башкирских войск» под председательством подполковника Емельянова. В комиссию также вошли командиры 1-го и 4-го полков, старший адъютант БВС поручик Г.Мухлио, заведующий Мобилизационным отделом прапорщик X. Терегулов и член БВС С. Магазов. 29 августа комиссия представила образец военной формы, по типу чехословацкой, обязательной для башкирских войск. Форма включала следующие компоненты: рубашка цвета хаки с узкими погонами, на которых указывался номер части; шаровары (для пехоты цвета хаки, для кавалерии — серо-синие) с синими лампасами; на фуражке вместо кокарды синяя лента; шинель из серо-шинельного сукна с узкими погонами и обозначением номера части; желтый пояс с белой пряжкой; сапоги или обмотки. На погонах также изображался род войск. Для отличия званий на левом рукаве устанавливались ромбовидные нашивки синего цвета. В верхней части нашивки располагалась мусульманская символика в виде звезды и полумесяца, а в нижней части размещались знаки отличия от рядового до «полного» генерала.
Позже была создана аналогичная комиссия для разработки формы чиновников и врачей башкирских частей. Было установлено трехцветное (сине-зелено-белое) национальное знамя. Все эти меры должны были подчеркнуть особенность и значимость башкирских войск в Белой армии.
Одной из серьёзнейших проблем для БВС стала нехватка офицерских кадров, что заставляло башкирских руководителей разными способами перекраивать командные должности. Вышеупомянутый подполковник Емельянов, занимавший пост начальника штаба 2-й Башдивизии, был назначен командующим в той же дивизии, а также был уполномочен сформировать штаб дивизии. Командира 3-го пехотного полка подполковника Терегулова направили на должность командующего 1-й Башдивизии, а вместо него командиром полка определили прапорщика Г. Таганова. Подобные перестановки были частым явлением и определённо тормозили организацию частей корпуса. Проблема младшего и среднего командного состава в значительной мере решалась за счет офицеров, прибывавших из "Народной армии" Комуча, Оренбургского войска и других мест. Так, например, в штаб башкирских войск из Казани в 20-х числах августа приехали прапорщик Чалмаев, прапорщик Мукминов, подполковник Якубовский, поручик Незаметдинов и другие. Оренбургские военные власти послали в 4-й пехотный полк сразу двадцать офицеров во главе со штабс-капитаном Черновым. К кадровой деятельности БВС стремился привлечь прежде всего мусульманских офицеров, нехватка которых ощущалась особенно остро. В этом отношении большое значение придавалось пополнению войск национальными офицерскими кадрами. Башкирские власти объявили мобилизацию всех башкир в звании унтер-офицеров призыва 1900—1918 гг., а при войсках была организована Башкирская школа подпрапорщиков под руководством полковника Савельева. Этими мерами БВС пытался хотя бы частично снабдить строевые части "своим" младшим командным составом.
В конце августа 1918 года, частью формирующиеся, частью воюющие, башкирские полки были переведены из обеспечения сибирских властей в Оренбургский военный округ. Начался последний этап подготовки башкирских войск к разворачиванию их в корпус.
С одобрения белого руководства, 7 сентября 1918 года вышел приказ БВС № 37 об образовании Отдельного Башкирского корпуса в составе 1-й Башкирской дивизии, 2-й Башкирской дивизии и 1-го Башкирского кавалерийского полка. Командующим корпуса был поставлен генерал-майор Х.А.Ишбулатов, начальником 1-й дивизии — подполковник Акчулпанов, начальником 2-й дивизии — подполковник Бикмеев. До их прибытия должности начдивов исполняли, соответственно, подполковники Терегулов и Емельянов.
В начале октября корпус был усилен 6-м пехотным (командир — подпоручик Ишмурзин) и 2-м кавалерийским (командир — подпоручик Биишев) полками. Количественные изменения дополнились серьёзным качественным переустройством. 11 октября практически все функции БВС перешли к Башкирскому Войсковому Управлению (БВУ). В руках последнего оказались все дела штаба и финансы корпуса. БВУ состояло из Административного, Хозяйственного, Мобилизационного и Судного отделов. Новую структуру возглавил А.-З. Валидов, который одновременно оставался председателем БВС и заведующим военным отделом Башкирского правительства. Для повышения эффективности работы в штат БВУ определили опытных офицеров: полковника Янишевского, поручика Туймакаева, подпоручиков Терегулова и Узбекова, прапорщика Карамышева и других. БВУ ставилась задача организации частей корпуса на качественно новом уровне, чем в предыдущие месяцы. Продолжением внутренних изменений в башкирских войсках стало создание Управления Отдельного Башкирского корпуса и других военных структур.
Однако в историю Башкорпуса следует внести ряд существенных корректив. С военной точки зрения, применение понятия "корпус" к башкирским частям не совсем правомерно, так как они имели слишком ограниченное число солдат и офицеров (около 10 тысяч). Две слабые (в численном отношении) башкирские дивизии составили еще более слабый корпус. Несомненно, А.-З. Валидов планировал в ближайшее время довести численность корпуса до нормального состава. Не случайно на переговорах с Уфимским губревкомом (30 января 1919 г.) представитель Башкирского правительства настаивал на формировании корпуса численностью до 60 тысяч человек. В то же время необходимо подчеркнуть, что для Белой армии было характерно наличие недоукомплектованных дивизий корпусов, поэтому башкирские войска не являлись исключением. Кроме того, совместные боевые действия башкирские полки вели сравнительно недолгое время, что, в свою очередь, силно снизило значение корпуса в военных операциях белых сил осенью 1918 года. Также показательны особые условия, в которых создавался Башкорпус. Инициатива образования корпуса и отдельных башкирских частей исходила от лица башкирского движения. Это обстоятельство заложило две особенности: полуформальное существование национального корпуса в Белой армии и чрезвычайная его политизированность в виде приверженности идеям башкирской автономии.