Во время страшной моровой язвы, открывшейся (1651) в Москве и Казани, когда царь находился в польском походе, Никон показал свою обычную твердость и распорядительность: принял все меры к облегчению народного бедствия и сохранил в целости оставленное на его попечение царское семейство. В воздаяние за эту услугу Алексей Михайлович повелел Никону именоваться Великим государем – титул, которым пользовался только патриарх Филарет Никитич по праву царского родителя.
Занимаясь делами государственными, Никон энергично трудился и по церковному управлению. Первым предметом его постоянной заботливости было исправление Богослужебных книг. Для этого он образовал комиссию из вызванных нарочно из Киева ученых иноков: Епифания Славенецкого, Арсения Сатановского, Дамаскина Птицкого, Феодосия Сафоновича и грека Арсения, поддерживал ее в трудах своим милостивым вниманием и покровительством и ограждал ее от нападок людей невежественных. Под его надзором были исправлены и изданы Постная триодь, Соборник молитв, Часослов, Ирмологий, Требник и Следованная Псалтирь. В то же время он заботился об улучшении церковного пения, исправлении иконописания, об уничтожении чтения на два голоса, двоеперстия и других беспорядков и новостей, вкравшихся в Богослужение.
Необычайное возвышение Никона и доверенность к нему со стороны государя нажили ему много врагов между первостепенными вельможами и даже между царской родней. Они не могли равнодушно переносить его власти в их Думе и силы в совете царском. К зависти присоединилось еще личное раздражение. Никон без всякого стеснения обличал их при всяком удобном случае; отбирал у них и жег вывезенные ими с запада иконы и оргАны; изрезал у боярина Никиты Романова ливрею, сделанную им для домашней прислуги по западному образцу; наконец, восставал против Уложения, в котором выразились новые государственные понятия, и требовал замены его Кормчей книгой. Духовенство было крайне раздражено его недоступностью, строгостью и жестокими наказаниями; даже епископа Коломенского Павла он лишил сана без суда Соборного. Еще больше врагов нажили ему церковные исправления, которые Никон вел круто, без всякого снисхождения к тогдашним понятиям. Народ смущался уже изменениями в тексте церковных чтений и песней, новым пением, запрещением двоеперстия, но он пришел в ужас, когда Никон приказал соскабливать иконы, худо написанные или по латинским образцам. Этот ужас прежние справщики книг своими рассказами о церковных новшествах Никона усилили до того, что простаки вообразили себе наступление последних времен и стали смотреть на Никона как на антихриста.
Когда Алексей Михайлович возвратился из второго ливонского похода, он был отовсюду засыпан жалобами на Никона. Эти всеобщие жалобы усилили его личное неудовольствие на Патриарха, присоветовавшего шведскую войну, окончившуюся для России крайне несчастливо. Алексей Михайлович стал уклоняться от своего прежнего друга. Никон, заметив перемену в расположении к нему государя, по неуступчивости своего характера также не заискивал случая к сближению и объяснению с ним. Враги Никона воспользовались разъединением царя и Патриарха, чтобы усилить их неудовольствие друг на друга. Они стали наносить Никону оскорбление за оскорблением. Однажды охотничий Хитрово, наблюдавший за порядком при торжественном приеме грузинского царя Теймураза, ударил палкой боярина, присланного Никоном во дворец. И когда боярин сказал, от кого прислан, Хитрово повторил удар, приговаривая: «Не чванься!» Все жалобы Никона были оставлены царем без всякого удовлетворения. Положение Никона сделалось столь невыносимым, что он 10 июля 1658 года объявил народу в Успенском соборе, что от сего дня он более не Патриарх и, переодевшись в простую монашескую рясу и черный клобук, уехал в Воскресенский монастырь. Отсюда он просил царя поспешить избранием ему преемника, а до того времени поручить управление Церковью Крутицкому митрополиту Питириму; ему же дать во владение три монастыря: Воскресенский, Иверский и Крестный. В заключение своего письма он повторил клятвенное свое отречение от патриаршества. Этим отречением Никон, по-видимому, хотел только добиться искреннего объяснения с царем, удовлетворения своих прежних жалоб и усиленного упрашивания остаться в патриаршей должности, но вместо этого он увидел лишь новые притеснения и новые обиды со стороны бояр. Заметив ошибку в своем расчете, Никон, спустя некоторое время стал утверждать, что он оставил только Московскую кафедру, но от патриаршества не отказывался и настаивал на своем праве избрания и посвящения преемника себе. Для решения этого запутавшегося дела созван был Собор из русских и бывших в Москве греческих иерархов. Все бывшие на Соборе русские иерархи выказывали сильное раздражение против Никона и осудили его на лишение сана за безумное оставление престола, за Аманову гордость и низложение епископа Павла Коломенского без суда Соборного. Против такого Соборного определения Епифаний Славенецкий подал мнение, что не знает церковного правила, по которому отрекшегося от должности епископа лишали бы священства, а Игнатий, архимандрит Полоцкий, заявил, что не выслушав самого Патриарха, почему удалился он от кафедры и желает ли оставить ее навсегда, нельзя составить определение об отрешении его от управления Церковью; к тому же русские епископы не вправе судить своего архипастыря без участия Восточных Патриархов. Царь оставил Соборное определение без исполнения.
Никон протестовал против этого Собора, назвав его сонмищем жидовским, и объявил, что признает над собой суд лишь одних патриархов. Узнав, что Питирим запретил поминать его в церквах, становился при Богослужении на патриаршее место и посвятил одного архиерея, Никон предал его анафеме. После этого царь решился пригласить Восточных Патриархов для суда над Никоном. Из них только двое согласились приехать в Москву: иерусалимский Паисий и антиохийский Макарий. Никон, со своей стороны, нашел нужным послать к Константинопольскому патриарху письмо, в котором объяснил причины своего удаления от кафедры и в сильных выражениях жаловался на светский суд над духовенством и на самого царя. Это письмо было перехвачено, оглашено и сделано основой для обвинения Никона на Соборе.
Собор открылся в конце 1666 года в кремлевских палатах. На нем присутствовали два патриарха, 10 митрополитов, 8 архиепископов, 5 архиереев и множество лиц прочих духовных чинов. Сам царь со слезами на глазах выступил перед Собором обвинителем своего прежнего друга и жаловался на самовольное оставление им кафедры, на произведенную через то смуту, отрицая при этом всякую вражду к нему со своей стороны. Никон отвечал, что ушел от царского гнева, но в свою же епархию, и патриаршества не оставлял. За сим царь предоставил Собору перехваченное письмо Никона к Дионисию и жаловался на бесчестие. Никон отвечал, что он писал к Константинопольскому патриарху как к брату, и что не его вина, если содержание втайне им писанного предано огласке. 12 декабря Собор объявил Никона лишенным патриаршества и священства с оставлением только иночества. Его обвинили в том, что он смутил Русское царство, вмешиваясь в гражданские дела, самовольно и с клятвой оставил кафедру за оскорбление своего слуги, по оставлении престола самовластно распоряжался в своих монастырях; давал им гордые названия Вифлеема, Голгофы, Иерусалима; мешал избранию нового Патриарха, злоупотреблял анафемой, в письме к Патриарху обвинял царя и синклит в латинстве, называл царя мучителем неправедным, уподоблял Иеровоаму и Осии, самовольно изверг и предал биению Павла, епископа Коломенского, в Воскресенском монастыре иноков и бельцов мучил мирскими казнями – кнутом, палицами, а иных на пытке жег. Осудив Никона, Собор однако одобрил важнейшие его церковные распоряжения и исправленные им книги, а упорных противников этих книг – Аввакума, Лазаря и Феодора – предал анафеме и приговорил к ссылке.
По снятии патриаршего сана, Никон простым иноком был послан в Ферапонтов монастырь, а потом переведен в Кириллов и находился сначала в тесном заключении. Свое 15-летнее заключение он переносил с большим мужеством и непоколебимой твердостью. Когда враги его перемерли и потеряли значение свое при дворе, царь Феодор Алексеевич перевел его в Воскресенский монастырь, но сюда привезли один безжизненный труп его. Он умер на пути в Ярославле. Его похоронили в Воскресенском монастыре как Патриарха. Потом Восточные Патриархи прислали разрешение считать его между Патриархами.
Еще жив был Никон, как на оставленном им престоле сменились три Патриарха: добродушный Иосиф II (1667–1672), Питирим (1672–1673) и умный Иоаким (1673–1690). Правление Иоакима ознаменовано было борьбой с раскольниками, которые при нем произвели открытый мятеж в Москве (1682) и покушались умертвить Патриарха со всем духовенством, также борьбой с папистическими мнениями, которые принесли с собой наехавшие в Москву из южной России ученые, и, наконец, подчинением Киевской митрополии Московскому патриаршеству. Последним Московским Патриархом был Адриан (1690–1700). Всех же Патриархов у нас было десять.
По смерти Адриана Петр I никого не назначил на патриаршеский престол, а сделал местоблюстителем его Стефана Яворского. Яворский, в течение своего двадцатилетнего управления, много потрудился для распространения духовного просвещения в России и искоренения протестантских заблуждений, которые проявились у нас вследствие знакомства с Западной Европой. Благосклонное обращение Петра Великого с прелатами во время пребывания его в Париже и страсть его к преобразованиям подали Сорбоннской академии надежду на соединение Русской Церкви с Римской. В 1717 году члены Академии прислали Петру Великому записку о средствах соединения. Царь Петр отвечал, что это – дело Церкви и предоставил Стефану Яворскому написать ответ Сорбонне. Ответ составлен был Феофаном Прокоповичем и отослан в Париж с французским и немецким переводом. В сем ответе говорилось, что Церковь Русская молит всегда о соединении Церквей, но опасается, что покушение на соединение и теперь останется также бесполезным и даже вредным, как и все опыты, бывшие прежде со стороны Церкви Греческой. Спустя несколько времени английские богословы также отнеслись в Святейший Синод с предложением о соединении Церкви Английской и Русской; вместе с тем они прислали свои замечания и на ответ Патриархов о том же предмете. Синод, по сношении с Восточными Патриархами, отвечал, что догматы святой веры уже исследованы Святыми Отцами и утверждены Соборами, и потому каждое иное учение, противное учению Церкви, должно быть отвергнуто как дознанная ложь. Тем дело и кончилось.